Как уже говорилось выше, в августе 1939 года Шефер прямо в мюнхенском аэропорту был встречен Гиммлером. Состоялась беседа. Шефер пояснил, что не может передать Гиммлеру письмо от тибетского регента Рединга Хутукту, так как оно находилось вместе с подарками в багаже. А тот, как мы помним, следовал по морю. К слову сказать, не самый дальновидный шаг. Подобные документы и послания лучше все-таки не «сдавать в багаж». Но отсутствие письма не помешало Шеферу передать суть своих бесед с регентом. Почти тут же родился план (в большей степени он все-таки принадлежит Гиммлеру). Надо было организовать новую экспедицию в Тибет, на этот раз сухопутным путем. Ее целью бала поддержка тибетцев хотя бы в ограниченных военных акциях, направленных против британской короны. Монашеское государство, азатем и Сикким должны были стать центром военно-политической нестабильности.
Возвращение экспедиции Эрнста Шефера в Германию как раз совпало с периодом временного сближения Советского Союза и Третьего рейха. Это обстоятельство только подхлестнуло стратегические фантазии Гиммлера и Шефера. Молодой ученый, не откладывая в долгий ящик, буквально неделю спустя после своего возвращения начал планировать новую экспедицию в Тибет. На этот раз она должна была пройти не под научным, а под военным знаком.
Уже 4 сентября 1939 года, то есть день спустя после объявления Великобританией войны Третьему рейху и 12 дней после подписания пакта Молотова—Риббентропа, четверо участников тибетской экспедиции встретились в Берлине с штандартенфюрером С С Ульманом, начальником Персонального штаба рейхсфюрера СС. Позже Ульман направит письмо группен-фюреру СС Карлу Вольфу, который в тот момент вместе с Гиммлером ехал по делам на фронт в «специальном поезде». В письме излагались все детали и подробности многочасовой беседы. Почти в тот же день Гиммлер лично отдал приказ о том, чтобы все участники будущей тайной экспедиции начали тренироваться в Праге на базе элитной эсэсовской дивизии «Лейбштандарт Адольфа Гитлера». За их подготовку непосредственно отвечал штандартенфюрер СС Кеплер. Пару дней спустя, 7 сентября 1939 года, Гиммлер выразил крайнее недовольство действиями Шефера, так как тот, не получив на то соответствующего разрешения, имел беседу в шефом абвера адмиралом Kaнарисом. Сдержанный обычно Гиммлер в беседе с Шефером не скрывал своего раздражения: «Сегодня я узнаю от адмирала Канариса, что Вы были у него, обсуждали с ним дела и даже высказали мнение, что дорога через Россию является слишком длинной, а также нет необходимости получать в Праге военную подготовку. Я понимаю, что Вы при своей энергичности и решительности желаете как можно быстрее приступить к выполнению задания. Но впредь я прошу от Вас только одного — послушания и предельно точного выполнения приказов. Распоряжаться собой вы получите возможность только в одном случае, когда сами станете командиром. Но до тех пор, пока Вы находитесь здесь, Вы должны подчиняться, как в свою бытность требовали этого от участников Вашей экспедиции. Выполнять задание имеет смысл тогда, когда этого требует политическая обстановка. Я уже как-то говорил Вам об этом. Если война с Англией и Францией окажется скоротечной, то выполнения данного задания не потребуется. Если же противостояние затянется, то тогда оно окажется весьма к месту. К тому же я считаю военную подготовку необходимой, так как это мое личное дело. Если Вы беретесь за выполнение военного задания, то для начала должны быть воспитаны как солдат. При помощи саботажа и небольших диверсий мы ничего не сможем достичь».
После тибетской вольницы Гиммлер давал недвусмысленно понять, что отныне Шеферу придется мириться с его строгим руководством. Строгость рейхсфюрера была обусловлена еще и тем, что он хотел единолично курировать «тибетский проект» и вести свою внешнеполитическую игру без помощи конкурирующих структур. Если Гиммлер запрещал Шеферу встречаться с Канарисом, то делал это как минимум по двум причинам. Во-первых, Шефер как эсэсовец консультировал «конкурента» — армейскую контрразведку. Во-вторых, личные отношения между рейхсфюрером СС и адмиралом были и без того слишком натянутыми. Не стоило забывать, что Канарис и Рейнхардт Гейдрих, шеф СД — службы безопасности СС, были не просто конкурентами, а едва ли не врагами. Они работали друг против друга, собирали друг на друга компромат, устраивали провокации. Канарис очень рано понял, что СС превращались в «государство в государстве», и его это не устраивало. В итоге Шефер, сам того не подозревая, стал для Гиммлера в одночасье едва ли не «предателем». А ведь именно так можно было трактовать контакты за спиной главы СС. Гиммлер вообще реагировал крайне агрессивно, когда Канарис пытался перевербовать у него людей.