Согласно его сообщениям, в Испании того времени было девяносто семь лож. Несмотря на предпринимавшиеся против них драконовские меры, число лож будет увеличиваться, а их борьба с инквизиционными преследованиями будет продолжаться еще три четверти столетия. В конечном итоге они выйдут победителями. После наполеоновских войн и реставрации испанской монархии уничтожена была как раз инквизиция. Ложи выжили и разрослись – как в Испании, так и в испанских колониях Латинской Америки. Сходная история была в Португалии. В некоторых своих произведениях романист Хосе Сарамаго, обладатель Нобелевской премии по литературе 1998 года, рисует вездесущую португальскую инквизицию восемнадцатого столетия. Как и ее аналогу в Испании, ей нужен был козел отпущения, чтобы оправдать свое затянувшееся существование, а масонство представлялось очевидным кандидатом на эту роль. Одним из печально известных примеров деятельности португальской инквизиции было дело Джона Кустоса, гранильщика алмазов швейцарского происхождения, который с детства проживал в Англии, натурализовался и был посвящен в масоны. В 1736 году Кустос учредил свою собственную ложу в Париже. В 1741 году, побуждаемый открытием алмазов в Бразилии, он перебрался в Лиссабон и основал ложу там. Среди ее членов не было португальцев, только иностранцы – гранильщики алмазов, купцы, коммерсанты, ювелиры и капитан корабля. Тем не менее на нее донесли португальской инквизиции, которая – в марте 1743 года – взялась за дело. Первым, кого арестовали из членов ложи, был французский ювелир. Под деловым предлогом агенты инквизиции навестили его в полдень как раз в тот момент, когда он закрывал свою лавку на время сиесты. Без долгих рассуждений его арестовали, обыскали на предмет оружия, а также приказали ему молчать. Затем его быстро затолкали в небольшую закрытую карету, увезли и бросили в застенок дворца инквизиции, не дозволяя ему вступать с кем-либо в контакт. Чтобы объяснить его исчезновение, инквизиция распространила слух, что он сбежал, прихватив с собой алмазы. Спустя четыре дня – 5 марта 1743 года – арестовали самого Кустоса. В десять часов вечера он вышел из кофейни, где проводил время за беседой с двумя друзьями. На улице его поджидали девять служителей инквизиции с традиционной небольшой закрытой каретой. Изъяв у него шпагу, ему надели наручники и быстро доставили его во дворец инквизиции, где его также бросили в застенок. Здесь он пробыл в одиночестве в течение двух дней, лишенный права принимать посетителей, слыша только стоны и крики, доносившиеся из соседних камер и коридоров. Наконец, началась длинная череда пыток и допросов. Как выяснилось, инквизиция желала знать все что можно о масонстве и деятельности лож в Португалии.
Не будучи мазохистом или особо героическим человеком, Кустос старался удовлетворить любознательность своих истязателей. В ходе нескольких допросов он добровольно поведал немало сведений относительно обрядов и практики масонства и назвал двенадцать других членов своей ложи, иностранцев по рождению, большинство из которых были французами. Однако, несмотря на все эти исчерпывающие сведения и добровольное признание, инквизиторы не были уверены, что узнали все, что мог им поведать Кустос. Сверх того, они настаивали, чтобы он обратился в католичество. Это он отказался сделать, даже когда были приведены, чтобы склонить его к этому, английские и ирландские монахи, находившиеся в Лиссабоне. Материалы инквизиции по делу Кустоса сохранились до наших дней и достигают 600 страниц. Среди них имеется текст наиподробнейшего признания. Несмотря на это признание, трибунал постановил «прибегнуть к пыткам, дабы получить от него признание… что ряд пунктов, вменяемых ему в вину, соответствуют истине». Другими словами, Кустоса надлежало подвергнуть пыткам для того, чтобы получить от него признание, подтверждающее правдивость его предыдущего признания. Согласно дошедшим до нас документам инквизиции, 6 марта 1744 года – почти год спустя после его первого признания – Кустоса «покрутили на решетке». Сам Кустос позднее описал, что предполагала эта внешне невинная фраза. Его привели в квадратное помещение, напоминавшее башню, без окон и освещения, если не считать двух свечей. Двери были обиты войлоком, чтобы заглушать всякий звук. Жертву схватили шесть помощников инквизиторов, раздели почти догола и закрепили на решетке с помощью железного кольца на шее и железного кольца на каждой лодыжке, двух веревок на каждой руке и двух на каждой ноге. Затем четыре человека принялись растягивать жертву за конечности, туго натягивая веревки – так, что они врезались в плоть жертвы и вызывали кровотечения из всех восьми ран. Когда он потерял сознание, его снова перевели в камеру.