15 июня 1942 года Вильгельм Йордан прибыл в Киев, где пробыл до ноября 1943 года. Он подчинялся непосредственно Гансу Адольфу Прюцману, который являлся высшим руководителем СС и полиции на Юге России (Украина). В 1943 году Прюцман был повышен до уровня верховного руководителя СС и полиции на территории «имперского комиссариата Украина». Поначалу в подчинении Йордана был только геолог по имени Шнек. Позже к нему присоединились еще два переводчика — роттенфюреры СС Вагнер и Гюнтер.
В задачи военных геологов в целом входила поддержка боевых операций. Впрочем, деятельность Вильгельма Йордана в годы Второй мировой войны существенно отличалась от того, чем занимались обыкновенные военные геологи из состава СС. Как правило, эсэсовские геологи должны были заниматься разведкой недр, что предполагалось использовать для добычи сырья после окончания войны (в данном случае планировалось, что в войне победит Германия). Лишь некоторые выполняли частные поручения Генриха Гиммлера. В августе 1942 года Гиммлер обратился к имперскому комиссару Украины Коху, одновременно являвшемуся и гауляйтером Кёнигсберга, с просьбой провести геологическую разведку в районе Житомира. При этом рейхсфюрер СС осведомлялся, наличествовали ли в тех краях запасы кварца («который будет использован после войны»). Кроме того, Гиммлер предполагал заняться поисками топазов, полудрагоценных камней, а также каолина, который мог бы использоваться эсэсовской фарфоровой фабрикой в Аллахе, в том числе занимавшейся производством ритуальной символики и праздничных украшений. Эта просьба указывает, что Гиммлер за поводом ведения военных действий увязывал воедино свои личные интересы (топазы, полудрагоценные камни) и экономическую заинтересованность (завод в Аллахе).
Некоторое время спустя в указанном районе появился Вильгельм Йордан. 7 октября 1942 года он направил в Германию отчет, который назывался «Полезные ископаемые округа Житомир». В нем он говорил о наличии в исследованном районе «важных для обороны месторождений руды». Кроме того, он указывал на наличие залежей минералов, которые могли бы использоваться для создания красителей (фабрика в Аллахе?). Кроме этого в своей деятельности Вильгельм Йордан уделял большое внимание собиранию карт и литературы о российских месторождениях природных ископаемых. В первую очередь немцев интересовали те, что располагались на южных и западных советских территориях. Для выполнения этой задачи Йордан и Шнек получили в свое распоряжение отдельное помещение в Киеве, где сутками напролет штудировали документы и библиотеку местного геологического института. Изъятие документов и книг было согласовано с регирунг-президентом Даргелем, чья резиденция как одного из главных представителей гражданских оккупационных властей Украины располагалась в Ровно. 11 ноября 1942 года Йордан сообщал в письменном отчете в Личный штаб рейхсфюрера СС: «В Киеве нам было предоставлено здание с сорока комнатами, однако до наступления весны жить в нем невозможно. В геологическом институте в моем распоряжении находится просторный кабинет… Наша работа в основном сводится к переводу бумаг о важных залежах минералов, а также составлению списка их месторождений». В этой деятельности в последующие несколько месяцев почти ничего не поменялось. В марте 1943 года Йордан пишет Гиммлеру: «Вкратце сообщу о продвижении нашей работы. Мы уже составили огромные списки месторождений минералов, сделали выписки из литературы, перевели их (на немецкий. —
В силу склада своего характера Йордан предпочитал не ограничиваться сугубо бумажной работой, а по возможности пытался проводить геологическую разведку на местности. С этой целью он предпринял несколько поездок по Украине. В частности, он был в Крыму и Днепропетровске. В апреле 1943 года он сообщал Гиммлеру: «Наша геологическая деятельность достигла немалого успеха. Я надеюсь, что в последующие недели я вновь смогу выехать на территорию, чтобы обследовать на предмет наличия залежей редких минералов окрестности Феодосии».
Из письма, которое было направлено Генриху Гиммлеру его личным референтом Рудольфом Брандтом, следовало, что немцы планировали эксплуатацию данного региона в долгосрочной перспективе. В этом письме содержались выдержки из отчета Йордана о «крымской поездке», а также указывалось расположение различных залежей руды и минералов. Йордан весьма искусно использовал в своих «научных» интересах пристрастие Гиммлера к драгоценным камням. Так, например, в одном из писем, направленных в Личный штаб рейхсфюрера СС, он сообщал следующее: «Объемы залежей полудрагоценных камней до сих пор не оценены с экономической точки зрения. Однако в мирное время они могли бы стать основой для целой добывающей отрасли».