В 1558 году после смерти Марии I Тюдор на престол вступила Елизавета Английская, восстановившая в Англии протестантизм. Ди быстро оказался в фаворе у новой королевы, что довольно-таки странно, учитывая его сотрудничество с прежним режимом (отсюда предположение о шпионской миссии Ди). Елизавета сделала Ди своим личным астрологом и советником в делах науки; Ди сам назначил наиболее благоприятную дату коронации Елизаветы на основании составленного им гороскопа.
Ди вернулся в Англию в 1589. За шесть лет его отсутствия библиотека в Мортлейке, в создание которой Ди вложил столько сил и средств, была разворована, многие ценные книги и научные инструменты утрачены.
Вскоре после возвращения Ди познакомился с Томасом Хэрриотом. Вдвоём они обсуждали предъявленные Хэрриоту и Рэли обвинения в атеизме, а также различные вопросы математики и естественных наук. В 1590 Хэрриот послал Ди копию одного из своих трудов с надписью «Моему дорогому другу».
В течение нескольких лет Ди пытался добиться назначения на какой-нибудь пост и компенсировать материальные потери, понесённые за время путешествий с Келли. Сперва он добивался назначения на должность Магистра Креста Св. Иоанна (?). Его прошение было одобрено Елизаветой, при условии, что своё согласие даст также архиепископ Кентерберийский. Однако тогдашний архиепископ Джон Уитгифт так и не дал своего одобрения.
В 1592 Ди, наконец, был назначен ректором Колледжа Христа в Манчестере. Однако он с трудом справлялся со своими обязанностями, поскольку находившиеся под его началом коллеги не желали подчиняться «злому волшебнику». Вполне возможно, что Елизавета назначила Ди на это пост в первую очередь для того, чтобы удалить его из Лондона.
В 1605 в Манчестере разразилась чума, унёсшая жизни жены Ди и нескольких его детей. Ди переехал в Лондон, где и умер в бедности в конце 1608 или в начале 1609.
Ди трижды был женат и имел восемь детей. Его старший сын, Артур Ди (1579-1651) также занимался алхимией и герметической философией. Джон Обри даёт следующее описание внешности Ди: «Он был высок и худощав. Он носил халат, подобный тем, что носят художники, с раскрытыми от локтя рукавами и длинным разрезом. Очень ясное, румяное лицо… длинная молочно-белая борода. Очень красивый человек». После знакомства с Эдвардом Келли личная жизнь Ди была испорчена: ангелы сказали Келли, что они (Ди и Келли) должны поменяться жёнами, что и было сделано.
Ди был набожным христианином, но в его мировоззрении немалую роль играли философские доктрины герметизма, платонизма и пифагорейства, широко распространившиеся в эпоху Ренессанса.
Ди верил, что число есть основа и мера всех вещей во Вселенной, и что сотворение мира Господом было «актом исчисления». Из герметической философии Ди вынес представление о том, что человек потенциально способен обрести божественную силу; при этом он верил, что божественности можно достичь, в совершенстве познав математику. Для Ди упражнения в каббале и вызове ангелов (которые были основаны на нумерологии) и углублённые занятия навигацией и другими приложениями математики) нисколько не противоречили друг другу, как мы можем полагать сегодня; напротив, они представляли собой два взаимосвязанных аспекта одной и той же деятельности.
Своей целью Ди считал преодоление раскола между протестантской и католической церквями путём обращения к незамутнённой теологии первых веков христианства и создание таким образом всеобщей мировой религии».
В этой статье, довольно подробной, отсутствует одна маленькая, но чрезвычайно важная для нас подробность. В 1559-м году Джон Ди посещал Россию по просьбе королевы Елизаветы Английской, а позднее, когда у Ди начались денежные затруднения, русский двор оказывал ему материальную помощь!
В 1586-м году Борис Годунов приглашал Джона Ди в Москву на должность лейб-медика.
Трудно сказать, почему Ди не поехал – возможно, «Московия» казалось ему слишком опасным местом… Но если бы великий маг согласился, то к поискам «библиотеки Ивана Грозного» могли бы добавиться поиски «библиотеки Джона Ди» (и, кстати, небезынтересно было бы разыскать архив Фиорованти – конечно, если он не сгорел во время одного из многочисленных московских пожаров).
Джон Ди в Москву так и не попал – но, что интересно, попытка заполучить его (или хотя бы кого-то из его потомков) не составляла русских царей. В 1621-м году основатель династии Романовых – царь Михаил Федорович – приглашает в Москву на должность лейб-медика… Артура Ди, сына Джона Ди!
Артур Ди в свое время был разве чуть менее известен, чем его отец – в свое. По всей Европе Артура Ди знали как известного астролога и алхимика. В Москве Артур ди также активно продолжал занятия алхимией, и даже написал сочинение ««Fasciculus chimicus, abstrusae Hermeticae scientiae ingressum, progressum, coroniden explicans» – позднее переведенное на английский язык, но впервые изданное в России!