Главными эпизодами, инкриминировавшимися игуменье, были дела Медынцевой, Солодовникова и Лебедева. Богатая вдова Медынцева (до знакомства с Митрофанией ее состояние оценивалось в 350 тысяч рублей) настолько увлекалась горячительными напитками, что над ее имуществом была учреждена опека. Митрофания без труда подчинила вдову своему влиянию и сначала пыталась произвести в сиротском суде раздел имущества между Медынцевой и ее несовершеннолетним сыном, при котором немалая часть разделяемого перешла бы монастырю. Когда же дело не выгорело, она получила у «подопечной» несколько подписанных чистых листов, на которых потом были сфабрикованы долговые расписки на сумму в почти четверть миллиона рублей, которые были проданы скупщику векселей Сушкину (он умер еще до процесса). Митрофания не остановилась даже перед присвоением принадлежавших Медынцевой меховых вещей. Поддельными были и долговые расписки покойного купца Солодовникова на сумму в полтора миллиона рублей, будто бы пожертвованных обители. Наконец, в деле купца Лебедева, действительно помогавшего общине, только не деньгами, а строительными материалами, фигурировали «липовые» векселя на 19 тысяч рублей. Имелись в деле игуменьи и ее сообщников (к делу были привлечены подручные игуменьи Богданов, Махалин, Макаров, Красных и Трахтенберг) и менее значительные, но равно малодостойные эпизоды.
Сиротский суд — учреждение, заведовавшее опекунскими и сиротскими делами лиц городских сословий. Создавался при окружных судах, в составе председателя — городского головы или другого лица и определенного числа членов, избираемых собраниями купеческого, мещанского и ремесленного сословий на три года.
Очевидность подлога и его объемы, цинизм мошенников и особенно то, что все совершенное драпировалось в возвышенные рассуждения о спасении души и маскировалось монашескими одеяниями известной в свете особы, вызвали неподдельное негодование как либеральной, так и вполне консервативной общественности. Когда представлявший ряд потерпевших Ф. Н. Плевако, человек, довольно далекий от либеральных убеждений и весьма традиционно-религиозный, восклицал в своей речи на суде: «Выше, выше стройте стены вверенных вам общин, чтобы миру не видно было дел, творимых вами под покровом рясы и обители!» — он, несомненно, выражал мнение искренне оскорбленных подобным цинизмом верующих людей. Иными словами, сочувствовали Митрофании немногие.
«Игуменья говорит: «Не для себя, для Бога я делала все это!» Я не знаю, для чего совершали это ограбление, но Богу таких жертв не надо. Каинова жертва не может быть Ему приятна; лепта добровольного приношения вдовицы Ему лучше золота фарисейского. Ей это известно лучше нас, так пусть же не прикрывается она этим, пусть кощунством не обморачивает умы. Пусть ее дела во всей наготе своей свидетельствуют на нее и на друзей ее!»