Однако у подобного разрешения дела имелся более чем влиятельный противник, московский генерал-губернатор Арсений Андреевич Закревский. Близкий к императору человек, Закревский причудливо сочетал в себе высокую степень традиционного российского барского самодурства, которое ярко проявлялось им в управлении Первопрестольной, с чувством справедливости. То, что дело Сухово-Кобылина в его нынешнем состоянии шито белыми нитками, было для генерал-губернатора очевидным, и в полном соответствии со своими полномочиями он отменил приговор (имел право по тогдашнему законодательству!) и направил дело в Московскую уголовную палату, откуда оно было переправлено в Сенат. Столкнувшись с повышенным вниманием к делу такого влиятельного и непредсказуемого человека, как Закревский, Сенат счел за благо вернуть бумаги в палату на том формальном основании, что она не решила вопрос о привлечении либо непривлечении Сухово-Кобылина к суду. Палата собралась на экстренное заседание и в присутствии генерал-губернатора приняла решение, показавшееся заседателям соломоновым: признать Александра Васильевича виновным в «противозаконном сожитии» с Симон-Деманш и привлечь к суду для принятия формального судебного решения о церковном покаянии. Это решение было направлено в Сенат.
Через несколько дней в деле произошел очередной резкий поворот: уже приговоренные к плетям и каторге дворовые Сухово-Кобылина дружно отказались от своих показаний, к которым, по их словам, их вынудили полицейские. При этом все четверо указывали на то, что самооговор они совершили по прямой просьбе своего барина, подкрепленной обещаниями вольной для них и их родственников, большого вознаграждения и «защиты».
Мнения сенаторов разделились. Ввиду имеющихся затруднений решение вопроса было перенесено в Общее собрание петербургских и московских департаментов Сената. Оттуда ввиду сохраняющихся разногласий дело было направлено в Государственный совет, который согласился с мнением министра юстиции и большинства сенаторов — провести новое расследование. Николай I утвердил решение Госсовета. Как пишет современный исследователь: «Возникнув по рапорту частного пристава, оно (дело. — А.К.) взошло «до подножия престола» двух императоров, вовлекло в судебный процесс более двухсот свидетелей, целую армию прокуроров, сенаторов, заседателей, следственных стряпчих и всех высших сановников России». И вот теперь дело «упало» к подножию судебной пирамиды и начало новое восхождение по инстанциям.
Правительствующий Сенат представлял собой верхний уровень судебной системы. Четыре его департамента располагались в Санкт-Петербурге, два в Москве и два в Варшаве. Решение дела в департаменте Сената требовало единогласия. При разногласии сенаторов дело передавалось в одно из Общих собраний Сената, при отсутствии в нем большинства в две трети — на консультацию в Министерство юстиции и обратно в Общее собрание, при повторном отсутствии решения — в один из департаментов Государственного совета, где также требовалось единогласие. Если достичь его не удавалось, то дело перекочевывало в Общее собрание Государственного совета, мнение которого, в свою очередь, представлялось на утверждение императору.
Несмотря на серьезные подозрения в отношении Сухово-Кобылина, который вторично был арестован и полгода провел в тюрьме, «совершенных доказательств» найдено не было. Московский надворный суд и судебная палата в целом подтвердили прежний приговор. Закревский смирился и не стал возражать. Однако Сенат с этим решением вновь не согласился. Он подтвердил ранее высказанное мнение о том, что признание дворовых «неправдоподобно», и постановил: «Оставить Сухово-Кобылина в подозрении по участию в убийстве Деманш, Кашкину освободить от всякой ответственности, Егорова же и Козьмина, неприкосновенных к убийству, но давших ложные показания, отвлекшие внимание следователей от настоящих следов преступления, лишить всех прав состояния и сослать на поселение в отдаленные места Сибири».