12 февраля 1942 года Вильгельм Йордан был призван на службу в Ваффен — СС (резервный батальон связи, располагавшийся на тот моменте в Нюрнберге). После прохождения боевой подготовки исследователь в качестве военного геолога был направлен на Украину. Находясь в Нюрнберге, Йордан успел только ответить на письмо Кристофа Альбрехта, который с подачи профессора Штирена был назначен лицом, ответственным за сохранение культурно-исторических памятников в Мюнстере. Альбрехт сообщал Йордану о новой археологической находке, сделанной в округе Бюрен, — неких древних урнах. В своем письме Йордан рекомендовал в последующем связываться «с находящимся в Вевельсбурге резервистом СС Кампезато». В том же самом году, когда Йордан оказался в составе Ваффен-СС, созданный им в Вевельсбурге музей был транспортирован в здание имения Бёддекен. Музейная экспозиция, перевезенная по инициативе Германа Бартельса, так и осталась большей частью запакованной в ящики.
В настоящий момент можно восстановить лишь отдельные фрагменты из деятельности Вильгельма Йордана, которую он вел до начала 1942 года. Но даже этих отрывочных сведений вполне достаточно, чтобы показать читателю разносторонне развитую и талантливую личность. Впрочем, это не исключает того, что Йордан был убежденным национал-социалистом. Если после войны он неоднократно указывал, что его участие в «проекте Вевельсбург» было продиктовано в первую очередь финансовыми вопросами, то его членство в национал-социалистической партии, в СА, а затем в СС можно все-таки объяснить только идеологическими установками молодого исследователя. Это был не только национализм, который в те годы присущ многим немцам, но и ощущение некоей элитарности, которое испытывали студенты, обучавшиеся на семинаре древней истории в университете Марбурга.
Все же нельзя списывать со счетов, что в Вевельсбурге Йордан мог получать более высокую заработную плату, нежели в качестве штатного преподавателя истории. Кроме того, вне всякого сомнения, его привлекала возможность самому ставить перед собой научные задачи. По большому счету, для молодого ученого «проект Вевельсбург» стал некоего рода карт-бланшем, в который он вписывает любые научные задачи. Впрочем, данная свобода действий несколько дезориентировала Йордана, который, как мы видели, занимался не только древней историей и археологией, но геологией и палеонтологией. Все это предопределило то, что к 1942 году Вильгельм Йордан так и не смог прийти к каким-то конкретным выводам, кои могли иметь «мировоззренческое значение для СС». Многочисленные наброски, рисунки и даже стихотворения, написанные Йорданом в Вевельсбурге, как нельзя лучше характеризуют его как творческую натуру. На это также указывают другие факты его биографии, например учеба на токаря или работа в граверной мастерской.
Что же ожидало Вильгельма Йордана после того, как он покинул Вевельсбург? Судя по всему, он не смог попасть в число «военно-значимых гуманитарных исследователей», которые освобождались от призыва на фронт. Кто являлся таковым, а кто нет, определяло руководство «Наследия предков». Есть указания относительно того, что Гиммлер даже на время войны планировал не останавливать научную деятельность в Вевельсбурге. Именно по этой причине на протяжении 1939–1941 годов Вильгельм Йордан оставался единственным научным сотрудником замка Вевельсбург.
Впрочем, в 1942 году стало ясно, что Йордан не мог избежать призыва на военную службу. В разговоре с Генрихом Гиммлером он просил подыскать воинскую часть, в которой он «мог бы быть предельно полезным». Гиммлер решил, что Йордан должен был сначала пройти военную подготовку. Так в феврале 1942 года ученый оказался в Нюрнберге в составе резервного батальона связи СС. Однако его служба в качестве связиста оказалось не слишком долгой. Некоторое время спустя он был переведен в состав военно-геологического батальона СС, который располагался на тот момент в Гамбурге. Батальоном боевых эсэсовских геологов командовал Рольф Хёне. Он не был кадровым военным, хотя и профессиональным геологом его можно было назвать с некоторой натяжкой. Рольф Хёне приобрел знания о геологии уже в ходе получения второго профессионального образования. Вильгельм Йордан попал в Ваффен-СС в звании унтерштурмфюрера СС. Для него было очень важным начать воинскую службу в качестве офицера категории F, то есть имеющего возможность принимать самостоятельные решения в рамках отдельно поставленных задач. Если штаб военно-геологического батальона СС оставался в Гамбурге, то его отдельные офицеры и служащие могли посылаться на оккупированные территории, где поступали в распоряжение штаба соответствующего высшего руководителя СС и полиции.