Решение отступить в замок Хара означало одно – восставшие надеялись только на помощь Небес, осознав невозможность победы и намереваясь подороже продать свои жизни. И это им удалось, несмотря на чудовищное неравенство сил. В первый день японского нового года, 14 февраля 1638 года, восставшие отбили массированный штурм войск сёгуната и достигли небывалого успеха, убив главнокомандующего Итакура. Следующий командующий, князь Мацудайра, мобилизовал колоссальные силы, и к марту замок Хара осаждали от 150 тысяч (по более умеренным оценкам) до четверти миллиона человек, которые вскоре начали страдать от недостатка провианта. Ни уговоры, ни провокации, ни голод, начавшийся в замке Хара к апрелю, не могли заставить восставших сдаться. Попытки вылазок из замка успехом не увенчались, как, впрочем, и обстрел замка правительственной артиллерией, и засылка в замок ниндзя. Сёгун в отчаянии даже обратился к голландцам, имевшим право торговать с Японией, и голландский капитан Кукебакер, похоже, вовсе не желавший войти в историю как пособник убийц христиан (пусть даже и нелюбимых им «папистов», католиков), для проформы сделал со своего корабля несколько бортовых залпов по замку Хара, что особо не повлияло на ход боевых действий. В конце концов 12 апреля начался общий штурм. Он был долгим и кровавым, продолжаясь целых два дня – дольше, чем большинство великих битв в истории Японии. Голодные повстанцы, у которых закончился запас стрел и пороха для аркебуз, отбивались яростно. В последние часы великой осады матери бросались в огонь вместе с детьми, мужчины совершали самоубийства или бросались на мечи врагов. Вряд ли поведение этих героев было сродни христианскому непротивлению злу насилием, но умирали-то они с возгласами «Сантьяго!», «Дзэсусу Кирисуто!» и «Санта Мария!». Даже даймё, участники подавления восстания, отмечали в своих дневниках, как поразил их героизм крестьян, умевших умирать не менее достойно, чем самые отважные самураи…
15 апреля все было кончено. Десятки тысяч голов были представлены чиновникам сёгуната в качестве доказательства победы. Не уцелел никто, кроме бывшего иконописца, друга Амакуса Сиро по имени Ямала Эмонсаку, вовремя перебежавшего в лагерь врага. Сам Сиро погиб, причем существуют десятки версий того, как это произошло. Его голова была опознана и выставлена в Нагасаки.
Фактически восстание в Симабара не привело к улучшению положения крестьян (хотя самые жестокие методы выколачивания налогов и были упразднены), но главное – это было последнее крупное выступление против режима Токугава до самого XIX века. Основная масса отчаянных крестьян-христиан погибла, уцелевшие затаились, часто формально отрекаясь от веры. Вскоре число арестов христиан резко снизилось, что в условиях расцвета всеобщего доносительства могло означать только резкое снижение числа христиан. На Кюсю массово строились синтоистские и буддистские храмы, велась слежка за подозрительными. В конце 1650-х годов близ Нагасаки были осуществлены последние массовые аресты тайных христиан – власти арестовали около 600 крестьян, из которых около 500 были казнены или умерли в тюрьме, а 99 отреклись и были отпущены на свободу. Впрочем, отдельные семьи тайных христиан существовали на Кюсю и гораздо позже – вплоть до отмены антихристианских законов в эпоху Мэйдзи. Так, уже в 1865 году в районе Нагасаки местные власти выявили около 100 тайных христиан, большинство из которых отреклись после пыток от своей веры. Фактически до нового «открытия» Японии в XIX веке христианскую веру пронесли из поколения в поколение члены тайных общин.
После Симабарского восстания сёгунат ужесточил и политику