Занявший в 1861 году вакантное место генерал-губернатора Петербурга князь А. А. Суворов, по характеристике П. В. Долгорукого, «весьма честен, человек одаренный, натурой симпатичной и замечательной отвагой. Мы не говорим о храбрости военной – кто не храбр из русских воинов, от фельдмаршалов до рядовых? Мы говорим о мужестве гражданском, столь весьма редком в странах самодержавия…». Начало государственной деятельности нового военного генерал-губернатора совпало со студенческими волнениями в столице. Студентов-бунтовщиков отчисляли из университета и других высших петербургских учебных заведений. 350 студентов отправили в казематы Петропавловской крепости. Правда, условия их содержания под арестом во многом отличались от режима аналогичного ареста офицеров-декабристов. Мятежные студенты жили в просторных общих камерах, прогуливались группами в крепостном саду. Им были разрешены свидания с родными и знакомыми, приносившими заключенным вещевые и продуктовые передачи. Обед арестованных 335 студентов состоял из 335 свежеиспеченных булок, 7 пудов 20 фунтов говядины, 18 фунтов сливочного русского масла и несчетного количества свежих и соленых огурцов.
Любивший студентов сиятельный князь А. А. Суворов в первый же день своего губернаторства в столице отправился в Петропавловскую крепость, чтобы лично ознакомиться с условиями содержания крамольных студентов, и даже дружески с ними побеседовал. Выразив свое уважение «к горячим молодым головам», он обещал неотложно разобраться в их делах и способствовать скорому освобождению. Ему действительно удалось убедить Александра II освободить заключенных в крепости студентов. В декабре 1861 года студентов – узников Петропавловской крепости стали группами выпускать из ее застенков. Правда, при этом двумстам из освобожденных арестованных грозила последующая немедленная высылка из столичного города при условии, если они не будут взяты на поруки серьезными гарантами.
Узнав об этом, генерал-губернатор сам составил список возможных поручителей. Он убедил профессора столичного университета И. Е. Андреевского стать гарантом тридцати студентов, двадцать пять освобожденных не подверглись высылке из Петербурга по поручительству правителя канцелярии генерал-губернатора действительного статского советника Н. Г. Богуславского. Оставшихся студентов под свою опеку взял персонально генерал-губернатор Санкт-Петербурга А. А. Суворов.
По этому поводу Федор Иванович Тютчев тогда напишет стихи, названные им: «Его светлости князю А. А. Суворову», начинавшиеся строкой «Гуманный внук воинственного деда…».
В 1862 году в Петербурге усилилась пожароопасная обстановка. Сгорели Апраксин двор и множество других городских строений. Население винило в поджогах поляков, жидов и студентов, а правительство указом даже ввело для подозреваемых в «зажигательстве» военно-полевые суды, приговаривавшие поджигателей к смерти. Генерал-губернатор потребовал усилить следственную работу в получении явных и неоспоримых доказательств вины обвиняемых, чем тогда спас многих невинных людей от сурового приговора.
Начиная с 1863 года разгорается шквал злобных нападок и серьезных атак на персону генерал-губернатора со стороны высокопоставленной столичной элиты и ближайшего императорского окружения. По Петербургу во множестве распространяются сплетни и слухи самого нелепого содержания. Столичный полицмейстер И. Г. Баннаш фон дер Кейт уверял представителей столичной прессы, что генерал-губернатор Суворов будто бы потворствует ворам, мошенникам, грабителям и поджигателям домов, которых «полиция вовремя ловит, а Суворов выпускает».
Злопыхательства против генерал-губернатора А. А. Суворова не прекращались, а в высших кругах имперской столицы усиливалось мнение о скорой неминуемой отставке «гуманного внука воинственного деда». И она действительно не заставила себя долго ждать. Конец губернаторской карьере светлейшего князя Александра Аркадьевича Суворова положило неудачное покушение 4 апреля 1866 года на императора Александра II революционера Дмитрия Васильевича Каракозова, впоследствии приговоренного к смертной казни. Сам же генерал-губернатор Суворов о своей отставке не подозревал и, однажды отправившись с очередным докладом в Царское Село, пребывая в весьма добродушном и доброжелательном настроении, внезапно узнал от своего благожелательного императора Александра Николаевича не только о своей отставке, но и о неожиданном решении давнего покровителя упразднить в России должность военного генерал-губернатора Петербурга. Внезапное известие потрясло Суворова, и в этот момент он вспомнил окончание императорского рескрипта о назначении его на должность столичного генерал-губернатора. Ровно пять лет тому назад император, вручая ему рескрипт, четко прочел слово, завершавшее в 1861 году этот государственный документ: «Наше всегдашнее желание, чтобы правящие и управляемые соединялись узами взаимной привязанности и взаимного доверия, что вами было бы понято и исполнено».