Западноевропейская историография часто умышленно замалчивает Ушакова. При этом она обстоятельно изучала и превозносила Нельсона. Печально, но факт: и на Родине соотечественники долго были к Ушакову так же неблагодарны и несправедливы. В истории флота длительное время имя Ушакова было забыто. Ближайшие к Ушакову поколения беспрекословно признали в искусстве ведения морских операций первенство и превосходство Нельсона над русским флотоводцем. Представители этой плеяды не желали считаться с хронологически точным фактом, что Ушаков в своей тактике морского боя явился абсолютным новатором. Ведь Горацио Нельсон выступал в самостоятельной роли и мог проявить свой талант лишь во второй половине 90-х годов XVIII столетия, когда уже успели произойти почти все главные морские победы Ушакова и никаких способов ведения боя у Нельсона русский флотоводец уж никак не мог заимствовать. Только в наше время в полной мере оценили Ушакова и высоко вознесли его имя. Что же касается Западной Европы и Америки, то там и теперь продолжают игнорировать очевидные факты. Только в наши дни его имя получило достойное всенародное признание.
С возвращением Ушакова в Черное море после средиземноморских битв он оказался не у дел. Адмирал без флота, исключённый из Черноморского адмиралтейского правления, где он был старшим членом. Теперь он в сущности никто, ведь его оставили без флота. Единственным его занятием становится сдача хозяйственных и денежных отчетов, а также тягостные канцелярские сношения с тыловыми органами флота. В руководстве Черноморским флотом вместо Н. С. Мордвинова пришёл М. П. Фондезин (фон Дезин), адмирал, плохо знавший моря. Он так же ненавидел Ушакова, как Мордвинов. Это была обычная вражда завистливой бездарности к таланту, паркетных шаркунов к боевому офицеру. Теперь талантливые деятели стали не нужны. Высшие посты в руководстве и управлении флотом оказались в руках Мордвиновых, Фондезинов, Траверсе и им подобных бюрократов.
После убийства императора Павла I на престол взошел Александр I, что привело к резкой смене морской политики России. Приведём несколько предложений об этом цареубийстве. 24 марта 1801 года руководители заговора благодаря предательству караульных из Преображенского полка легко проникли внутрь дворца. Ворвавшись в спальню Павла, заговорщики предъявили ему приказ об аресте, якобы подписанный наследником. Павел отказался подчиниться, и тогда генерал-поручик Николай Алексеевич Зубов ударил императора в висок тяжёлой табакеркой. После чего Павел I был задушен другими нападавшими. Так в эту ночь к власти пришёл новый российский император Александр I. Следствие по делу об убийстве Павла I даже не было начато, никто из убийц не был наказан.
В 1802 году была принята к действию континентальная доктрина, согласно которой за флотом закреплялись только оборонительные функции. Сократилось финансирование Морского ведомства, корабли в основном стояли в гаванях, морская служба потеряла престижность. Служебная деятельность Ушакова свелась главным образом к рутинной канцелярской работе. Немало времени отнимало составление бумаг по запросам комиссии, занимавшейся назначением призовых денег личному составу, подчиненному ему в период Ионической кампании. Естественно, что боевому адмиралу было неуютно в сложившейся вокруг него обстановке.
Так уж повелось, что новый император Александр I и тогдашние вельможи из русского Морского ведомства быстро утвердились, что заслуги Ушакова были слабо оценены, а поэтому его высокий талант не получил своевременного признания. Но от этого ни Черноморскому флоту, ни Ушакову легче не стало.
Гибель Павла I в результате заговора. Гравюра
С началом нового царствования во главе морского управления снова оказались враги Ушакова. Мордвинов, назначенный в 1802 году сперва вице-президентом Адмиралтейств-коллегии, а затем и морским министром, поспешил выжить Ушакова с Черноморского флота. В том же году Ушаков был переведен на береговой, не имевший военного значения, пост главного командира гребного флота и начальника флотских команд в Петербурге.
Император Александр, ничего не понимавший в морском деле, создал в 1802 году Особый Комитет по образованию флота. Уже в самом названии этого учреждения заключалась вопиющая, несправедливая, презрительная мысль: якобы флота у России вовсе нет. Председателем Комитета был назначен дилетант в морском деле граф Александр Романович Воронцов, который полагал, что России вовсе не нужно быть сильной морской державой, так как «в том ни надобности, ни пользы не предвидится». Тот же Воронцов весьма авторитетно заявлял Александру: «Посылка наших эскадр в Средиземное море и другие дальние экспедиции стоили государству много, делали несколько блеску и пользу никакой».
Примером этому может служить позорный Тильзитский мир, который был заключен в июне 1807 году между императором Александром I и Наполеоном после поражения русской армии под Фридландом в ходе Русско-прусско-французской войны 1806–1807 годов, где Россия выступала на стороне Пруссии.