В данной ситуации остается неясным, знало ли руководство СС о бюрократических баталиях, которые с одной стороны вели Риббентроп и Гентиг, а с другой — Розенберг и Гробба. Позже Шефер описывал один случай. Накануне его свадьбы 7 декабря 1939 года ему позвонил группенфюрер СС Карл Вольф, который сообщил, что Шеферу предстоит поездка в Москву, а потому ему надлежало направиться в Берлин, в здание МИДа на Вильгельмштрассе. Молодой исследователь в тот же день оказался в Берлине, но никто из дипломатов не сообщил ему новость о поездке в Москву. Именно в эти дни разворачивалась баталия между Розенбергом и Риббентропом. По-видимому, в МИДе предпочитали умалчивать о конфликте с внешнеполитическим управлением НСДАП. Это пытались скрыть даже от СС. В неблагоприятной для немецких дипломатов обстановке личный визит Шефера в Москву для обсуждения перспектив тибетской экспедиции мог еще сильнее подорвать позиции МИДа. Более того, в самом министерстве опасались, что подобное сотрудничество поставит их в зависимость от могущественных СС. Только так можно объяснить, что для оказания влияния на Гитлера не был привлечен Генрих Гиммлер, который откровенно недолюбливал и презирал догматика Розенберга.
Но Шефер хотел во что бы то ни стало продемонстрировать Гиммлеру, что его дела шли весьма успешно. А потому он пытался изобразить из себя важную личность, которая тоже играла какую-то роль. Зимой 1939–1940 годовой начинает активно критиковать Министерство иностранных дел за то, что оно не было в состоянии обеспечить дипломатическое прикрытие его тибетской экспедиции.
Например, в донесении Гиммлеру «О состоянии операции в Тибете», датированном 10 января 1940 года, еще звучат оптимистичные нотки: «В декабре 1939 года прошло несколько собеседований с помощником статс-секретаря. Итог этих бесед можно выразить в двух пунктах. Во-первых, подробно обсуждались детали предстоящей операции. Во-вторых, после консультаций с русскими было установлено, что собственно военной акции должна предшествовать политическая, которая должна подготовить почву в Китае, Туркестане и Тибете». В многостраничном письме Шефер высказывал пожелание, что передовой политический отряд должен был иметь достаточное финансирование, чтобы вести работу против колониальных британских властей в стиле Лоуренса Аравийского. По этой причине для предстоящего успеха акции большое значение имела иностранная валюта. Приблизительные расчеты Шефера финансовых затрат на проведение данной операции составляли 2–3 миллиона рейхсмарок, часть из которых надо было иметь в виде серебряных монет или слитков драгоценных металлов. Кроме технических вопросов организации экспедиции и ее активной поддержки советскими властями, как на территории континентальной России, так и в Сибири, рассматривался вопрос о согласии тибетских властей спровоцировать антибританские выступления в Северном Сиккиме, Юннане, Сетчуане и Кансу. В качестве альтернативы переброски экспедиции через Советский Союз рассматривался вариант проникновения через Пекин и Ланьчжоу, но для этого требовалась поддержка японских властей.
На самом деле сообщение Шефера только на первый взгляд выглядит оптимистичным. Он перечислял подробности планирования экспедиции, но не смог привести в письме ни одного конкретного результата или хотя бы достигнутой договорённости. За списком людей, которые должны были принять участие в политической акции, и перечислением необходимого для этого оборудования, Шефер «запрятал» предполагаемую дату начала предприятия. А оно откладывалось едва ли не на полгода. Теперь экспедиция должна была стартовать уже в первой половине 1941 года. Потеряв всякую независимость, Шефер пытался сохранить доверие рейхсфюрера СС, прибегая к помощи «Наследия предков», чьими услугами еще пару лет назад он откровенно пренебрегал. Шефер понимал, что с каждым днем продолжавшейся войны новая тибетская экспедиция становилась все более и более небезопасным предприятием. Он был уверен в симпатиях Гиммлера, но просчитывал ходы. Его очень беспокоило то, что могло бы произойти в случае, если бы экспедиция не состоялась. Усердно планируя тибетскую акцию, Шефер хотел доказать свою незаменимость для эсэсовских структур. Но ни симпатии Гиммлера, ни материалы, собранные во время предыдущих экспедиции, не могли гарантировать Шеферу, что при неблагоприятном развитии событий он смог бы остаться в СС.
После войны на американских допросах Шефер из раза в раз говорил о том, что был вынужден участвовать в планировании данной «безумной затеи», так как: во-первых, находясь во главе экспедиции, он мог наилучшим образом саботировать ее деятельность; во-вторых, он хотел использовать полученные от Гиммлера деньги и оборудование для продолжения научных изысканий на Тибете. Но при этом он забыл упомянуть, что продолжал военную и спортивную подготовку, даже когда стало ясно, что тибетская экспедиция не состоится. Работа в «Наследии предков» не предполагала особых физических данных.