В этот же день от пленных татарских «языков» в войске князя Алексея Никитича Трубецкого узнали о подходе к Конотопу главных татарских сил, поддержавших гетмана Ивана Выговского. Пленные рассказали о целях наступления и «промысла» над «обозами» царского войска. Главнокомандующий русской армией организовал оборону, собрав все оставшиеся силы в одном «обозе», где укрылись от наступавших основные полки; туда же были переведены все «пешие люди» из «шанец» под самим Конотопом. Не имевший царского указа отходить от Конотопа, Трубецкой еще несколько дней пытался защищаться в «обозе». Как сказано в «статейном списке», «и июня же в 29 день изменники черкасы учали по обозу и в обоз стрелять из пушек, и повели к обозу шанцы». 30 июня «в ночи» было организовано наступление на московские войска, но ратные люди «от обозу их отбили и из шанец выбили». Только 2 июля начался отход войска Трубецкого и полка кошевых запорожских казаков во главе с гетманом Иваном Беспалым. Князь Трубецкой писал о причинах отхода: «для того, что великого государя ратным людем под Конотопом от крымского хана и от изменника от Ивашка Выговского учинилось утеснение великое». В округе были перекрыты почти все дороги, конские стада остались без корма, и перед главным царским воеводой встала угроза потери армии. Поэтому было принято решение отвести войска от Конотопа за реку Сейм к Путивлю, где тогда пролегала граница России и Речи Посполитой. Здесь войско князя Трубецкого тоже понесло потери, но уже не сопоставимые с боем 28 июня: три дня русские полки обстреливались из пушек, на них нападали со всех сторон. Войско отступило, но не признало своего полного поражения. Князь Трубецкой немедленно разослал по прилегавшим к границе городам Войска Запорожского гонцов, чтобы известить, что этот отход к реке Сейм лишь «на время».
Путивльский воевода стольник князь Григорий Данилович Долгорукий только 4 июля узнал от посланных им в Конотоп людей, что «от Конотопа на дороге к Путивлю верстах в 15» слышна «стрельбы большая из пушек и из мелкого ружья» и что ратные люди с боями «идут подле крепостей обозом к Путивлю». (В записках шотландского офицера на русской службе Патрика Гордона тоже есть упоминание о «вагенбурге» — особом полевом укреплении из повозок, под прикрытием которого русские войска отступали от Конотопа «в хорошем порядке».) Поспешивший было на помощь, Долгорукий был остановлен с приказом укреплять Путивль и переправы на реке Сейм. Само же войско Трубецкого встало лагерем «у реки Семи на Белых берегах, от Путивля в 10 верстах», о чем путивльский воевода немедленно донес в Москву, и его отписку прочли царю Алексею Михайловичу. Сразу же были сделаны распоряжения о назначении в Калугу боярина князя Юрия Алексеевича Долгорукого, отправленного в помощь князю Трубецкому для похода «на крымского хана и на изменника Ивашка Выговского». Царь, несмотря ни на что, продолжал доверять боярину князю Трубецкому и 11 июля послал к войску «с жалованьем» и «о здоровье спрашивать» одного из своих стольников, что, как обычно, было знаком особой царской милости{437}
.С 16 июля войско Трубецкого все-таки отошло в Путивль. Тогда в Москву с челобитной о жалованье отправились «посланцы» наказного гетмана запорожских «кошевых» казаков Ивана Нечая — войсковой есаул Семен Черкес с товарищами. Впервые в Москве могли узнать подробности случившегося под Конотопом от самих участников боев. 26 июля посланцев расспросили по горячим следам: «как у государевых ратных людей с черкасы и с татары бой был на переправах, на Сосновке и на Поповке, и они на том бою были ль, и какими причинами государевым людем учинился упадок». Казаки — участники этих боев подробно отвечали о «причинах» поражения: «…от обозу отошли 7 верст и, переправу перешед, на татар и на немец ударили смело без опасу, потому что тут объявились люди не само болшие, а болших не начаялись, и хотели тех людей снести; и на них де пришли созади хан со всеми татары и черкасы, откуды их не чаяли и с которой стороны их и не опасались, потому что на той стороне, откуда они зашли, переправа большая — болото великое… тем де и подманило». Со временем было собрано достаточно сведений, чтобы понять, что же произошло: «на конотопском на большом бою и на отводе», по подсчетам самих московских воевод, погибло или ранено 4761 человек (из них примерно 250 дворян «московских чинов» и около 1600 дворян и детей боярских){438}
. Захваченный в плен воевода московской рати князь Семен Романович Пожарский не покорился крымскому хану и за дерзкие речи был обезглавлен. Сочувственный рассказ о его храбром поведении вошел в так называемый «Новгородский хронограф», где приведены многие точные детали боев под Конотопом. Другой воевода, окольничий князь Семен Петрович Львов, попал в плен тяжело раненным и вскоре умер.