Вильгельм Отто Мартин Йордан родился 1 ноября 1903 года в Мерзебурге. Он был первым ребенком в семье. Со временем у него появится еще пять братьев и сестер. Отец Вильгельма, Мартин Йордан, был суперинтендантом в Гоммерне (окрестности Магдебурга). Его мать, Августа Йордан, в девичестве Лоофс, пыталась растить своих детей в соответствии с нормами протестантской этики. В доме семейной традицией были беседы о национальном искусстве и немецкой истории. Во многом это было предопределено тем, что двоюродный дед мальчика (тоже Вильгельм Йордан) был писателем, типичным представителем оптимистично настроенной буржуазии кайзеровской эпохи. Вильгельм Йордан-старший написал три театральные пьесы, опубликовал переводы Гомера, Софокла и Эдды. Однако самым главным своим творением он считал переработку материала «Саги о Нибелунгах».
С 1915-го по 1921 год Вильгельм Йордан посещал гуманитарную гимназию Святой Марии в Наумбурге. Однако он покинул учебное заведение, так и не получив аттестата зрелости. В годы Первой мировой войны Вильгельм, еще будучи мальчишкой, мечтал попасть на фронт. Этого ему не удалось, но мальчик постоянно помогал различным вспомогательным службам, которые располагались в тылу. В апреле 1921 года Вильгельм вместе с дюжиной своих приятелей по гимназии присоединился к фрайкору (добровольческому корпусу) «Лютцов». Приблизительно два месяца юноши принимали участие в боевых вылазках. В тот момент ситуация в Германии весьма напоминала гражданскую войну. После того как в 1923 году по требованию стран Антанты фрайкоры были запрещены, Вильгельм Йордан примкнул к тайной военизированной организации, которая назвалась «Черный рейхсвер». Кроме того, Йордан с 1923-го по 1927 год был активистом Младонационального союза. Аттестат зрелости Вильгельм получил с большим запозданием — только в 1928 году. Впрочем, это не мешало ему в период с 1921 по 1923 год посещать Берлинский университет, где он записался на курсы лекции по палеонтологии и геологии. Когда же выяснилось, что для продолжения учебы требовался аттестат зрелости, то Вильгельм Йордан стал посещать техникум города Лейпцига. Здесь он обучался токарным навыкам. В 1924 году он сдает экзамены на подмастерье, в 1927 году ему была присвоена рабочая профессия токаря. Одновременно с этим юноша пытался подрабатывать на жизнь, трудясь в граверной мастерской.
После того как Йордан получил долгожданный аттестат зрелости, он смог продолжить свое обучение. Он направляется в Марбург, где посвящает себя изучению древней истории, археологии, геологии, зоологии и ботаники. Его учеба длилась десять семестров — с 30 апреля 1929 года по 6 ноября 1933 года.
Йордан был одним из первых студентов Марбургского семинара древней истории, который уходил своими корнями в 1920 год. Именно тогда известный немецкий археолог Пауль Якобшталь смог создать в Марбургском университете отделение древней истории. Впрочем, в самостоятельную кафедру оно превратилось только в 1927 году. В 1928 году по приглашению ректората ее возглавил Геро фон Мерхарт. Именно этот ученый стал лицом, ответственным за охрану культурных памятников в административном округе Кассель. Лекции фон Мерхарта, которые были посвящены археологической топографии, методам археологических раскопок, описи археологических находок и каталогизации археологических коллекций, как видно уже из самой тематики, были ориентированы на практическую работу. Нет ничего удивительного в том, что за несколько лет Геро фон Мерхарт стал один из ведущих археологов в Северном Гессене. Именно по его поручению в 1932 году Вильгельм Йордан занялся раскопками поселения Баунаталь-Альтенритте. В те годы студенты Мерхарта осуществляли множество раскопок. Многие из них сделали себе имя в науке, занимаясь именно изучением немецких стоянок бронзового и каменного века. Не всегда отношения между Йорданом и его учителем складывались ровно. Так, например, молодого историка очень смущало, что Мерхарт без каких-либо оговорок мог включить в состав своего диссертационного исследования наработки своих студентов и докторантов. Судя по всему, именно по этой причине Йордан не всегда спешил обнародовать результаты своих археологических раскопок. К слову сказать, итоги раскопок стоянки Баунаталь-Альтенритте Вильгельм Йордан представил на суд общественности только в 1941 году, то есть почти через 8 лет после окончания самих раскопок.