А между тем Эрнст Шефер, Эдмунд Геери Йобст Геслинг получили необходимые документы и полномочия на выполнение особого задания, после чего под видом туристов направились в Прагу. Там на базе «Лейбштандарта» им предстояло пройти 8-не-дельные военные курсы. Программа тренировок была утверждена непосредственно руководством СС, что еще раз подчеркивало секретность их задания. Специально выделенный для тренировок эсэсовский офицер должен был научить за два месяца молодых ученых обращению с автоматическим оружием, основам саперного дела, системе оповещения, зенитному делу, тактике ведения боя и т. д. С «новобранцами» общаться разрешалось только высокопоставленным офицерам СС. Тем временем между персональным штабом рейхсфюрера СС, хозяйственным управлением СС и отдельными командирами «Лейбштандарта» шла активная переписка. В основном обсуждались два вопроса: успехи в военной подготовке «новобранцев» и дальнейшее финансирование их обучения. Гиммлер лично следил за «военными успехами» молодых ученых. Именно по его настоянию программа подготовки была значительно расширена.
После прохождения подготовки Шефер получил от Гиммлера приказ скоординировать предстоящую операцию с планами Министерства иностранных дел. С началом войны германский МИД независимо от СС стал разрабатывать планы дестабилизации при помощи «советских союзников» британских колоний, прежде всего Индии. Сделать это предполагалось через Афганистан. По данному вопросу сохранилось достаточное количество документов. В итоге можно реконструировать почти все запланированные советско-германские тайные операции, которые в рамках сотрудничества СССР и Третьего рейха должны были быть осуществлены против Британской империи. Собственно интересы МИДа и СС в данном направлении не пересекались. В СС планировали дестабилизацию Индии через Тибет, а в Министерстве иностранных дел — через Афганистан. Риббентроп еще годом раньше наметил главный внешнеполитический принцип данной программы. В борьбе против колониальной империи надо было сплотить все антибританские силы.
Но координация действий СС и МИДа оказалось не такой уж простой задачей — почти сразу стали возникать проблемы и трудности. В основном это обуславливалось личной конкуренцией, которая в итоге вылилась в соперничество структур. С самого начала подобные разногласия только вредили процессу переговоров с советской стороной. Нередко дискуссии между немецкими представителями начинались прямо в присутствии советских дипломатов. В Центральной Азии свои планы вынашивали и Министерство иностранных дел, и абвер, и внешнеполитическое управление НСДАП. В целом отношения между Гиммлером и Риббентропом характеризовались как дружелюбные. Но именно по проблеме Тибета между ними произошла ссора. В планах Гиммлера, вне всякого сомнения, идеологические моменты превалировали над сугубо практическими. Его мало волновала удаленность монашеского государства. Дело с организацией новой тибетской экспедиции замедлялось тем, что многие служащие МИДа противились попыткам СС вести собственную внешнюю политику Их совсем не устраивало, что для своих проектов Гиммлер намеревался использовать именно Министерство иностранных дел. Это не устраивало и самого Риббентропа. Попытаемся разобраться в данном дипломатическом хитросплетении, а также в подводных течениях, которые существовали во время советско-германского сближения 1939–1941 годов.
В конце сентября 1939 года, когда Шефер формально находился в подготовительном лагере «Лейбштандарта» в Праге, у министра иностранных дел Риббентропа состоялось заседание. На нем обсуждались предстоящие военные акции в Афганистане и Тибете, а также необходимость их согласования с советской стороной. В беседе кроме самого Риббентропа принимали участие; Фриц Гробба, куратор восточного сектора Министерства иностранных дел, Вернер Отто фон Гентинг и собственно специально приглашенный Эрнст Шефер. Сначала обсуждался «афганский вариант». Предполагалось, что правительство данной страны должно было начать целенаправленные акции против Великобритании. Благожелательный в отношении Германии нейтралитет тоже, конечно, был хорош, однако в Берлине на Вильгельмштрассе предпочли, чтобы пассивная позиция Афганистана сменилась хоть и условно, но все-таки активной. Договариваться об этом надлежало в Москве. По «тибетскому варианту» германский МИД не вел никаких переговоров с Москвой. Это была абсолютно новая тема. Но предполагалось, что и она будет рассмотрена в Советском Союзе. Еще прежде чем были установлены непосредственные контакты с Молотовым, в германском МИДе решили, что подготовку обоих рискованных операций надо было объединить между собой. Некая логика в данных словах была. Если Риббентроп в силу своих функций мог представлять интересы Гиммлера в Москве, то вряд ли советские органы позволили СС проводить на территории Советского Союза самостоятельную политику.