Таким образом, фатимидские халифы вели себя, по сути, так же, как другие династии той эпохи. За исключением разве что халифа ал-Хакима, правившего в 996—1021 гг., который в конце жизни возжелал, чтобы его признали богом. Как и прочие суверены, они постепенно утратили свой авторитет. Если первое время Фатимиды правили посредством одного вазира, чьи обязанности ограничивались функцией помощника, то в конце XI в. была введена практика «полномочных вазиров», которые фактически были военачальниками, имеющими широкие полномочия. Наиболее известным из них был армянский вольноотпущенник Бадр ал-Джамали. Эти вазиры руководили предельно централизованной администрацией, находясь во главе корпуса чиновников с четко расписанными функциями и с определенной сферой деятельности. Каждой функции соответствовал знак отличия, жалованье и место на торжественных приемах. Различались чиновники сабли и чиновники пера согласно обычаю, который затем утвердился в Египте и который объединял в одной социальной категории администраторов, кади, великого «миссионера», чтецов Корана и разных сановников двора. Несмотря на частые изменения в титулах и назначениях, различные службы функционировали исправно и обеспечивали поступление налогов, что способствовало поддержанию фатимидского Египта в состоянии процветания, которое обеспечивалось поставляемым золотом Нубии, разнообразным сельскохозяйственным производством, активным ремеслом и торговлей со странами Средиземноморья, а также с более далекой Индией.
Подобное процветание не могло не способствовать расцвету культурной жизни, поддерживаемой и поощряемой отчасти деятельностью каирского двора, где давались приемы, ничем не уступавшие в пышности приемам аббасидских халифов и византийских императоров. Разумеется, фатимидские суверены имели собственных льстивых поэтов, наиболее известным из которых был выходец из Андалуса Ибн Хани. Но наиболее оригинальной их чертой было поощрение развития наук, именуемых чужеземными, которые в суннитских землях всегда вызывали определенное неприятие. Благодаря поддержке Фатимидов была оценена и востребована вся древняя «мудрость» в широком смысле. В почете, как и во времена аббасида ал-Мамуна, были астрономия, медицина и математика, так же как и философия, более или менее тесно связанная с изложением исмаилитской мысли, зачастую принимавшим теософский вид. В искусстве безусловно поощрялась музыка, а декоративное искусство, как никакое другое, прибегало к аллегорическим образам, что свидетельствовало об унаследованной от Античности определенной концепции красоты и гармонии.
Идеологическая ориентация фатимидского халифата делала его в общем терпимым по отношению к немусульманам, которые имели доступ к высоким должностям (многие христиане были вазирами, даже если обладали этим титулом формально) и беспрепятственно занимались доходной торговой деятельностью. Можно вспомнить только одно недолгое, но жестокое гонение на христиан, которое происходило при халифате ал-Хакима между 1007 и 1014 г. Наиболее впечатляющей из его мер было разрушение храма Гроба Господня в Иерусалиме, вызвавшее большой резонанс в западном мире и спровоцировавшее в известной степени идею крестовых походов. Однако подоплека действий ал-Хакима, отличавшегося некоторой неуравновешенностью, была не вполне ясна; более того, можно сказать, что эта акция обеспечила ему особое реноме в суннитских кругах, прежде всего в такой стране, как Сирия, которая претерпела многократные атаки византийцев.
Фатимидский Египет тоже не всегда оставался спокойным и благополучным. При его процветающей в ту пору экономике случались и постоянные недороды, и голод, что порождало воровство, преступления, эпидемии и всякого рода беды, которые растягивались иной раз на целые годы. К тому же военные бунты в окружении халифов, перепоручивших — как и их багдадские соперники — оборону наемникам разных национальностей, вспыхивали военные бунты. Три главных корпуса: берберский, тюркский, дайламитский — и корпус, сформированный из черных суданцев, часто вступали в борьбу между собой. Тюрки то выступали против африканцев, то принимали их сторону. Наконец, сама по себе интерпретация фатимидской доктрины не могла не провоцировать иной раз жестоких эксцессов, подобных тем, что произошли в 1020 г., когда толпа растерзала «миссионеров», которые по воле ал-Хакима провозгласили его богом.