По распределению полков русского войска сначала назначили воевод «на Украйну» по городам: в Мценск окольничего князя Семена Васильевича Прозоровского, а в Курск — князя Семена Романовича Пожарского. В канун Рождества, 24 декабря, в Москве получили новые тревожные вести от воеводы князя Пожарского о первых боях под Курском с крымцами во главе с царевичами Казы-Гиреем и Мурат-Гиреем, калгой и нурадином (главными крымскими военачальниками и правителями). Позднее стало известно, что в Русское государство вторглось около 30 тысяч татарского войска, собранного не только в Крыму, но в Азове и других турецких городах; в его состав входили также ногайские отряды. Тогда пришло время для общего сбора войска. Армию в Туле возглавили боярин князь Алексей Никитич Трубецкой и окольничий Андрей Федорович Литвинов-Мосальский. Были сделаны назначения воевод в местах наиболее вероятных прорывов крымской конницы, в городах по засечной черте — Переяславле-Рязанском, Веневе, Крапивне и Одоеве.
Основные военные действия в конце декабря 1645-го — начале января 1646 года шли на территории Курского, Рыльского и Путивльского уездов и в Комарицкой волости. Но война доходила и до «орловских и карачевских мест». Такая угроза потребовала призыва на службу всего наличного дворянства. Из Москвы оно двинулось в поход 31 декабря. Уездные дворяне из дальних, замосковных служилых «городов», правда, так и не успели собраться на службу. Зимняя война оказалась тяжелой для всех, поэтому крымское войско, повоевав и пограбив южные уезды, поспешило повернуть назад. Планировавшийся поход главного войска во главе с боярином князем Алексеем Никитичем Трубецким к Белгороду тоже не состоялся. Крымцы ушли, преследуемые малыми силами во главе с местными воеводами.
Пока готовился поход, главные воеводы занимались местническими счетами. Второй воевода Большого полка, князь Мосальский, счел себя оскорбленным и не захотел идти «в сход» из Тулы к главному воеводе полка в Мценске князю Прозоровскому. Царь Алексей Михайлович ответил резко: «А будет не пойдет, и ему быть в великой опале». Но в таких случаях служилые люди оставались непреклонными, не соглашаясь на назначение, наносившее ущерб местнической чести. Князь Мосальский тоже предпочел тюрьму бесчестью, чтобы его потомки не были ниже по службе князей Прозоровских.
По итогам этой короткой зимней войны 1645/46 года немало воевод попало в опалу за нерасторопность. Правда, наказали и отличившегося в тех боях с крымцами курского воеводу князя Семена Романовича Пожарского. Он первым встретил крымское войско, а потом преследовал его во время отхода в Крым и отбил значительный полон. И за эту свою службу… был посажен на несколько дней в тюрьму, пострадав без всякой вины. Складывается впечатление, что Разрядный приказ, постоянно опаздывавший с распоряжениями, искал виноватых в своей неудаче.
Царь Алексей Михайлович и Боярская дума сделали свои выводы. Они решили не оставлять без последствий болезненное крымское вторжение. 1646 годом датируется исторический поворот в системе обороны Московского государства. Прежде она строилась на идее сдерживания татар, создании трудностей для прохода отрядов татарской конницы во внутренние уезды и к самой Москве. Теперь же впервые был подготовлен и проведен с помощью донских казаков наступательный поход в Крым. Царь Алексей Михайлович прислал донцам свое государское знамя. Они снова, как во времена азовского осадного сидения, могли почувствовать себя героями! Разобравшись в невиновности князя Семена Романовича Пожарского, храбро воевавшего с крымцами в Курском уезде, именно его поставили во главе собранных полков. Он и осуществил карательный поход в Крым летом и осенью 1646 года. Впрочем, организация похода легла своей тяжестью не как обычно на поместную конницу, а на «приборное» войско из донских казаков и «вольных» людей, собиравшихся на службу в Воронеже и Астрахани. Дополнительную помощь оказали ногаи, кочевавшие в астраханских степях, и враждовавшие со своими соплеменниками, осевшими в Крыму, а также кабардинский князь Муцал Черкасский. Пестрый состав войска, большая роль в нем казачьей вольницы не позволили в полной мере реализовать идею войны на территории Крыма. Донские казаки больше думали о том, чтобы повторить знаменитую историю 1636–1642 годов и снова захватить Азов, ставший камнем преткновения во взаимоотношениях Москвы и Турции.