И вот в 1825 году грянуло восстание декабристов, убийство Милорадовича, старого боевого товарища Павла Васильевича, и назначение столичным военным генерал-губернатором, вынужденным по приказу царя творить следствие, суд и казнь своих боевых товарищей в войне с Наполеоном. Будучи главным членом следственной комиссии, генерал-губернатор лично допрашивал декабристов, проводил между ними очные ставки и иные следственные мероприятия. История оставила потомкам опросные листы подобных разбирательств. Проводя очную ставку между декабристами Сергеем Григорьевичем Волконским и Павлом Ивановичем Пестелем, генерал-губернатор задал вопрос: «Удивляюсь, как вы могли решиться на такое ужасное действие, как цареубийство?» По воспоминаниям декабриста Ивана Дмитриевича Якушкина, основатель и директор Южного общества декабристов полковник П. И. Пестель довольно тонко и остроумно тогда ответил на этот вопрос своему бывшему соратнику по Отечественной войне: «Я еще не убил ни одного царя, а между моими судьями есть цареубийца». Действительно, двадцать лет тому назад полковник Голенищев-Кутузов принимал участие в заговоре против императора Павла Петровича, убитого тогда гвардейскими офицерами. Свидетель этой следственной сцены Петр Владимирович Долгоруков в узком кругу друзей рассказывал, что «генерал-губернатор после подобного ответа Пестеля не только побледнел, но и позеленел». Другой свидетель реакции Кутузова на ответ Пестеля в своих воспоминаниях приводит реакцию генерала в несколько иной редакции: «Удивляюсь удивлению именно вашего превосходительства: вы должны знать лучше нас, что это был не первый случай. Случалось, что у нас в России за это жаловали Андреевские ленты!»
В ночь с 12 на 13 июля 1826 года пятерых приговоренных к повешению участников восстания вывели из казематов Кронверкской куртины Петропавловской крепости. Когда плотники завершили работу, генерал-губернатор Голенищев-Кутузов, руководивший казнью, снова сам, лично, проверил готовность эшафота и крепость веревок. По его указанию перед казнью использовали более тонкие веревки, «дабы петли быстрее затягивались и приносили приговоренным меньше муки». Осужденных, одетых в белые саваны, установили на помосте, затянули на шеях веревочные петли и по взмаху Голенищева-Кутузова, под громкую барабанную дробь из-под их ног выбили скамейки. У троих участников заговора веревки оборвались, и они рухнули в яму, проломив настеленные над ней сосновые доски.
По воспоминаниям свидетелей казни, выбравшийся из ямы окровавленный Сергей Муравьев-Апостол с горечью громко выкрикнул: «Бедная Россия, и повесить-то даже человека не умеют». Один из авторов мемуаров позже напишет, что Рылеев воскликнул, обращаясь к руководителю казни Голенищеву-Кутузову: «Подлый опричник тирана! Дай же палачу свои аксельбанты, чтобы нам не умирать третий раз!»
Иные очевидцы казни вспоминали, что к этому заявлению Рылеев прибавил: «Вы, генерал, вероятно, приехали посмотреть, как мы умираем. Обрадуйте вашего государя, его желание исполняется: вы видите, мы умираем в мучениях». После этих слов Голенищев-Кутузов в раздражении недовольно крикнул палачам, известным столичным мастерам заплечных дел – Карелину и Козлову: «Вешайте, вешайте снова скорее!»
На следующее утро генерал-адъютант и военный петербургский генерал-губернатор Голенищев-Кутузов доносил императору Николаю Павловичу: «Экзекуция кончилась с должною тишиною и порядком как со стороны бывших в строю войск, так и со стороны зрителей, коих было немного. По неопытности наших палачей и неумению выстраивать виселицы при первом разе трое сорвались…»
Через пять лет после своего назначения, в 1830 году, утомленный навалившейся на него тяжестью разнообразной административной работы Голенищев-Кутузов подает прошение об отставке и выезжает из казенного жилого губернаторского особняка на набережной реки Мойки, 83.
7 февраля 1830 года в жилые апартаменты особняка переехал вступивший в должность очередной военный генерал-губернатор Петербурга, 58-летний генерал от инфантерии и член Государственного совета граф Петр Кириллович Эссен, прослуживший до прибытия в столицу 17 лет генерал-губернатором Оренбургского края.
По мнению барона Модеста Андреевича Корфа, соученика А. С. Пушкина по Царскосельскому лицею, граф Эссен – «добрый, честнейший, незлобивый человек, неуклонно преданный долгу».