Подобными же средствами Али-паша захватил Артский пашалык и подчинил себе Акарнанию. Местечко Хормово попало в его руки; вспомнив нанесенную ему когда-то жестокую обиду, он вырезал там всех, кто не успел бежать, и живьем сжег одного из тех, кто надругался над его матерью. (Позднее Али проявил ту же кровожадную мстительность в Гардики, где после резни на улицах он хладнокровно велел убить 800 пленников.) Теперь он домогался Бератского пашалыка, но все его усилия разбивались о сопротивление паши Ибрагима. Последнего поддерживал маленький воинственный народ сулиотов, албанского племени, православного вероисповедания. Они жили в стране скал, ущелий и горных пропастей над быстро несущимся Ахероном. В 1790 году сулиоты отправили в Петербург посольство ходатайствовать у Екатерины II о покровительстве и просить у нее «пороха». Екатерина II представила депутатов великому князю Константину, которого сулиоты приветствовали как «короля эллинов». Али воспользовался этой попыткой сулиотов, донес на них Порте и получил фирман, возлагавший на него поручение наказать их. 1 июля 1792 года Али отправился в поход с 10 000 человек, но так неудачно взялся за дело, что сулиоты, насчитывавшие не более 2500 воинов, но все отличных стрелков, уничтожили его войско ружейным огнем и потопили часть его воинов в Ахероне (июль 1792 г.).
Потом появились французы, ставшие обладателями венецианских крепостей, расположенных в Далмации и Албании; Бонапарт делал попытки привлечь на свою сторону Али. Генерал Жантили направил к нему своего адъютанта Роза, которому паша устроил великолепный прием; он поместил его в своем дворце, дал ему в жены одну из самых красивых уроженок горной области, демонстративно носил трехцветную кокарду и делал вид, что восторгается «Декларацией прав человека».
Бонапарт послал с Мальты к Али одного из своих офицеров, Лавалетта, с письмом от 17 июня 1798 года, в котором называл пашу «весьма уважаемым другом» и прославлял его за «привязанность» к Французской республике. Али обещал соблюдать нейтралитет. Однако он внезапно приказал заключить Роза в тюрьму и попробовал пыткой получить от него сведения о французских силах. Затем в октябре 1798 года он пошел на Превезу, защищаемую тремя сотнями французов, заставил их сдаться и перебил жителей. После этого Али-паша занял Каменицу и Бутринто; но англичане и русские, как раньше французы, помешали ему стать твердой ногой на Ионических островах и атаковать Паргу.
В следующем году Али возобновил войну против сулиотов и, выставляя напоказ самое пламенное мусульманское усердие дротив христиан, заставил соседних беев и даже пашей, как, например, дельвинского Мустафу и бератского Ибрагима, присоединиться к нему со своими военными контингентами (июнь 1800 г.). На этот раз Али-паша уже не решился форсировать ущелья, а довольствовался тем, что блокировал сулиотов в горах, стараясь взять их измором и отрезать им доступ к родникам. Сулиоты отправили часть женщин и детей в Паргу и на Ионические острова; поддерживаемые храбрым Фотосом Тсавелласом и увещаниями монаха Самуила, они сопротивлялись до декабря 1803 года. Тогда только сулиоты капитулировали, обязавшись покинуть родную свою страну, но с правом уйти куда угодно. Они ушли тремя отрядами, направляясь на Паргу, Тсалонго и Рениассу. В этот момент монах Самуил, оборонявшийся в небольшом укреплении, взорвал себя там вместе с нападавшими на него турками. Али объявил условия сдачи нарушенными и послал своих солдат в погоню за переселенцами. Только те, которые пошли по дороге на Паргу, избегли уничтожения. Остальные были захвачены врасплох и перебиты. Жены их вместе с детьми бросились в пропасть.
Теперь паша направил свои победоносные войска против кырджалы и клефтов. С 10 ООО албанцев он разбил первых и проник до ворот Филиппополя. После этого он начал преследовать клефтов. Летом 1805 года клефты созвали в Карпенизи нечто вроде военного совета, на котором обсуждался план всеобщего восстания Греции. В течение зимы один из клефтов, Никоцарас, с отрядом отборных воинов задумал смелое начинание — пойти на помощь Кара-Георгию. Он дошел до Стримона, но там его отряд был уничтожен. Осенью 1806 года Али чуть было не захватил остров св. Мавры, но был отбит жителями, которых поддержали клефты с материка и пират Ламброс Кацантонис. Когда вследствие Тильзитского мира положение Порты сделалось опасным, Али, забыв свое прежнее пренебрежение к Бонапарту, сделал попытку войти с ним в соглашение, предлагая подчиниться его протекторату при условии, что он, Али, будет признан наследственным властителем Ионических островов. Когда император велел ответить, что не желает больше слышать о нем, Али горько жаловался французскому копсулу Пу-квилю, прибавляя: «Если Бонапарт гонит меня в дверь, я войду в окно. Я хочу умереть его слугой».
Несколько времени спустя Али уничтожил отряд фессалийца Евфимия Блахаваса, с вершины горы Олимпа призывавшего всех эллинов к оружию и поддерживавшего сношения с северными греками.