Общественные разногласия вокруг убийства Ющинского и ареста Бейлиса еще более обострились после 1 сентября 1911 года, когда еврей Дмитрий Богров смертельно ранил П. А. Столыпина. Черносотенцы, относившиеся к премьер-министру по меньшей мере прохладно, тем не менее всячески подчеркивали национальность убийцы как доказательство «жидовского заговора против России». В свою очередь, либеральная пресса приводила арест Бейлиса как пример государственного антисемитизма и связывала участие евреев в революционных организациях (Богров был анархистом, хотя и не исключено, что 1 сентября действовал как агент охранного отделения) именно с ним.
Судебный процесс начался 25 сентября 1913 года. Министерство юстиции предприняло огромные усилия для того, чтобы обеспечить удобный состав суда и присяжных. В качестве председателя суда еще в 1912 году был назначен Ф. А. Болдырев, недалекий и крайне услужливый карьерист, специально для этого переведенный из Умани. Найти обвинителя оказалось непростой задачей: сразу несколько сотрудников киевской прокуратуры отказались от этой сомнительной чести, и министр Щегловитов направил в Киев товарища прокурора Петербургской судебной палаты Оскара Юрьевича Виппера, брата знаменитого историка.
Вообще подбор властью основных действующих лиц процесса велся неприкрыто тенденциозно. О том же Болдыреве губернатор докладывал по итогам избирательной кампании в Думу, где тот был председателем Киевской избирательной комиссии: «Действительный статский советник Болдырев, человек вполне определенного благонамеренного направления и твердых, безусловно правых убеждений… вполне сочувственно и благожелательно относясь к задачам правительства, вложил в это дело слишком много личного труда, энергии и своего служебного опыта для проведения в Государственную думу от города Киева правых кандидатов.»
Большим подспорьем обвинению были представители гражданского истца — матери убитого Андрея Ющинского — член Государственной думы, активный деятель «Союза русского народа» Г. Г. Замысловский и виднейший теоретик российского антисемитизма, автор множества «научных» трудов (в том числе таких, как «Жид биржевой», «Международное тайное правительство» и «Еврейский вопрос на сцене всемирной истории») А. С. Шмаков.
Отбор присяжных был проведен обвинением очень тщательно. Присутствовавший на процессе В. Г. Короленко так описывал свои впечатления: «Пять деревенских кафтанов, несколько шевелюр, подстриженных на лбу, на одно лицо, точно писец с картины Репина «Запорожцы». Несколько сюртуков, порой довольно мешковатых. Лица то серьезные и внимательные, то равнодушные… двое нередко «отсутствуют»… Состав по сословиям — семь крестьян, три мещанина, два мелких чиновника. Два интеллигентных человека попали в запасные». Это в Киеве-то, большом университетском и культурном центре!
Никогда, пожалуй, в истории российского правосудия одного человека не защищали сразу пять присяжных поверенных, среди которых к тому же не было ни одного адвоката, которого можно было бы назвать заурядным. Интересы Бейлиса представляли опытный киевский адвокат Д. Н. Григорович-Барский, специалист по защите в делах о «кровавых наветах» О. О. Грузенберг и два ярких представителя так называемой «молодой адвокатуры» — А. С. Зарудный и один из лидеров кадетской партии В. А. Маклаков. Признанным вождем «квинтета защитников» был «звезда номер один» тогдашней российской адвокатуры Н. П. Карабчевский.
Слушание «дела Бейлиса» в Киевском окружном суде началось 23 сентября 1913 года. Обычный состязательный процесс происходит по схеме «обвинение обвиняет — защита опровергает»; в данном случае, пользуясь военной терминологией, происходившее следовало бы назвать «встречным боем», так как обе стороны и обвиняли, и защищались.
Первыми свою линию — мальчик был убит с целью получения ритуальной крови Бейлисом, одним либо с не установленными пока помощниками — отстаивало обвинение. Поскольку доказательства были крайне ненадежны, что признавали даже многие члены правительственного лагеря, обвинение сосредоточилось на попытке доказательства соответствующего кровавого ритуала у евреев. С этой целью был приглашен ряд экспертов, наиболее значительными из которых выглядели профессор Киевского университета И. А. Сикорский, отец знаменитого впоследствии изобретателя, и католический священник И. Пранайтис.