Разграничительной линией между 1-м Белорусским и 1-м Украинским фронтами было зафиксировано направление на Люббен, городок в 50 милях юго-восточнее Берлина. Двойное наступление началось 16 апреля. Основной план для Жукова: нанести удар в направлении немецкой столицы и обойти город с севера, в то время, как силы Конева окружат город с юга. Поддерживающую роль должен был сыграть 2-й Белорусский фронт Рокоссовского, который начал своё наступление в направлении Берлина 20 апреля с целью защиты правого фланга Жукова от немецкой контратаки с севера.
Многие историки доказывают, что Эйзенхауэр был введён в заблуждение Сталиным, и, что Берлин был основной целью, которую советский диктатор желал захватить раньше западных союзников. Однако, с точки зрения Сталина, это было совершенно не обязательно. В 1948 году он привёл довод о берлинской операции в беседе с Беделлом Смитом, тогдашним послом США, который был, в своё время, начальником штаба Эйзенхауэра. Согласно Сталину, Берлин был вторичной целью, и поэтому только силы Жукова получили задачу взять немецкую столицу.
Но наступление Жукова было задержано немцами, тогда как Конев и Рокоссовский ему помогли. Это превратило Берлин из второстепенной в главную мишень. Сталин показал Смиту приказы из военных архивов, отданные им на Берлинскую операцию. Сталин объявил, поскольку Берлин находится по договору в советской зоне оккупации Германии, то с моральной и стратегической точки зрения правильно, чтобы Красная Армия взяла город.
Cталинская версия событий в основном совпадает с ходом операции. Первоначально планировалось взятие Берлина только силами Жукова, но 1-й Украинский фронт продвигался быстрее, и 17 апреля возник удобный случай перенацелить часть войск Конева для атаки Берлина с юга. Так как советские войска пробивались к центру Берлина, то было запланировано водрузить красный флаг над руинами здания рейхстага, недалеко от которого Гитлер совершил самоубийство в своём бункере.
Удачно для Сталина, три солдата, которые установили флаг над рейхстагом 30 апреля 1945 года были: грузин, русский и украинец. Позднее советский фотограф Евгений Халдей повторно снял сцену водружения Знамени Победы с двумя другими солдатами, создав памятную картину завоевания Берлина Красной Армией, аналогично подъёму «звёзд и полос» американскими солдатами на Иводзиме парой месяцев раньше.
Победа досталась не дёшево. Красная Армия потеряла 300 000 человек, включая около 80 000 убитых в ходе финального штурма Берлина. Наиболее дорогую цену пришлось заплатить на подступах к Берлину – больше, чем в самом городе. Но обширное длительное сражение на улицах города, имевшее место в Сталинграде в 1942 году, не повторилось, в отличие от Будапешта, который был взят после свирепого продолжительного боя.
Советские потери были даже меньше, чем у немцев, но теневой стороной триумфального марша Красной Армии стали зверства и грабежи, совершённые «меньшинством» советских солдат. Особенно ужасающим было большое число изнасилований бойцами Красной Армии. По приблизительной оценке было совершено от десятков тысяч до миллиона таких преступлений. Истинная цифра лежит где-то посередине, но наибольшее число изнасилований имело место в Большом Берлине, городе, где в 1945 году было очень много женщин. Берлинки были не одиноки, страдая от массовых изнасилований. В Вене было от 70 000 до 100 000 изнасилований. В Венгрии по приблизительным оценкам от 50 000 до 200 000 женщин были изнасилованы солдатами Красной Армии. Такие случаи были в Румынии и Болгарии, а также в освобождённых странах: Польше, Югославии и Чехословакии, хотя и в меньших количествах.
Трудно выяснить, знал ли Сталин обо всём, что происходило в это время, но он был склонен извинить поведение своих мужчин. В марте 1945 года он говорил прибывшей с визитом чехословацкой делегации:
«Все хвалят нашу Красную Армию; да, она заслужила эти похвалы. Но я попросил бы наших гостей не разочаровываться в шарме Красной Армии в будущем. Сейчас в Красной Армии служат около 12 миллионов человек. Эти люди далеко не ангелы. Эти люди ожесточены войной.
Многие из них прошли 2000 километров в битвах, от Сталинграда до середины Чехословакии. В пути они видели много горя и много зверств. Не удивляйтесь, если некоторые из наших людей в вашей стране не будут вести себя так, как должно. Мы знаем, что некоторые солдаты малоинтеллигентны и обижают женщин, и девушек, и ведут себя недостойно. Пожелаем нашим чехословацким друзьям, чтобы их похвала Красной Армии не обернулась разочарованием».
Сталин был даже более точен, когда говорил с Тито и югославскими товарищами об их проблемах в апреле 1945 года: