Со своей стороны, и многие влиятельные руководители греко-православной церкви ходом общественно-политических событий подталкивались к тому же. Православные народы Балканского полуострова, находившиеся под властью Турции, снова и снова готовились к восстанию и борьбе за независимость под религиозными знаменами, под лозунгом свержения мусульманского ига. В частности, такое восстание назревало в первом-втором десятилетиях XVII в. Тогда-то на эту большую потенциальную силу решил опереться французский вельможа герцог Неверский, являвшийся по происхождению последним представителем свергнутой турками византийской династии Палеологов. Восстание должно было восстановить Византийскую империю — «второй Рим». Но, согласно замыслу, Византия должна была воскреснуть уже как католическая держава. За спиной герцога Неверского стояли отец Жозеф, папство, Испания, Империя, Польско-Литовское государство и другие католические силы. Для крестового похода был создан могущественный католический орден «Христианской милиции». В то же время герцог Неверский находился в сношениях с частью духовенства Греции, Сербии, Албании, Македонии, Болгарии, Герцеговины, Далмации, а также Валахии и Молдавии. Александрийско-константинопольские патриархи Мелетий Пегас и еще более его преемник Кирилл Лукарис понимали, что осуществление этого грандиозного замысла хотя и дало бы желанное освобождение христиан от власти ислама, вместе с тем означало бы ликвидацию всей возглавлявшейся ими греко-православной церкви (за исключением, может быть, русского патриаршества). И единственный противовес этой надвигавшейся унии с католицизмом они усматривали в сближении с протестантизмом, в первую очередь с наиболее активной и воинствующей из протестантских церквей — кальвинизмом.
Особенно далеко по этому пути пошел Кирилл Лукарис. Вокруг его имени в исторической и церковной литературе до сих пор кипит борьба мнений. Но является окончательно доказанным, что константинопольский патриарх решился на полное слияние православного и кальвинистского вероучений, несмотря на противодействие немалой части греческого духовенства. В 1629 г. он опубликовал «Confessio» («Исповедание веры»), куда были включены основные догматы кальвинизма. Кирилл Лукарис находился в теснейших связях с женевскими, голландскими, английскими, немецкими, венгерскими, французскими кальвинистами. Он вступил в сношения и с крупнейшими поборниками объединительного протестантского движения в Европе, в том числе с Густавом-Адольфом, Акселем Оксеншерной, Бетленом Габором. Его, ближайшими сподвижниками и в известной мере духовными руководителями в ожесточенной и полной драматизма борьбе были находившиеся в Константинополе голландский посол Корнелей Хага и женевский пастор и богослов Антон Лежер. Папство и орден иезуитов делали все мыслимое для дискредитации Кирилла Лукариса и низложения его с патриаршего престола; последнего им удавалось добиться несколько раз путем всяческого давления на двор султана Мурада IV, но Кирилл Лукарис каждый раз победоносно возвращался на свой пост, пока не был убит в 1638 г.
Курс вселенского и константинопольского патриарха на объединение православия и кальвинизма не был вопросом его индивидуальных религиозных убеждений. Этот курс пользовался поддержкой определенной части высшего православного духовенства, в том числе и некоторых других патриархов. Но все же Кириллу Лукарису приходилось действовать с большой осторожностью, нередко втайне, маневрируя, осуществляя реформу скорее де-факто, например путем замены старых богослужебных книг новыми.