В последующие годы оценка деятельности Рашидова союзными московскими властями, партийцами резко отличалась от оценки его деятельности узбекскими функционерами, партийцами, местными властями всех уровней.
По официальной московской версии, руководя Узбекистаном, Рашидов способствовал коррупции, игнорировал законность (БЭС. С. 1105). Хотя в послевоенное время в СССР массовой и повсеместной коррупции в основном не было, в Узбекистане она расцвела и утвердилась. Узбекские функционеры посылали в Москву отчеты с сильно завышенными показателями развития отраслей экономики Узбекистана. До поры до времени все это им сходило. Юрий Владимирович Андропов (1914–1984), очень крупный советский партийный и государственный деятель: в 1967–1982 гг. – председатель КГБ СССР, с 1982 г. – генеральный секретарь ЦК КПСС и одновременно с 1983 г. – председатель Президиума Верховного Совета СССР, – начал осуществлять первые шаги по преодолению негативных явлений в жизни СССР. Изучив стиль управления и результаты хозяйственной деятельности Рашидова, Ю.В. Андропов начал готовить аргументированное отстранение Рашидова от власти. Факты массового взяточничества в Узбекистане были озвучены на весь СССР под названием «Хлопковое дело». Прокуратура СССР создала в 1983 г. следственную комиссию по расследованию фактов экономических проступков в Узбекистане, ее работу возглавляли Т.Х. Гдлян и Н.В. Иванов. Видные узбекские функционеры были привлечены к ответственности, у некоторых часть имущества была конфискована для ликвидации нанесенного ими ущерба и как явление незаконного обогащения. Но никто из крупных обманщиков-функционеров не оказался за решеткой. Довести до конца обвинительное дело против узбекских коррупционеров и Рашидова так и не удалось. Одно следственное дело разбили на кучу маленьких, которые до конца довести так и не смогли, тем более что в 1983 г. Рашидов неожиданно умер в возрасте 66 лет. Ходили слухи, что он покончил жизнь самоубийством, потому что боялся позора и строгости наказаний за его проступки. В СССР, особенно РСФСР, имя Рашидова было символом коррупции и воровства.
В Узбекистане многие крупные чиновники лишились своих доходных служебных мест, у некоторых конфисковали часть имущества как нажитое нечестным путем, но массовых лишений их свободы не было. Не было широкомасштабного освещения в узбекских СМИ происшедших событий и их официальной оценки властями советского Узбекистана. Постепенно и за много лет скандал, казалось, забылся. После провозглашения независимости Узбекистана в нем вспомнили о «Хлопковом деле» и оценили его как лживо сфабрикованное. Ш.Р. Рашидова полностью реабилитировали, объявили жертвой московской властной политики, страдальцем от попыток расправиться с ним как с неугодным центральной советской власти местным национальным лидером-правителем. Одну из главных улиц Ташкента (в этом городе он прожил половину своей жизни и умер) назвали в честь Рашидова, появились и другие улицы, памятники, музеи в его честь.