Есть несколько пунктов, благодаря которым можно установить, что Хедин лукавил в своих мемуарах. На самом деле он думал и даже предполагал более тесное сотрудничество с СС вообще и с Шефером в частности. Личные беседы между Гиммлером и Хедином, визит Шефера в Стокгольм, награждение шведа почетной медалью Баварской Академии наук, учреждение исследовательского института, названного его именем, — все эти события, происходившие в разгар Второй мировой войны, были признаком того, что обе стороны пытались извлечь максимальные выгоды из этого двухстороннего сотрудничества. К тому же развитие отношений между Шефером и Хедином могло способствовать сотрудничеству Швеции и Третьего рейха. Кстати, остается непонятным, о чем таком интересном мог докладывать Гитлеру Эрнст Шефер? Не о планах ли, которые были много важнее организации кавказской экспедиции? Даже если это было именно так, то после войны об этом предпочли умолчать и Шефер, и Свен Хедин. В любом случае, во время войны внешняя изоляция стран «оси», организованная странами антигитлеровской коалиции, могла быть прорвана даже незначительными действиями вроде налаживания научных связей между двумя странами. К тому же подобные контакты выгодно использовались СС, по меньшей мере, имя Свена Хедина было неплохой рекламой для Гиммлера и Шефера.
После того как Свен Хедин согласился, что его именем будет назван мюнхенский институт, то Эрнст Шефер и Бруно Бегер стали искать с ним контактов уже как с ученым. Бруно Бегер как перспективный эсэсовский антрополог хотел содействовать прежде всего реализации собственных проектов. В письме к шведскому исследователю он просил по возможности дать изучить собранные им во время многочисленных зарубежных поездок антропологические материалы — Шефера в первую очередь интересовали кости и черепа. Хедин дал неутешительный ответ — все собранные им антропологические образцы находились на тот момент в США. Он мог бы попытаться связаться с тамошними коллегами, но вступление Америки в войну оборвало и без того не самые прочные связи.
Несмотря на то что сотрудничество между Шефером и Хедином шло по частным вопросам, оно играло едва ли не решающую роль в налаживании шведско-германских научных связей. В перспективе планировалось, что академические контакты должны были способствовать сближению двух стран, а началом всему было бы положено совместным изучением Азии. Нельзя не заметить, что связи со Швецией шли на пользу СС. Благодаря деятельности Шефера поднимался престиж охранных отрядов НСДАП, которые стали восприниматься в определенных кругах не только как карательная и боевая, но и как научная организация.
Со временем Эрнсту Шеферу удалось сделать карьеру в «Наследии предков». К 1942–1943 годам он был не просто начальником одного из отделов «Аненэрбе», а фактически руководителем всех естественно-научных проектов, реализуемых в рамках данного эсэсовского общества. При этом его личные и научные интересы совпадали с устремлениями руководства СС. В годы войны Гиммлер все чаще и чаще стал проявлять недоверие к гуманитарным наукам в их традиционном понимании. Этим недовольством умело воспользовался Эрнст Шефер, который превратил своей отдел Центральной Азии и экспедиций в еще один центр власти (наряду с кураторством Вальтера Вюста и организационным управлением Вольфрама Зиверса).