После окончания учебы в 1934 году Вильгельм Йордан был направлен на работу в Кассельский земельный музей, где должен был создать археологическую экспозицию. В марте того же года он женился на Элизабет Шминке, которая позже родила ему в браке пятерых сыновей. Несмотря на свою академическую учебу, Вильгельм Йордан никогда не забывал про политику. 1 октября 1930 года он вступил в НСДАП (номер партийного билета 313 903). А 1 марта 1931 года молодой исследователь уже числился в штурме 4 II/83 Марбургских СА. Его карьера в штурмовых отрядах была достаточно быстрой, так как уже 21 ноября 1931 года ему было присвоено звание шарфюрера СА. Когда Вильгельм Йордан стал сотрудником Вевельсбурга, то он уже числился в СС (номер 278 248).
С формальной точки зрения Вильгельм Йордан был зачислен в Вевельсбург в качестве специалиста по древней истории 15 октября 1935 года. Впрочем, сферу своей деятельности он определил только несколько месяцев спустя. Лишь в феврале 1936 года он сообщил Мерхарту о поставленных им перед собой весьма разнообразных, а потому вдвойне привлекательных научных задачах. В сферу его деятельности входили в том числе геологические и палеонтологические изыскания. Десятилетия спустя Йордан вспоминал, что истинной причиной его перехода из Кассельского музея в Вевельсбург были не только возможности профессионального роста, но и приличное денежное содержание, которое должно было выплачиваться ему в эсэсовской структуре. В Вевельсбурге он должен был получать приблизительно вдвое больше, чем в музее. Как уже говорилось выше, Йордан сразу же облюбовал пустующие подвальные помещения в западном крыле замка. Именно там он по собственной инициативе начал создавать музей древностей. Это начинание было одобрено не только тогдашним комендантом замка Кнобельсдорфом, но и архитектором Франциусом. Основой музейной экспозиции должна была послужить его личная и весьма богатая коллекция окаменелостей и минералов. Собственно, концепция создаваемого музея была выстроена в 1936–1937 годах, когда Йордан совершил несколько научных командировок в музеи Берлина и Франкфурта.
Все дарения и закупки, которые были сделаны в этих музеях, вносились в специальную инвентарную книгу. В ней не только делалось короткое описание предмета, но и выполнялся его рисунок. Единственным источником, по которому можно судить о создаваемом в Вевельсбурге музее, являются воспоминания Вильгельма Йордана, которые он оставил в конце 1979 года. За некоторыми исключениями не сохранилось изображений и фотографий музея. Инвентарная книга, равно как и документы, касающиеся эсэсовского музея, считаются пропавшими в конце войны.
До начала Второй мировой войны Вильгельм Йордан предпринял множество археологических раскопок на территории и в окрестностях замка Вевельсбург. Отчеты об этих изысканиях были опубликованы им в Билефельде. По большому счету, речь шла не только об археологических раскопках, но и о геологической разведке, так как Йордан предпочитал не ограничиваться археологическими реликтами. Он постоянно работал на стыке нескольких дисциплин: археологии, геологии и палеонтологии. Описание сделанных находок также было передано в местное управление по охране памятников. Наиболее примечательные находки были сделаны в 1936–1937 годах при раскопках так называемой «Вильзенской горы». Это был холм на месте покинутого поселения Вильзен. Сняв несколько культурных слоев, Йордан обнаружил остатки средневековых стен, кладбища и бронзовой литейной мастерской. Обнаруженная в данном месте керамика была датирована IX веком. В одном из своих частных писем, от 12 декабря 1936 года, Вильгельм Йордан сообщал профессору Августу Штирену о том, что во время разведки в окрестностях Обернтудорфа им, по-видимому, было обнаружено поселение эпохи ранней истории. Проведенные зимой 1936–1937 годов изыскания показали, что «земляная воронка» являлась примером характерного для карстовых возвышенностей близ Падерборна искусственного опускания почвы.