Но именно из-за столь высоких денежных затрат весь этот тибетский проект потерпел неудачу. 19 марта 1940 года Шефер пожаловался Гиммлеру на то, что Министерство иностранных дел поставило его перед фактом — у дипломатического министерства не было в распоряжении столь крупной суммы. Это сообщение рассердило Шефера вдвойне, так как он получил его как раз в тот день, когда закончил планирование тибетской экспедиции. Более того, в ряде кабинетов в здании на Вильгельмштрассе ему заявили, что у работников МИДа есть дела и поважнее, нежели запланированное им предприятие.
Шефер хотел вновь заручиться поддержкой руководства СС, так как в работе с МИДом он оказался предоставлен сам себе. Прежде чем к нему пришли ответы от высокопоставленных эсэсовцев, Шефер направил возмущенное письмо в Персональный штаб рейхсфюрера СС Рудольфу Брандту, в котором он жаловался на недостаточный уровень поддержки его проекта со стороны СС. Так Шефер оказался втянутым во внутриполитические дрязги Третьего рейха. В его случае это были отголоски конфликта, который разгорелся еще в ноябре 1939 года. В своем письме Шефер требовал, чтобы рейхсфюрер СС оказал ему такую же поддержку, как и при организации экспедиции 1938–1939 годов. Не получив от германского МИДа обещанного финасирования, Шефер предлагал (а по сути требовал) Брандту альтернативу: либо Гиммлер срочно находил по своим каналам финансирование для экспедиции, либо ее подготовка велась в рамках исследовательского общества СС «Наследие предков», где куратором (научным руководителем) был молодой мюнхенский профессор Вальтер Вюст.
Брандт, одна из самых влиятельных, но вместе с тем не очень заметная фигура из окружения Гиммлера, ответил Шеферу по поручению рейхсфюрера СС, что тот «на всякий случай» должен был продолжать подготовку экспедиции. Для решения финансовых трудностей Гиммлер предполагал переговорить с имперским министром внутренних дел. Но эта встреча так и не состоялась.
Гиммлер послал личного адъютанта группенфюрера СС Карла Вольфа в МИД на Вильгельмштрассе. К великому сожалению эсэсовца, Риббентроп не мог дать ему никакой справки относительно состояния дел по тибетскому проекту. Единственное, что он смог ему предоставить, была информация, подготовленная Хабихтом. При встрече с Вольфом тот пытался опровергнуть все обвинения, выдвинутые Шефером в адрес МИДа. Он подтвердил, что действительно Шефер принимал участие в ряде переговоров, проходивших в здании на Вильгель-мштрассе. Но позже он прислал своих «сотрудников» Геера и Геслинга, которые потребовали по поручению Шефера от МИДа непозволительно высокую сумму — 2 миллиона рейхсмарок. Хабихт посчитал, что обвинения Шеффера в том, что Министерство иностранных дел сознательно тормозит подготовку к экспедиции, является прямым оскорблением.
После этого Вольф потребовал от Шефера составить справку о том, какие действия он предпринимал самовольно без консультаций с Гиммлером. По мнению адъютанта рейхсфюрера СС, исследователь Востока должен был составить несколько планов, предусматривающих различное финансирование. Более гибкая политика в финансовом вопросе позволила бы начать экспедицию в предельно короткие сроки. Непомерно высокие финансовые запросы Шефера привели к тому, что Риббентроп лично остановил подготовку к тибетской экспедиции. Также критике была подвергнута тактика действий Шефера, который оказался втянут в многочисленные интриги, что не одобрялось ни Вольфом, ни самим Гиммлером. Но при этом самому Вольфу надо было защищать честь мундира и всячески способствовать санкционированному рейхсфюрером СС тибетскому проекту. Вольф оказался в неловком положении. Он не намеревался портить не самые плохие отношения между СС и Министерством иностранных дел. В ходе разбирательства всплыло, что Кляйст в своих финансовых прогнозах оценивал стоимость экспедиции так же, как Шефер. В данной ситуации Вольф выразил лишь возмущенное удивление, почему между Риббентропом, Кляйстом и Хабихтом не был налажен надлежащий обмен информацией.
Частный случай, связанный с возможностью финансирования тибетской экспедиции Шефера, показывает, что Министерство иностранных дел не было заинтересовано в ее осуществлении. После провала афганских планов там вообще предпочли несколько дистанцироваться от восточных проектов. Казалось, вполне логичным сосредоточить все свои усилия на Тибете, но Риббентроп понимал, что Гитлер не изменил бы своей позиции. Дело было не только в высоких финансовых затратах, а в самом принципе сотрудничества с Советским Союзом. Фюрер решил, что подрывные действия в Азии весьма ухудшат отношения с Англией, с которой он еще не оставлял надежд заключить мир.