Через шесть недель – 25 апреля 1744 года – Кустоса снова подвергли пытке. Материалы инквизиции описывают, с какой педантичностью соблюдались все формальности. Так, «врач, хирург и другие исполнители пытки приблизились к судьям и поклялись на Библии, возложив на нее руки и пообещав верой и правдой исполнять свои обязанности. После чего было приказано начинать пытку, назначенную для обвиняемого, и его, разоблаченного от тех одежд, которые могли воспрепятствовать правильному проведению пытки, поместили на решетку и начали привязывать. Затем я, нотариус, сообщил ему, что в случае, если он умрет во время процедуры, или получит увечье, или у него будет сломана конечность, вина за это будет возложена на него, а не на инквизиторов».
На этот раз Кустосу тянули руки назад на деревянной раме, вывихнув плечи и вызвав кровотечение изо рта. Процедуру повторяли три раза, после чего его вернули в камеру. Здесь врач и хирург вправили ему суставы, причинив ему этим «неописуемую боль». Спустя примерно два месяца Кустоса подвергли пытке в третий раз. Вокруг живота его обмотали толстой цепью и привязали ее на каждой руке к веревке, которая последовательно натягивалась при помощи ворота. От такой процедуры его живот был весь в кровоподтеках, его плечи снова были вывихнуты, как и его запястья. После того, как хирург вправил ему суставы, вся процедура была повторена. В течение нескольких недель после этой пытки он не мог поднести руку ко рту. 21 июня 1744 года состоялся публичный суд над Кустосом. Вместе с другими жертвами его заставили пройти процессией до церкви Святого Доминика, в которой собрались и ожидали король, принцы, знать и огромная толпа простого народа. Кустоса обвинили в том, что он «не сознался в еретической, постыдной и преступной цели, ради которой намеревался ввести новую доктрину в католическом королевстве, как и не объявил о тех делах, для которых требуется такая страшная секретность». Он был приговорен к четырем годам на галерах, но очень скоро так сильно заболел, что вынужден был провести два месяца в тюремном лазарете. Тут его опять навестили ирландские монахи, которые пообещали ему освобождение в обмен на обращение в католичество. Кустос снова отказался, однако из лечебницы ему удалось тайно переправить письмо своему шурину, служившему в доме видного масона графа Харрингтонского. Граф поговорил с государственным секретарем того времени герцогом Ньюкаслским, который отдал распоряжение британскому послу в Лиссабоне содействовать освобождению Кустоса. Это наконец и случилось в октябре. Поблизости не было британских кораблей, однако на приколе в это время случилось стоять небольшому голландскому флоту, и командовавший им адмирал дал разрешение на проход Кустоса на голландское судно. Инквизиция крутилась вокруг, выискивая повод для нового его ареста. Потому ему разрешили незамедлительно подняться на борт. Он оставался там в течение трех недель, в то время как агенты инквизиции сновали вокруг, пытаясь определить корабль, на котором он нашел приют. С серьезно подорванным здоровьем он вернулся в Лондон 15 декабря 1744 года. О своих злоключениях он писал:
«У меня слишком много причин опасаться, что я буду испытывать на себе последствия этой жестокости до конца моих дней. Время от времени я мучаюсь жуткими болями, которыми никогда не страдал, пока меня не постигло несчастье попасть в безжалостные и кровавые руки инквизиторов».
Два года спустя он умер. Перед этим он подробно изложил свои злоключения в книге «Страдания Джона Кустоса за масонство», которая увидела свет в конце декабря 1745 года, когда якобитский мятеж [41], инспирированный Карлом Эдвардом Стюартом, был все еще в разгаре. Неудивительно, что книга была использована в целях антикатолической и, следовательно, антиякобитской пропаганды. Она еще долгое время продолжала оказывать влияние, оставляя в умах английских читателей и английской общественности неизгладимый портрет инквизиции. Следы этого портрета можно различить в некоторых образцах «готической литературы» конца восемнадцатого и начала девятнадцатого столетия, в таких произведениях, как роман Мэтью Льюиса «Монах».