В 1995–1996 годах отношения КНР с Японией и Тайванем резко обострились, вызвав политический кризис в районе Тайваньского пролива. Тогда демонстрации Пекином своей военной мощи показались Японии реальной угрозой, потому как они могли поставить Японию перед нелегким выбором в случае столкновения США и КНР в этом проливе. После этих событий Япония начала играть более активную роль в поддержании безопасности в проливе.
В сентябре 1997 года были приняты новые «Руководящие принципы сотрудничества США и Японии в сфере обороны», в которых содержалось положение об американско-японском взаимодействии в «окружающих Японию районах». Со своей стороны, Пекин посчитал фактическое включение Тайваня в зону американско-японской безопасности вмешательством в свои внутренние дела.
В 1998 году в ходе визита Председателя КНР Цзян Цзэминя в Токио была достигнута устная договоренность о включении «трех нет» в совместную декларацию: не поддерживать «политику двух Китаев», не поддерживать стремления Тайваня к независимости, не поддерживать идею представительства Тайваня в международных организациях, в частности в ООН. Те же принципы были утверждены президентом США Биллом Клинтоном во время его визита в КНР в 1998 году.
В итоге правительство Японии признало только первые два принципа, причем это так и не было закреплено в письменном виде.
Следует отметить, что кризис в Тайваньском проливе 1996 года разделил японское общество почти пополам: около 50 % заявляли, что они не испытывают симпатий к КНР, 45 % – что испытывают. А на практике осложнение отношений Японии с КНР компенсировалось более тесным взаимодействием с Тайванем. Этому способствовало несколько факторов, в том числе и личные связи Ли Дэнхуэя со многими японскими политическими деятелями.
В 2000 году на выборах президента Тайваня победил представитель ДПП Чэнь Шуйбянь, и он стал еще больше склоняться в отношениях с Японией в политическую и военно-стратегическую сферу. Тайвань начал укреплять сотрудничество с США, и ему в процессе получения независимости было нужно усиление роли Японии. Как видим, приоритеты поменялись, и началось более активное взаимодействие Тайваня и Японии. И вот уже в ноябре 2002 года японское правительство смягчило ограничения, наложенные на поездки японских официальных лиц на Тайвань. И в 2003 году в японском представительстве на Тайване впервые прошли праздничные мероприятия, посвященные дню рождения японского императора Акихито, на которых присутствовали генеральный секретарь Канцелярии президента Тайваня, министр иностранных дел и другие высокопоставленные чиновники. Через несколько дней после этих событий на Тайвань прибыл с визитом бывший премьер-министр Японии Ёсиро Мори.
Япония рассматривала Тайвань как регион с такой же, как и у нее, политической системой и демократическим устройством, и это способствовало более тесным двусторонним отношениям. А на Тайване на Японию возлагалась задача оказывать активную поддержку острову в процессе получения им независимости. Но Японию все же больше устраивал вариант хороших отношений как с Тайванем, так и с КНР. Более того, полная политическая независимость Тайваня Японией не приветствовалась. И в том же 2003 году правительство Дзюнъитиро Коидзуми по неофициальным каналам проинформировало Тайвань о нежелательности проведения референдума, который мог поменять его статус.
Тайвань стал «нарушителем спокойствия» в регионе, что в значительной степени способствовало усилению его изоляции на международной арене. Чтобы порвать с этой контрпродуктивной динамикой, Ма Инцзю подчеркнул необходимость вернуться к более примирительному подходу, при котором основное внимание уделялось бы пунктам соглашения с «материковым Китаем», а не разногласиям.
В 2008 году президентом Китайской Республики стал Ма Инцзю, и вместе с ним к власти вернулся Гоминьдан. В представлении японских политиков приход к власти Ма Инцзю означал изменение «дружественных отношений с Японией» на «дружественные отношения с КНР», что кардинальным образом изменяло политическую ситуацию в Восточной Азии.
Уже с 2005 года Япония стала относить Ма Инцзю, бывшего тогда мэром Тайбэя, к категории политиков, враждебно настроенных по отношению к Японии: он критиковал излишне мягкую позицию Чэнь Шуйбяня в отношении спорных островов Сенкаку (Дяоюйдао) и призывал сесть за стол переговоров, а это было возможно только при условии более жесткой позиции тайваньской стороны в отношении этих островов.