Ровно через сутки после подписания капитуляции, 22 февраля 1799 года, весь соединенный флот рано утром снялся с якоря и вошел на рейд между островами Корфу и Видо, заняв место в линии против крепостей, «для предосторожности». В полдень того же дня исполнены были условия капитуляции: французские флаги спущены на всех укреплениях и судах, вместо них немедленно подняты русские и турецкие флаги и произведены салюты адмиральскому флагу; люди с обеих эскадр заняли крепости.
На флагманский корабль Ушакова были переданы французское знамя и ключи от крепости. В крепость вошли только русские моряки, оставив турок на кораблях. Это был день великого торжества русских и греков, торжества военного таланта адмирала Ушакова и его твердой воли, поддержанных преданностью, храбростью и искусством русских моряков. Штурм Корфу, предпринятый русским адмиралом, представлял собой образец продуманной и логически завершенной операции. Эта грандиозная победа не могла бы стать реальностью без той самоотверженности, с которой русские моряки блокировали и штурмовали бастионы Корфу.
К вечеру главнокомандующий с командирами русских судов съехал на берег для слушания благодарственного молебствия в церкви Св. Чудотворца Спиридона и был восторженно встречен народом. Повсюду слышны были восклицания благодарности русскому императору за избавление от неприятеля, и развевались русские военные флаги. Знамя, флаг и ключи главной крепости, флаг, гюйс и вымпел с корабля «Леандор» и полакры «Экспедицион» препровождены Ушаковым к государю императору; а флаг и знамя с другой крепости Кадыр-бей поднес султану.
Призы, взятые на Корфу, разделены были между обеими эскадрами. Вот как описывает Ушаков эти события в своём письме доверенному лицу императора адмиралу Г. Г. Кушелеву: «Корабль “Леандер” достался мне, в российскую эскадру, яко начальствующему и трудившемуся в исполнении дел; а фрегат “Брюн” в эскадру Блистательной Порты; прочие же мелкие суда еще не распределены, до окончания разбирательства, так как многие, по предъявлению обывателей, им принадлежали… Раздел всего, находящегося в крепостях, более всех с уважением на сторону российской эскадры сделан быть должен, уже и потому, что в эскадре, мне вверенной, восемь кораблей и семь фрегатов, а в турецкой только четыре корабля и несколько фрегатов, следовательно, силы наши почти вдвое больше; а притом действие мое против крепостей кораблями российскими стоят более 30 или 50 тысяч сухопутного войска». Также присоединены были к русской эскадре: полакра (трехмачтовое быстроходное судно) «Экспедицион», взятая на другой день по покорении Корфу, куда пришла под французским флагом из Анконы с продовольствием и железом; разбойничье тунисское судно, взятое кораблем «Богоявление Господне», шебека «Макарий»; восьмипушечное двухмачтовое судно, названное бриг «Александр», взятые фрегатом «Счастливый».
Однако русская эскадра осталась в потере, потому что корабль «Леандер», как взятый французами у англичан, союзникам был потом и возвращен. «Фрегат же “Ля Брюн” оставлен у себя турками со всей полной артиллерией, припасами и снарядами, вооруженный и совсем готовый», – сообщал Ушаков посланнику Томаре. При разделе завоеванного имущества турки с жадностью старались присвоить себе все и заводили ссору за всякое бревно и веревку, взятые для починки русских судов, поврежденных во время сражения, тогда как их суда были совершенно сбережены и целы. Только несколько малых полевых пушек взяты нами и посланы в Италию.
Неприятный конфликт возник с адмиралом Нельсоном при получении английским флотом судна «Леандер». Со слов писателя Алексадра Широкорада: «Горацио Нельсон был, безусловно, талантливым адмиралом, но в жизни он был на редкость упрям и мелочен. Еще во время осады Корфу он через британского посла в Стамбуле добивался от турецкого правительства передачи корабля “Леадера” Англии. После сдачи Корфу великий визирь предложил Томаре обменять “Леадер” на фрегат “Ля Брюн”, доставшийся при разделе трофеев туркам, да еще и приплатить». 18 мая 1799 года Ушаков ответил Томаре: «Об отдаче корабля “Леадера” без особого повеления государя я не могу, а будет, мол, повеление, я все исполню». Аналогично наш адмирал ответил на личное послание Нельсона. Тогда сэр Горацио решил действовать через посла в Петербурге Витворта, того самого, который готовил и заговор против Павла I. В итоге Ушакову пришлось расстаться с единственным ценным призом.
Как уже говорилось, в целом вся кампания 1798–1799 гг., ведомая Павлом против революционной Франции, противоречила интересам Российской империи. Лишь взятие Корфу в какой-то мере оправдывало посылку эскадры на Средиземное море.