При перестройке Иваном Денисовичем Черником названных особняков их интерьеры в 1858–1859 годах блестяще оформил известный зодчий, отдавший половину своей жизни родному Петербургу, – 40-летний Людвиг Бонштедт, автор проекта известного особняка З. И. Юсуповой на Литейном проспекте, 42. После завершения работы по оформлению интерьеров в особняках на Мойке Бонштедт возвращается в Германию, где к нему приходит европейская слава, а на Всемирном конкурсе в Берлине архитектор получает первую премию за лучший проект парламента в германской столице. По его проектам позже построили замечательные здания и особняки в Германии. При этом газеты справедливо отмечали, что «петербургский зодчий внес огромный вклад в архитектурный облик германских городов».
Петр Аркадьевич Кочубей являлся старшим сыном в семье сенатора Аркадия Васильевича Кочубея и Софьи Николаевны (урожд. княжны Вяземской). По линии отца владелец дома № 67 – внук генерал-майора Василия Васильевича Кочубея, а по линии матери – сенатора князя Николая Григорьевича Вяземского. После окончания в 1845 году Михайловского артиллерийского училища П. А. Кочубей был оставлен при Офицерских классах; затем преподавал курс химии и механики в том же училище, после чего его перевели в Гвардейскую конную артиллерию. В 1857 году князь П. А. Кочубей вышел в отставку. В Санкт-Петербурге он создает Музей прикладных знаний, избирается председателем Русского технического общества, в деятельность которого князь внес весьма весомый вклад. Петр Аркадьевич являлся известным коллекционером уникальных изделий из серебра и художественных изделий из редких минералов. Во втором доме Кочубея, на Мойке, 69, находился крупнейший музей собраний руд с образцами золота, платины, серебра и других редких минералов. После смерти князя у его сына Василия одну из крупнейших коллекций минералов приобрел столичный Минералогический музей (ныне – им. академика Ферсмана). В честь владельца дома на Мойке, 69, назвали минерал «кочубеит» и редчайшую друзу кристаллов александрита, получившую название «Друза Кочубея», или «Кочубеевская друза». В своем доме на Мойке Кочубей проводил регулярные «минералогические пятницы», посещавшиеся известными специалистами-минерологами Петербурга, в числе которых бывали академики Н. И. Кокшаров, А. В. Гадолин и многие другие.
Тайный советник Петр Аркадьевич Кочубей скончался в своем доме на Мойке зимой 15 (27) декабря 1892 года. После его смерти единый участок с расположенными на нем домами № 67 и 69, принадлежавший князю, был выкуплен у наследников казной для Военного ведомства с целью размещения в этих зданиях резиденции военных министров Российской империи.
Переданные на баланс Военного министерства, эти особняки в 90-х годах XIX столетия подлежали перестройке, целевой перепланировке и капитальному ремонту в полном соответствии с задачами и спецификой размещаемого в них Военного министерства Российской империи. В план работ по приспособлению зданий в структуре Военного ведомства включался перечень устройства казенных помещений одного из главных министерств России: приемные и кабинеты высшего офицерского состава Военного министерства, возглавлявшего его соответственные управления, кабинеты штатных военных сотрудников и различных технических и ведомственных хозяйственных служб. Одно из приобретенных зданий (дом № 67) по решению императора Николая II решили приспособить под персональный особняк военного министра с соответствующей его высокому рангу и престижу представительной приемной, помпезными залами, роскошными личными апартаментами главы Военного ведомства и комфортными семейными покоями министра и члена Государственного совета.
Объем перестроечных работ оказался весьма большим и разносторонним, ибо купленные в казну столичные особняки плохо подходили для реализации новых задач, поставленных архитекторам и специалистам строительного Военного ведомства.
Потребовались немалые денежные затраты при капитальной переделке внутренних помещений зданий, перестройке и внутренней отделке обоих особняков. Приспособление старых домов под схему и нужды Военного министерства успешно провели талантливые архитекторы Военного ведомства. Они вначале произвели работы по тщательной разметке необходимых для Военного министерства помещений, изготовили обмерные планы зданий и составили рабочие эскизы всех служебных, жилых и парадных интерьеров в двух переданных теперь Военному ведомству зданиях на Мойке.
Архитектурные аспекты реконструкции двух столичных особняков на правом берегу реки Мойки в служебные и жилые помещения одного из главных российских государственных учреждений вызывали пристальное внимание столичных газет и ведущих петербургских зодчих, одобрявших оперативность и качество перестроечных работ. Правда, вместе с доброжелательными отзывами петербургские газеты не преминули отметить «экономию, излишнюю скромность и умеренность украшений фасадов зданий и чрезвычайную нарядность внутренней отделки помещений дома Военного министра» (дом № 67).