Работу милиции существенно облегчило то, что Комаров действовал всегда по одной и той же схеме. Судя по всему, она случайно сложилась во время первого убийства. Конная площадь в Москве (район нынешней станции метро «Добрынинская»), где у извозчиков была вполне официальная «биржа», привлекала не только тех, кому нужен был «ванька» или «ломовик», но и крестьян, искавших возможности купить лошадь подешевле. Извозчичью «Савраску», уже не годящуюся для регулярных тяжелых работ, но еще способную принести кое-какую пользу в крестьянском хозяйстве, можно было сторговать у извозчика задешево. Комаров опытным взглядом быстро определял «лаптя» с деньгами (пусть и небольшими) и предлагал купить у него лошадь, после чего вел покупателя к себе домой. У жертвы не возникало подозрения, так как низкая цена, подмигивания и подсмеивание Комарова убеждали его в том, что лошадь-то, поди, краденая и потому предосторожность понятна. Сухой язык обвинительного заключения описывает дальнейшее с чудовищной бесстрастностью: «Все убийства были совершены следующим образом: обвиняемый под предлогом продажи лошади или продуктов приглашал встреченного им на Конной крестьянина к себе на квартиру, угощал его вином или водкой, причем пил и сам, а затем, передав ему для прочтения документ, касающийся продаваемой лошади или продуктов, неожиданно подойдя сзади, ударял его заранее приготовленным тяжелым молотком в переднюю часть лба и подставлял таз или цинковое корыто для стока крови. Оглушив жертву ударом молотка, он накидывал ей петлю на шею и стягивал ее; затем, раздев еще теплый труп, связывал его в небольшой комок и, уложив в мешок, прятал в сундуке, который выносил на черный ход или запирал в шкафу. Вся эта операция занимала, по его словам, 15–20 минут».
Милиция заподозрила «серию» не сразу, в то время неопознанные трупы с признаками насильственной смерти находили регулярно, да и учет был поставлен из рук вон плохо. К тому же все жертвы убийцы были крестьянами, в Москве у них никого не было и о пропаже не заявлялось. Комаров, ни разу не отклонившийся от единожды выработанной схемы, в известном смысле облегчил сыщикам работу — уж больно приметными были его аккуратно, сноровисто увязанные в рогожи трупы. Иногда в мешках находились зернышки овса, это заставило агентов угрозыска заподозрить извозчика, но их только официально лицензированных в Москве в это время было более двух тысяч. Комаров обратил на себя внимание тем, что вел себя необычно: подолгу простаивал на Конной, не кидаясь, в отличие от других извозчиков, к каждому перспективному клиенту. Круг поисков окончательно сузился после того, как в одной из рогож обнаружилась детская пеленка (незадолго до ареста у Комарова родился сын).
В конце концов, вышли на убийцу; тот смог сбежать при аресте, но уже через сутки был задержан.
«Так бьют скотину. Без сожаления, но и без всякой ненависти. Выгоду имел, но не фантастически большую. У покупателя в кармане была приблизительно стоимость лошади. Никаких богатств у него в наволочках не оказалось, но он пил и ел на эти деньги и семью содержал. Имел как бы убойный завод у себя».
Мотив убийств Комаров сформулирует во время процесса сам не без некоторого литературного изящества: «Лошадь кормила, а выпить не давала». Он вообще ставил перед собой несложные цели и шел к ним короткой дорогой. Например, после смерти первой жены (она умерла еще до революции, пока он отбывал срок за кражу) он сознательно выбрал себе в жены женщину тихую и забитую, с двумя детьми, рассчитав, что сможет безнаказанно помыкать ею. Он постоянно бил ее и детей, попрекал куском даже на суде, объясняя тягу к деньгам тем, что «жена моя любила сладко есть, а я — горько пить». Он бравировал во время процесса, говорил, что с такой же легкостью убил бы и 60 человек (что вполне могло быть правдой), что ему интересно было бы лишить жизни священника или цыганку (а вот тут он, похоже, «интересничал», работал на публику «достоевскими» мотивами, хотя вряд ли подозревал о существовании такого писателя).