Американские власти исходили из того, что действующие судьи не могут надолго покидать свои округа, и привлекли к проведению процессов в основном судей в отставке. Так, председательствующим в суде над нацистскими судьями стал Каррингтон Маршалл, бывший глава Верховного суда штата Огайо. Однако были и действующие судьи – например, когда в середине процесса Маршалл заболел, его заменил в председательском кресле судья Верховного суда штата Орегон Джеймс Бранд. Обвинение поддерживали военные юристы во главе с бригадным генералом Телфордом Тейлором; у него уже имелся опыт подобной работы, так как на «большом» Нюрнбергском процессе он был одним из помощников главного обвинителя от США Роберта Джексона.
Юридической основой для правосудия стали принципы, заложенные «большим Нюрнбергским процессом». Обвинение подсудимым было предъявлено по тем же четырем пунктам, что и главным нацистским военным преступникам: 1) участие в общем плане или заговоре с целью совершения военных преступлений и преступлений против человечности; 2) военные преступления путем злоупотребления судебной властью, результатом чего явились массовые убийства, пытки, грабежи частной собственности; 3) преступления против человечности, в том числе использование массового рабского труда; 4) членство в преступных организациях (СС и НСДАП).
Практически с момента прихода Гитлера и его единомышленников к власти в начале 1933 года демократическая судебная система Веймарской Германии стала испытывать сильнейшее давление. Судей, не склонных прислушиваться к «пожеланиям» новых хозяев страны, угрозами и шантажом вынуждали подавать в отставку. В принцип было возведено требование соответствия деятельности судов «национальному духу». Как утверждал рейхсминистр юстиции Ганс Франк, «не может быть сомнения в том, что духовный порядок и идеология, как это выражено в партийной программе, должны быть приняты во внимание в толковании и применении каждой из норм существующего закона». Министерство юстиции установило полный контроль над судами. В дополнение к судам общей юрисдикции создавались различные «специальные» судебные учреждения, рассматривавшие «новые» категории дел – например, нарушения «расовых законов». Так назывались два акта – «Закон о гражданине Рейха» и «Закон об охране германской крови и германской чести», – принятые в 1935 году по личной инициативе Гитлера и запрещавшие браки и связи между евреями и «государственными подданными немецкой или родственной крови», наем евреями немок моложе 45 лет в качестве прислуги и даже «вывешивание флага Рейха как национального флага, а также использование цветов Рейха для иных целей». Судьями в подобных специальных судах в большинстве своем назначались лица, не имевшие юридической подготовки, но продемонстрировавшие преданность нацистскому режиму. Как констатировало обвинение, «Народная судебная палата, действовавшая в сотрудничестве с гестапо, стала судом ужаса и получила печальную известность из-за чрезмерной жестокости приговоров, которые она выносила, из-за секретности судебного разбирательства и из-за того, что подсудимым отказывалось в каком-либо подобии судебного процесса».
Кадр из фильма «Нюрнбергский процесс» со С.Трейси и М.Шеллом
При активном участии ряда подсудимых вносились соответствующие изменения в законодательство. Понятие «государственная измена» было расширено настолько, что стало включать в себя любые проявления недовольства действиями нацистского режима и распространилось даже на лиц, не являвшихся гражданами Германии. Специальные квазисудебные ускоренные процедуры использовались как для расправы с теми, кто сопротивлялся нацистам, так и для устрашения остальных.
Еще одной линией сотрудничества германских юристов с гитлеровским «порядком» было обеспечение безнаказанности нацистов, нарушавших даже собственные законы. «Министерство юстиции обеспечивало неприкосновенность и амнистию в случае привлечения к суду и осуждения членам нацистской партии, совершавшим серьезные преступления против граждан оккупированных территорий. Членам нацистской партии, которые были осуждены за доказанные преступления, гарантировалось помилование».