Узбекистан с момента провозглашения независимости был зоной повышенного внимания для Ричарда Чейни, отдельной фигуры в американском истеблишменте. Компания Halliburton, которой он руководил с 1995 по 2000 год, с 1997-го активно занималась эксплуатацией нефтяных месторождений на пространствах постсоветской Средней Азии, а прибирать эти месторождения к рукам начала гораздо раньше. В 1998 году, выступая с речью перед нефтепромышленниками, Р. Чейни заявил: «Я не припоминаю случая, когда так внезапно какой-либо регион мог превратиться в зону огромного стратегического значения, какой сегодня стал Каспийский бассейн».
Теракты 11 сентября и выбор в качестве первой цели Афганистана, предоставили возможность команде неоконсерваторов Р. Чейни и Д. Рамсфелда, опираясь на единомышленников в ЦРУ и Пентагоне, приступить к реализации проекта «Новый американский век» (Project for the New American Century, PNAC), в соответствии с которым в постсоветской Средней Азии планировалось разместить военные части и специальные формирования: официально — для предотвращения террористических угроз, а в действительности — для обеспечения контроля над регионом и создания в нем рычагов управления политической ситуацией, отдельных элементов «глубинного государства», механизмы которого уже успешно действовали в Европе, Турции, Египте и других странах.
Этот план, разрабатывавшийся с 1992 года, предусматривал, по словам полковника в запасе Эндрю Басевича (Andrew Basevich), критикующего военные авантюры США, «глобальную и перманентную американскую гегемонию». Еще до избрания Джорджа Буша в президенты Верховным судом США в декабре 2000 года Ричард Чейни прилагал все усилия, чтобы обеспечить подписантам плана PNAC доступ к ключевым постам в Белом доме, Государственном департаменте и Министерстве обороны. В число лиц, подписавших план, входили Ричард Эрмитедж, Джон Болтон и Ричард Перл — весомые фигуры в американских политических раскладах.
В реальности проникновение ЦРУ в Афганистан началось за несколько лет до событий 11 сентября. Плотные контакты между ЦРУ и узбекскими спецслужбами были установлены в 1997–1998 годах, и первоначально их целью являлось установление оперативной связи с Северным альянсом через Ташкент, а после взрывов бомб у посольств США в Дар-эс-Саламе (Танзания) и Найроби (Кении) в 1998 году спецслужбы США и Узбекистана начали проведение совместных операций против талибов и их союзников из Исламского движения Узбекистана (ИДУ). Иными словами, Пентагон и ЦРУ начали активно действовать в Узбекистане за четыре года до подписания в октябре 2001 года межгосударственного соглашения Дональдом Рамсфелдом и президентом Исламом Каримовым.
Соглашению 2001 года о размещении первой и самой крупной на территории постсоветских стран американской военной базы Карши-Ханабад, или К-2, предшествовало предварительное соглашение Узбекистана о сотрудничестве с ЦРУ, которое было заключено в 1999-м. Активным организатором, продавившим это соглашение и в Вашингтоне, и в Ташкенте, был старший офицер ЦРУ Ричард Бли (Richard Blee), в свое время глава резидентуры ЦРУ в Афганистане, который остается главным фигурантом в истории о «секретном американо-узбекском альянсе». 11 сентября 2001 спецподразделения Армии США уже находились на территории Узбекистана, на военной базе К-2. А спустя десять дней, за две недели до формального военного соглашения между ВС США и узбекскими военными, ЦРУ уже направило на базу Карши-Ханабад свои подразделения. Для «фактории» ЦРУ в Узбекистане главной задачей было закрепление на территории страны, создание элементов «глубинного государства» и его боевых отрядов, на роль которых планировалось Исламское движение Узбекистана (ИДУ).
Здесь нужно напомнить, что принятый в 1980-х годах директором ЦРУ Уильямом Кейси ряд решений по ведению тайных операций в Афганистане касался не только этой страны. Разработкой этих решений занимались не столько бюрократические структуры Лэнгли, сколько директора саудовской разведки — сначала Камаль Адам, а затем и принц Турки бен Фейсал. Среди этих решений нужно выделить два: во-первых, создание своеобразного «иностранного легиона», предназначенного для оказания помощи афганским моджахедам, иными словами — создание сети поддержки, которую мы знаем сегодня под именем «Аль-Каиды»; во-вторых, активное агентурное проникновение на территорию советской Средней Азии, вербовка «на будущее» граждан среднеазиатских республик.
Именно из этой агентуры состоял вначале костяк ИДУ, который опирался на организационные и финансовые возможности, созданные ЦРУ и саудитами. Достаточно вспомнить, что узбекские исламисты не испытывали недостатка в финансовых средствах, причем денежная помощь поступала к ним не только из Афганистана. Известно, что подданный Саудовской Аравии, уйгур по национальности, Мухаммад-Амин Туркистони вручил в 1999 году одному из лидеров узбекских исламских радикалов Тахиру Юлдашеву 260 тысяч долларов для закупки оружия, половина которого была передана уйгурским сепаратистам КНР.