Через некоторое время в Москву был откомандирован заместитель руководителя всей контрразведывательной службы ЦРУ для встречи с резидентом. Беседа состоялась в секторе безопасности на верхнем этаже американского посольства в специально оборудованном помещении. Прозванное местными остряками «желтой подводной лодкой» («Yellow submarine» — очевидно, в честь знаменитого хита «Битлз»), помещение представляло собой тесный контейнер, загерметизированный внутри металлического ящика и «плавающий» на воздушной подушке. Внутри было автономное электропитание. (В контейнер не разрешалось вносить каких-либо электронных устройств или механических пишущих машинок. Такой приказ был издан в 1984 году, когда оперативно-технические сотрудники ЦРУ случайно обнаружили, что КГБ сумел перехватить 13 электрических пишущих машинок, направляемых в посольство, и установить в них миниатюрные радиопередатчики. Находясь в секторе безопасности посольства, который, правда, не использовался сотрудниками резидентуры, пишущие машинки передавали каждое напечатанное на них слово на расположенный неподалеку пост контроля радиоэфира КГБ.) Проверяя возможность их прослушивания, два высокопоставленных сотрудника ЦРУ обсудили еще одну фиктивную операцию против КГБ. Результат опять был негативным.
В начале 1986 года Кейси приказал Джону Стейну, высокопоставленному сотруднику Управления, проанализировать оперативные дела отдела SE и выявить оперативные недоработки в ЦРУ. После завершения своей работы Стейн пришел к выводу, что — да, в Управлении имеет место утечка секретной информации, но, возможно, это не вызвано нахождением внутри ЦРУ внедренного советского агента. Тем временем Кейси продолжал игнорировать настоятельные советы Пола Редмонда и его коллег начать в ЦРУ настоящую охоту за «кротом».
Что касается Эймса, то в это время он проходил испытание на полиграфе перед своей командировкой в Рим. Оно было назначено на 2 мая — это была первая после 1976 года проверка, и агент очень ее опасался. Когда ему был задан вопрос, было ли ему сделано вербовочное предложение иностранной разведкой, в его негативном ответе полиграф зарегистрировал колебания. Оператор стал более настойчивым, пытаясь понять, почему ответы Эймса не кажутся искренними. Отвечая на его вопросы, агент объяснил, что характер его работы подразумевает, что он вовлечен в вербовочную работу с русскими. Он также заявил, что опасается вербовочных подходов к нему в Риме. После окончания теста оператор снова попросил Эймса объяснить его сомнительный негативный ответ. Эймс ответил, что от заданного вопроса он занервничал, поскольку понимает, что КГБ всегда стремится вербовать сотрудников ЦРУ. «Мы всегда знаем, что эти ребята где-то рядом, и это нас беспокоит», — сказал он.
На этом все закончилось. Оператор принял объяснение агента о причине его подозрительной реакции на заданный вопрос и поверил, что Эймс говорит правду. Тем не менее, согласно существующим правилам, он повторил проверку и снова задал вопросы о вербовочных подходах к агенту. На этот раз Эймс реагировал ровно и спокойно, и машина не зарегистрировала никаких признаков лжи. Путь в Рим был открыт, и Эймс был в состоянии эйфории от того, что смог обмануть полиграф и тем самым избежать неизбежного ареста.
Тем временем в ЦРУ были пересмотрены все инструкции и процедуры по вопросам безопасности, ужесточены правила пользования всеми видами электронной и проводной связи, значительно уменьшен объем передаваемой средствами связи информации, а также была сокращена номенклатура заводимых на новых агентов оперативных дел, к которым мог иметь доступ предполагаемый «крот». В мае 1986 года Хэтавей попросил Джину Вертефейл, резидента ЦРУ в Габоне, возглавить специальную рабочую группу по расследованию причин провалов американских агентов в период 1985–1986 годов. Но скандал, связанный с секретной операцией ЦРУ «Иран-контрас», не позволил руководству Управления осуществить эти планы. Сведения об операции появились в средствах массовой информации, когда никарагуанские вооруженные силы сбили военно-транспортный самолет США, доставлявший мятежникам оружие для свержения сандинистского правительства. В прессе подчеркивалось, что ЦРУ и, в частности, его директор Уильям Кейси нарушили принятый Конгрессом США закон, запрещающий оказание военной помощи США повстанцам.
В декабре 1986 года Кейси, будучи в своем кабинете, потерял сознание и был госпитализирован, последовавший диагноз — раковая опухоль мозга. Его преемник Роберт Гейтс позже скажет, что ему никогда не говорили об оперативной важности агентурных потерь ЦРУ в 1985 году. Управление не смогло собрать воедино все имеющиеся факты, связанные с арестом или исчезновением своих агентов, и должным образом их проанализировать. Такое положение дел существовало до момента разоблачения и ареста Эймса.