Правительство царя Алексея Михайловича все же справилось с последствиями летнего поражения, равно как и с тревогой из-за татарского нашествия. Ветераны походов 166-го и 167-го годов, воевавшие вместе с князем Трубецким, были награждены поместными и денежными придачами. Не были забыты вдовы и дочери убитых служилых людей, получавшие «на прожиток» землю из поместий своих мужей и отцов с учетом положенных наград. Беглецы же со службы в Конотопе, напротив, подверглись наказанию: их лишали выслуги, вычеркивая из «выбора» и «дворового списка», убавляли поместные оклады, тех, кто вовсе смел не явиться на службу, били «кнутом нещадно». Спустя два месяца после отхода к московской границе, 4 сентября 1659 года, войско под командованием Трубецкого снова отправилось в поход из Путивля в «черкасские города». На этот раз царская армия жаждала мести за конотопский погром. Ничего хорошего это не могло предвещать городам, волей или неволей поддержавшим Ивана Выговского. Мятежный гетман сам очень быстро потерял свою наемную армию, крымский царь вернулся в Крым, татары ушли дальше грабить московско-казачье приграничье, а Выговскому была оставлена только часть войска. Польский отряд коронного обозного Анджея Потоцкого тоже скоро распался из-за внутриполитических проблем в самой Речи Посполитой. Да шляхта и не видела смысла в войне на стороне казаков. Анджей Потоцкий так и доносил королю Яну Казимиру: «Не изволь ваша королевская милость ожидать ничего доброго от здешнего края». По его прогнозу, обе стороны Днепра, западная и восточная, «скоро будут московскими», ибо «перетянет их к себе Заднепровье». Он рисует картину настоящей гражданской войны: «Одно местечко воюет против другого, сын грабит отца, отец — сына. Страшное представляется здесь Вавилонское столпотворение». На этом фоне казацкая старшина, страдавшая от «своеволия грубой черни», желала только одного — чтобы король или царь «взяли их в крепкие руки»{440}
.Действительно, уже в сентябре 1659 года эта старшина созвала раду и лишила Выговского гетманства. Снова исполняя волю Богдана Хмельницкого, рада передала булаву его сыну Юрию — правда, при условии сохранения прежней ориентации на короля Яна Казимира. Деваться новому гетману все равно было некуда, и уже 17 октября состоялась присяга Юрия Хмельницкого царю Алексею Михайловичу (еще раньше посланники старшины Переяславского, Нежинского и Черниговского полков, бившей челом с повинной, были приняты царем в Москве). В начале акта об избрании в гетманы сына Богдана Хмельницкого боярин князь Алексей Никитич Трубецкой ссылался на выданный ему девять месяцев назад наказ о созыве новой рады 13 января 1659 года.
Другая Переяславская рада стала другим по смыслу событием. В отличие от рады, или майдана, 1654 года, царь Алексей Михайлович сам указал созвать ее участников и определил ее повестку: «А на раде велел быть обозному, судьям, ясаулам, полковникам и всей старшине и черни, и по их праву велел им обрать гетмана, кого они меж себя излюбят». Видимость независимости Войска Запорожского сохранялась, но ему твердо напоминали прежнюю присягу; участники избрания нового гетмана должны были выслушать присяжные статьи Богдана Хмельницкого и пополнить их новыми условиями «для подтверждения в Войске Запорожском». Делалось это, по словам акта об избрании гетмана Юрия Хмельницкого, «чтоб впредь такие измены и междоусобия и невинные християнския крови разлитие не было, как учинилось от изменника от Ивашка Выговского и его советников». Главное, что теперь каждый следующий гетман должен был приезжать в Москву «государевы очи видеть». Только после этого он получал булаву и знамя из царских рук и считался по-настоящему избранным. Другим становилось и управление в городах Войска, до этого не знавших воеводских порядков (за исключением Киева). Теперь царские воеводы должны были появиться еще в Переяславле, Нежине, Чернигове, Браславле и Умани. Изменялась система сборов налогов, ее стремились упорядочить и перевести на московские порядки. Войско в 60 тысяч реестровых казаков оставили, но направлять действия этой армии должны были с помощью московских воевод, а не по усмотрению одной старшины, лишенной права на самостоятельное ведение войны. Впервые в войсковой присяге появился пункт о подчинении киевского митрополита московскому патриарху, и пусть этот пункт не действовал в дальнейшем, но направление к переподчинению Киевской церкви от Константинопольского патриархата другой вселенской церкви — в Москве было обозначено.