После заседания совета университета его члены просили Тимирязева забрать заявление. Объяснения попечителя П. А. Некрасова с Тимирязевым также не имели успеха. Только делегация из профессоров дала положительный результат. В октябре он приступил к занятиям. Газета «Курьер» № 289 за 1901 г. по этому случаю писала: «Редко бывают такие трогательные встречи, какая была устроена 18 октября в университете проф. К. А. Тимирязеву, который должен был в первый раз в этом году читать лекцию! В громадной аудитории собралось так много студентов, что они не только сидели по нескольку человек на одном месте, не только заняты были все проходы, но даже для того чтоб аплодировать, нужно было поднимать руки над головой. От медиков 3 и 5 кур., от естественников 1 и 3 кур. были прочитаны адреса, приветствовавшие начало лекций многоуважаемого Климента Аркадьевича, искренно выражавшие ему свою любовь и уважение, высказавшие радость по поводу того, что упорно ходившие слухи о выходе в отставку любимого профессора не оправдались. После чтения адресов, забросанный цветами К. А., перецеловав читавших студентов, со слезами на глазах, очень взволнованным голосом сказал приблизительно следующее: «Господа, и пришел сюда читать лекцию по физиологии растений, но вижу, что нужно сказать нечто более обширное. Я всегда был уверен в сочувствии ко мне с вашей стороны, но того, что теперь происходит, я никогда не ожидал… Я считаю своим долгом исповедаться перед вами; я исповедую три добродетели: веру, надежду и любовь; я люблю науку, как средство достижения истины, верю в прогресс и надеюсь на вас». Слова эти покрыты были аплодисментами. Естественное волнение, испытанное мной – продолжал К. А., – мешает мне сейчас начать лекцию». Громкими аплодисментами проводила многочисленная молодежь своего любимого профессора».
Ленинская «Искра», чутко относившаяся к студенческим волнениям, высоко оценила смятое и мужественное поведение Климента Аркадьевича Тимирязева. «Искра» писала: «Тимирязева… восторженно приветствовали студенты по поводу его решения остаться в университете; по рукам ходил проект адреса ему, отдававший должное человеку независимому и убежденному».
Высказали свое удовлетворение возвращением Тимирязева в университет и высланные в Нижний Новгород студенты университета. А студенты Харьковского университета по поводу «временных правил» писали: «…Вы первый решились высказать всю правду и пробудили этим и в других задремавшую совесть. Ваш пример как человека, сумевшего до старости лет сохранить ту искренность и честность, которая свойственна большинству только в молодости, пока убеждения не столкнулись с эгоистическими расчетами, будут всегда для нас источником бодрости и веры в силу правдивого слова, не идущего на компромисс. Обращаемся к вам с просьбой не оставлять университета и не бросать молодежь в руках щедринских премудрых пескарей, размножающихся теперь с необычайной быстротой».
В 1902 г. с 11 мая по 1 сентября Тимирязев вновь находится за границей. А 21 октября этого же года ему присуждают звание «Заслуженный ординарный профессор Московского университета» в связи с 25-летием служебной деятельности в Московском университете. Заграничная командировка 1903 г. с 25 марта по 1 сентября была насыщена значительными событиями. 17 апреля он читает лекцию «Космическая роль растения» в Лондонском Королевском обществе. Эти ежегодные чтения в то время предлагались выдающимся ученым мира, по завещанию современника Галилея доктора Круна.
Выступление ученого «Космическая роль растения» прошло с большим успехом. Уже начало лекции поразило слушателей: «Когда Гулливер в первый раз осматривал академию в Лагадо, ему прежде всего бросился в глаза человек сухопарого вида, сидевший, уставив глаза на огурец, запаянный в стеклянном сосуде.
На вопрос Гулливера диковинный человек пояснил ему, что вот он уже восемь лет как погружен в созерцание этого предмета в надежде разрешить задачу улавливания солнечных лучей и их применения.
Для первого знакомства я должен откровенно признаться, что перед вами именно такой чудак. Более 35 лет провел я, уставившись если не на зеленый огурец, закупоренный в стеклянную посуду, то на нечто вполне равнозначное – на зеленый лист в стеклянной трубке, ломая себе голову над разрешением вопроса о запасании впрок солнечных лучей».