Нет сомнений в том, что британские власти организовали почтовый бойкот немецкой экспедиции, находившейся в Лхасе. Только так можно объяснить тот факт, что Шеферу из Индии в тибетскую столицу не доставлялось никакой корреспонденции. Чтобы хоть как-то организовать деятельность экспедиции, он посылал радиограммы через немецкое консульство в Шанхае. Однако в том же Шанхае американцам удалось перехватить эти незашифрованные послания. Так им стало известно о теплом приеме тибетскими властями германской экспедиции и о подарках, которые должны были быть направлены в Тибет. Все эти сведения стали своего рода сенсацией. Британские власти и ранее с подозрением относились к экспедиции Шефера. Когда же им стали известны некоторые подробности ее пребывания в Лхасе, то они пришли к выводу, что их подозрения не были беспочвенными. Но во всех сообщениях Шефера в глаза бросалась одна особенность. Он не намеревался осуждать английскую сторону. Шефер проводил различие между мнительными газетчиками, которые печатали компрометирующие его материалы, и официальными британскими институтами, которые, впрочем, послали для его поимки военных.
Прежде чем оставить Индию, в своей статье для «Народного обозревателя» он весьма лестно отзывался о Б. Гулде, британском уполномоченном по делам Сиккима, Бутана и Тибета, который, перешагнув через национальные различия и стереотипы, организовал немцам дружеский прием. По возвращении из Тибета Шеферу пришлось второй раз столкнуться с лордом Линлитгоу Эта встреча произошла буквально накануне отбытия экспедиции обратно в Европу. Беседа, естественно, была посвящена завершавшейся экспедиции. Об этом разговоре есть только два упоминания. Одно — это заметка Эрнста Шефера, написанная для того же «Народного обозревателя». «Я с большой благодарностью принял приглашение лорда Линлитгоу, который был крайне любезен, но в то же время свободен в общении со мной. Он заверил меня, что был благосклонен к моей экспедиции с ее первого до последнего дня». Далее шли общие фразы сожаления о том, что экспедиция удалилась слишком далеко. Сам же Шефер в немецкой прессе рассказывал не только о трудностях экспедиции, но и о любезности британских властей, включая вице-короля. Не исключено, что таким образом он хотел хоть как-то наладить портившиеся с каждым днем германо-британские отношения. Второй раз об этом разговоре Шефер вспомнил в 1947 году, когда его как свидетеля допрашивали на Нюрнбергском процессе. Тогда он выдал множество мельчайших подробностей беседы с лордом Линлитгоу. На этот раз он утверждал, что темой беседы была опасность вспыхивания войны в Европе. Вице-король просил Шефера помочь в сохранении мира. Шефер утверждал следующее: «Лорд говорил мне, что согласен с тем, что Данциг — немецкий город. «Если вы хотите Данциг, то вы его получите, но кредит доверия заканчивается. Если Гитлер прибегнет к силовым действиям — это будет означать начало войны». Далее он продолжил: «Война может продолжаться 15 лет. Мы знаем, что Германия очень хорошо вооружена, что позволит ей выигрывать в первые годы. Но затем это может закончиться крушением европейской культуры». Мне скоро предстояло выплывать в Багдад, чтобы попасть в Германию. На прощание лорд сказал мне дословно следующее: «Попытайтесь хоть что-нибудь сделать для сохранения мира»».
Сейчас сложно установить, о чем в действительности говорили немецкий исследователь и вице-король. Сложно также сказать, что сделал Шефер для сохранения мира. Не исключено, что он просто хотел себя обезопасить на международном трибунале.
4 августа 1939 года экспедиция Шефера направилась в Германию. За прошедшее лето немцы проехались по разным местам Тибета. Кроме всего прочего, они посетили древний королевский город Ялунг. Там они намеревались сделать множество археологических и палеонтологических находок. На обратном пути в Калькутту Шефер делал лишь кратковременные остановки. Слухи о грядущей войне заставляли его спешить. Обратный путь в Германию проходил по следующему маршруту: Багдад—Александрия — Афины — Белград — Вена. Согласно первоначальному плану, экспедиция направила весь свой багаж на корабле по морю, а сами ее участники пересели на самолет. Они успели вылететь из Индии раньше, чем британские власти отдали приказ, запрещающий выезд из Индии всем гражданам стран «оси» (Германия, Италия, Япония). О том, что подобная поспешность не была случайной, говорит очень многое. Багаж экспедиции прибыл в Германию много позже — лишь весной 1940 года. В нем находились не только собранные материалы, но и многочисленные подарки, которые тибетское правительство направило Гитлеру.