Поскольку события происходили еще до формального окончания войны (оно было провозглашено 9 мая 1865 года, хотя некоторые крупные отряды конфедератов к этому моменту еще не сдались) и на территории округа Колумбия действовали законы военного времени, а убитый Линкольн был Верховным главнокомандующим, для судебного разбирательства решением вступившего в должность президента Джонсона был создан специальный военный трибунал, рассматривавший дело по упрощенной процедуре и в отсутствие присяжных.
Он состоял из девяти старших офицеров в ранге от генерал-майора до подполковника во главе с генерал-майором Дэвидом Хантером, зарекомендовавшим себя в качестве храброго и умелого командира бригады и дивизии во время войны, а также имевшим опыт работы в военном трибунале и следственных комиссиях. Двое из трех обвинителей также были военными. От этих людей трудно было ожидать малейшего сочувствия южанам-заговорщикам. Для вынесения приговора достаточно было простого большинства голосов (пять против четырех), смертный приговор требовал большинства в две трети — как минимум шесть против трех. Обжалование приговора не допускалось, можно было лишь просить президента о помиловании.
Интересно, что во время войны генерал Хантер был, по-видимому, первым деятелем Севера, отменившим рабство на Юге: 9 мая 1862 года он издал «Генеральный приказ № 11», которым упразднялось рабство на территории Джорджии, Флориды и Южной Каролины. Впрочем, Линкольн, опасавшийся в то время, что подобный «кавалерийский наскок» может вызвать негативную реакцию неопределившихся штатов, приказ отменил.
В отношении ряда подсудимых (в первую очередь Пауэлла) доказательств в распоряжении обвинения было больше чем достаточно. Но в случае, например, Мэри Саррэт для вынесения обвинительного приговора их явно не хватало. И тут в зале заседания появился ключевой свидетель — star witness, как говорят американцы.
Луис Вайхманн, сын немецких иммигрантов, в юности мечтал о карьере католического священника. В возрасте 17 лет он поступил в семинарию, где познакомился и подружился со своим ровесником Джоном Саррэтом. Впрочем, ни тот, ни другой священниками так и не стали. Вайхманн проработал два года школьным учителем, а затем устроился мелким чиновником в военное министерство. Когда осенью 1864 года Мэри Саррэт с сыном переехали в Вашингтон и открыли там небольшую гостиницу-пансион, Вайхманн стал одним из жильцов. По версии обвинения дом Саррэтов был штабом заговорщиков. Вайхманн под присягой дал показания, которые убедили судей в том, что Мэри Саррэт не использовалась заговорщиками «втемную», а была посвящена в детали замысла и активно участвовала в приготовлениях к покушениям. Он также заявил, что доктор Мадд не случайно попался на пути нуждавшегося в медицинской помощи Бута, а был с ним ранее знаком и даже был в некоторой степени участником заговора.
Адвокаты подсудимых согласованно пытались оспорить правомерность рассмотрения дела военным трибуналом и настаивали на суде присяжных и обычной процедуре. При этом они опирались на мнение известных деятелей Севера — недавнего Генерального прокурора Эдварда Бейтса и военноморского министра Гидеона Уэллеса, также юриста по образованию. Однако их аргументация была отклонена судьями. Адвокаты Мэри Саррэт Айкен и Клэмпитт пытались скомпрометировать свидетелей, на показаниях которых основывались обвинения против их подзащитной, и доказать ее лояльность Союзу, но суд в основном остался глух к их доводам, точно так же, как и к аргументам других защитников.
На вынесение приговора судьям потребовалось два дня. Четверо подсудимых — Пауэлл, Атцеродт, Хэрольд и Мэри Саррэт — были приговорены к повешению. Аналогичный приговор грозил и доктору Мадду, но за него высказались только пять судей, и врач был приговорен к пожизненному заключению, так же как Арнольд и О’Лафлин. Еще один подсудимый получил шесть лет тюрьмы. 7 июля 1865 года четверо заговорщиков были повешены. О’Лафлин умер в тюрьме через два года. Остальные трое были помилованы в 1869-м.