В очередном письме Генрих Гиммлер вновь приказал Шеферу и его товарищам безотлагательно направляться в Прагу, При этом относительно будущего предприятия им надлежало хранить «гробовое молчание». Более того, они должны были воздерживаться от контактов с представителями каких-либо других инстанций Третьего рейха. Гиммлер не хотел осуществлять свой замысел, если бы о предстоящей акции знал кто-нибудь еще. В итоге Гиммлер написал Шеферу: «Я полагаю, что Ваши прежние вольные беседы и Ваше желание сотрудничать в сфере схожих заданий с другими структурами, могут привести Вас к смерти (!!!). Нельзя забывать, что имеется контрразведка, что она базируется на определенных системах и имеет определенный опыт. В данной ситуации единственным средством является — держать рот на замке. Не надо рассказывать людям что-то раньше, чем они это должны узнать. Людям вообще не надо знать больше, чем им положено знать. Вы должны быть скрытны… Не исключаю, что Вы забыли эти принципы, оговоренные во время нашей беседы. Но я убежден, что отныне Вы будете действовать согласно полученному приказу, что Вы проявите свою волю, которая в итоге и позволит Вам выполнить порученное Вам задание».
Несмотря на то что Шефер «прокололся» и самостоятельно установил контакты с адмиралом Канарисом, для Гиммлера он оставался человеком, который был ему нужен. Во время допросов на Нюрнбергском трибунале Шефер рассказал американцам, как он попал в сферу планирования новой, уже военной, тибетской экспедиции. Еще во время своего путешествия по Тибету он направил письма рейхсфюреру СС и в МИД Германии, в которых он высказывался за сотрудничество с Англией в Европе. Игнорируя факт, что ответ не поступил, он все-таки развил эту тему в беседе с вице-королем Индии. Тот рекомендовал ему не более и не менее, как встретиться лично с Гитлером и рекомендовать фюреру сближение с западными державами. После того как Гиммлер отговорил молодого исследователя от столь опрометчивого поступка, тот через знакомых своего отца вышел на Канариса. Тот даже порекомендовал Шеферу поступить в его военно-разведывательную школу. Но во время встречи с Гиммлером Канарис почему-то «открыл карты». Адмирал даже процитировал Шефера. Чем окончилось данное «цитирование», мы уже знаем. Позже Шефер вновь встретился с Гиммлером. Тот стоял у огромной карты. Он показал на нее и сказал, что Шефер должен вести экспедицию в Тибет при помощи русских. «Он требовал, чтобы я установил связи с русскими. Но Советский Союз был тогда закрытым государством. Я увиливал как мог от выполнения этого задания. Но Гиммлер настаивал. Он сказал мне: «В первую очередь Вы являетесь эсэсовцем». Затем он отдал мне приказ собирать вещи. Однако, что происходило на самом деле, полагаю, американская сторона проинформирована гораздо лучше меня. Многое я впервые узнал вообще во время моих допросов в Оберурзеле. Я лишь в курсе, что это был план, согласно которому мы совместно с русскими хотели организовать вторжение в Индию. Я был поставлен в тупик, и тогда сделал следующее — я решил обсудить это со своим отцом. Он ничего не понимал в географии, к тому же я решил изложить ему такую версию, чтобы не выдавать реальный проект. «Я собираюсь ехать в Кашмир, чтобы вербовать там туземцев» «Каким путем?» «Через Россию». «Это совершенно безумная идея». А затем я оказался в «Лейбштандарте». Меня как солдата там стали учить дисциплине».
Данное изложение событий, сделанное Шефером, наверняка являлось попыткой оправдать себя и своих товарищей, служивших в СС. Посмотрим на хронологию тех событий. Приказ о направлении в Прагу Шефер получил где-то 4 сентября. На три дня он задержался в Берлине. Именно в это время он встретился с Канарисом. Вряд ли во время этой встречи он передавал просьбу лорда Линлитгоу. Вероятнее всего, он обсуждал с шефом абвера конкретные планы СС на время войны. Хотя документальные записи об этой беседе отсутствуют, можно предположить, что она состоялась незадолго до 7 сентября 1939 года. По этой причине версия Шефера о том, что его «сослали» в «Лейбштандарт» за связи с Канарисом, является, мягко говоря, несостоятельной. Вдобавок ко всему имеются письма, которые позволяют говорить о том, что Шефер сам предложил Гиммлеру план новой экспедиции в Тибет. То есть получается, что он без санкции и предварительного инструктирования самовольно встретился с Канарисом. Сделано это было, естественно, отнюдь не для того, чтобы причинить Гиммлеру какой-то вредно при всем этом нет никаких признаков того, что Шефер был решительным противником Гиммлера. Эту мнимую оппозиционность он «приобрел» уже во время допросов американцами.