В 1991–1992 годах в храме были проведены реставрационные работы, которые вернули ему первозданный облик. К освящению храма был выполнен новый иконостас, вновь засияли краски росписей. В храме также возобновлены богослужения.
Храм святителя Иоанна Златоуста и великомученицы Екатерины
Недалеко от северных ворот расположен храм во имя святителя Иоанна Златоуста и великомученицы Екатерины. Он был построен архитектором А. Венсном в 1891 году на средства купцов Первушиных. Храм был сооружен над могилой И. А. Первушина, который жертвовал на монастырь значительные суммы, а перед кончиной был пострижен и стал монахом Донского монастыря. Впоследствии стал усыпальницей купеческого рода Первушиных.
Первоначально нижний храм был освящен во имя святителя Иоанна Златоуста, а верхний – во имя великомученицы Екатерины. В настоящее время наоборот – верхний храм святителя Иоанна Златоуста, а нижний – великомученицы Екатерины.
После революции в храме размещались различные учреждения: курсы пчеловодов, клуб, а с конца 1940-х годов – фонды Музея архитектуры. В это время в храме были сделаны межэтажные перекрытия, разрушен иконостас, выкопан подвал, при строительстве которого были уничтожены склепы усыпальницы.
В 1991–1993 годах храм отреставрировали. Была восстановлена сложная лепнина на фасаде, заново сделана кровля, над которой установили кресты. Внутри разрушены поздние перекрытия и восстановлен нижний храм. Художники-реставраторы воссоздали первоначальные росписи храма. Алтарь был заново расписан архимандритом Зеноном (Теодором). За современным иконостасом бережно сохраняются остатки мраморного иконостаса XIX века.
Храм преподобного Серафима Саровского и благоверной княгини Анны Кашинской на новом кладбище Донского монастыря
Неотъемлемой частью монастыря является территория нового кладбища с храмом преподобного Серафима Саровского и благоверной княгини Анны Кашинской. В 1904 году было принято решение о прирезке к Донскому монастырю участка земли для устройства на нем кладбища, так как ресурсы старого кладбища были исчерпаны. На новом кладбище начали строительство храма-усыпальницы для размещения в нем 49 склепов. Проект подготовил И. С. Кузнецов, но строительство велось очень долго; монастырские власти неоднократно обращались за консультациями к различным инженерам, так как не были уверены в конструктивной прочности возводимого храма. Из-за этого храм был освящен лишь через десять лет. В нем установили великолепные фарфоровые расписные иконостасы и киоты.
Впоследствии его судьба оказалась трагической – в нем разместили первый крематорий. Все внутреннее убранство храма было уничтожено. Шатровое завершение – разобрано, а на его месте воздвигли кубический объем. В нижнем храме были размещены печи, а в верхнем до 1998 года находился ритуальный зал.
После возвращения храма Церкви он был отреставрирован, вновь освящен. После этого в нем возобновлены богослужения.
Храм святителя Тихона, Патриарха Всероссийского, и нижний храм благоверного Вячеслава Чешского
После обретения мощей святителя Тихона в 1997 году был построен храм во имя святителя Тихона. Он представляет собой образец нового храмового строительства. Росписи храма повествуют о жизненном пути Патриарха-исповедника и его подвижничестве. Также в храме помещены иконы царственных страстотерпцев и других новомучеников и исповедников российских.
Нижний храм во имя святого благоверного князя Вячеслава Чешского освящен в честь небесного покровителя жертвователя, на чьи средства возведен храм. Иконостас этого храма выполнен в традициях древнерусского искусства.
Храм великомученика Георгия Победоносца
Рядом с храмом святителя Тихона в 2000 году возведен храм во имя великомученика Георгия Победоносца. Он основан в память празднования 2000-летия Рождества Христова и 10-летия возвращения Донского монастыря Русской Православной Церкви.
Надкладезная часовня
Помимо двух храмов, возведенных после возвращения Донского монастыря Церкви, в 1997 году в обители был восстановлен святой колодец, возведенный по образцу существовавшего в XIX веке. Над колодцем была построена надкладезная часовня, удачно вписавшаяся в архитектурный ансамбль монастыря.
Монастырские стены
Строительство каменных монастырских стен было начато почти одновременно со строительством Большого собора, в 1686 году. Это строительство затянулось и закончилось только в 1711 году. Массивные крепостные стены с двенадцатью башнями и двумя проездными воротами сооружались на средства вдовы думного дьяка Кириллова, да «рода болярина князя Василия Васильевича Голицына дал вкладу пятьдесят червонных золотых».