Чтобы начать подобное сотрудничество, весной 1942 года Шефер выехал в Стокгольм к С вену Хедину. Визит был подготовлен при непосредственной Поддержке Генриха Гиммлера, который лично связался с министром иностранных дел Риббентропом. Оба исследователя Азии сделали несколько совместных докладов. Один был прочитан в немецком посольстве, другой — перед шведскими студентами. Кроме этого 11–18 апреля 1942 года между Шефером и Хедином состоялось несколько закрытых встреч. О содержании и предмете их бесед почти ничего не известно. Но посещение офицером СС шведского подданного в условиях, когда в мире третий год шла война, стало для местного дипломатического корпуса исключительным событием. Из германского посольства в Стокгольме в Берлин тут же полетели депеши, в которых сообщалось о местах Пребывания, контактах и приблизительном содержании бесед, которые имел Шефер. «Руководитель отдела Центральной Азии и экспедиций «Наследия предков» д-р Эрнст Шефер пребывал в Швеции с 11 по 18 апреля 1942 года. За это время он поддерживал постоянные контакты в Стокгольме, Упсале и Лунде с д-ром Свеном Хедином и другими исследователями Азии. В качестве официальной цели своего визита д-р Шефер обозначил желание поделиться выводами со шведскими исследователями относительно научных немецких изысканий, а также установить более тесные контакты в научном мире. Д-р Шефер полностью справился с этой задачей. По большей части исследователи встретили его благосклонно. В ходе бесед была достигнута договоренность о продолжении сотрудничества в деле изучения Азии».
В своей книге «В Берлин без задания» Свен Хедин ни словом не обмолвился о визите Шефера в Швецию. Но сам же Шефер, напротив, весьма охотно сообщил об этом во время допросов американцам. В организации визита в Скандинавию Шеферу помогала давнишняя приятельница Свена Хедина княгиня Фуггер фон Велленберг. Именно она должна была убедить Гиммлера дать повторное разрешение на выезд. Можно предположить, что на этот раз Шефер хотел обсудить вопросы непосредственных академических обменов между двумя странами. А также познакомить Хедина с планом создания института, который должен был носить его имя. На тот момент было уже ясно, что институт возникнет на базе отдела Центральной Азии и экспедиции «Аненэрбе».
Насколько важным этот визит был для Шефера, его сотрудников, да и всего «Аненэрбе» в целом, можно увидеть из писем, которые Бруно Бегер посылал Эдмунду Гееру, техническому руководителю тибетской экспедиции 1938–1939 годов. Их них следовало, что Бруно Бегер и другие сотрудники отдела Центральной Азии «Наследия предков» с нетерпением и некой нервозностью ожидали возвращения Эрнста Шефера из Швеции. Личная встреча со Свеном Хедином была очень важна для их дальнейшей работы. 13 апреля 1942 года, то есть два дня спустя после того, как Шефер прибьш в Швецию, Берег писал Гееру о подготовке к новой экспедиции, которая должна была направиться на Кавказ («Зондеркоманда К».) «Часть проекта, посвященная антропологии, уже почти полностью сформулирована. Было бы чудесно, если бы этот проект вскорости осуществился. Я с нетерпением жду итога переговоров Шефера в Швеции. Его поездка имеет oгромнoe значение». В следующем письме Гееру, которое датировано 20 апреля 1942 года, Бегер сообщает: «Мы в напряжении ожидаем возвращения Шефера из Швеции. Краузе звонит мне по телефону каждый день и справляется, не слышал ли я что-нибудь о его возвращении».
Некоторое удивление вызывает тот факт, что Шефер направился к Хедину в Швецию именно в тот момент, когда полным ходом по поручению Гиммлера шла подготовка к кавказской экспедиции. «Зондеркоманда К» должна была как можно быстрее отправиться в горы, а ее руководитель уехал в Скандинавию! В данных условиях присутствие Шефера как начальника отдела «Аненэрбе» было обязательным. Но даже после своего возвращения Шефер не сразу приступил к этой деятельности.
Сначала он встретился с Гиммлером, а затем посетил имперскую канцелярию.
Визит в Стокгольм был одним из немногих зарубежных вояжей Шефера» которые он совершал в 1942 году. Было очевидно, что он планировал использовать контакты со скандинавами для собственных целей. Но в данном случае на себя обращает внимание то обстоятельство, что два дня спустя после возвращения из Стокгольма Шефер сначала встречался с Гиммлером, а затем с Гитлером. Судя по всему, информация, которую доставил Шефер, была настолько важна и интересна, что ее было решено изложить фюреру, что называется, из первых уст.