Еще в Каире ему не раз приходилось слышать о том, что где-то здесь за семью печатями утаивается фантастически богатая библиотека. Предполагали, что она находится в ведении коптского архиепископа Александрии (который, как и его предшественники на протяжении ряда столетий, несмотря на свой титул, постоянно проживал в Каире). Тогдашнему коптскому патриарху было уже за девяносто, но при этом он оставался весьма подвижным, обаятельным и легкомысленным человеком. Тишендорф добился приема у старого джентльмена, изящная болтовня которого напомнила посетителю салонные разговоры дам парижского света. Когда наконец Тишендорф упомянул о своем желании ознакомиться с содержимым "секретной" сокровищницы манускриптов, патриарх поинтересовался, зачем ему это понадобилось. Тишендорф объяснил, что он поставил перед собой задачу восстановить первоначальный текст Евангелий и что для этого ему необходимо свериться с древними документами, которые "по возможности максимально точно воспроизводили бы то, что вышло из-под пера самих апостолов". Этот аргумент, однако, не произвел на патриарха впечатления. С каменным лицом он заявил: "В конце концов, у нас есть все, что нам нужно. Есть евангелисты, есть апостолы. Чего еще нам желать?" Тишендорф понял, что идея текстуальной критики Библии за все девяносто с лишним лет, очевидно, даже не приходила ему в голову.
Еще до этого мнение коптского архиепископа о посетителе упало весьма низко, когда он попросил Тишендорфа прочесть отрывок из греческой книги. Произношение Тишендорфа на языке Софокла ужаснуло старца. Как бы там ни было, Тишендорф и его панегиристы, по-видимому, придерживались мнения, что причиной произведенного им ложного впечатления явилось невежество архиепископа в классическом греческом языке. Они нисколько не сомневались в том, что произношение, которому обучали в германских гимназиях и которое сильно отдавало Hochdeutsch (верхненемецким диалектом), звучало совершенно аутентично древнегреческому.
В апреле 1844 г. Тишендорф отправился из Каира в Нитрийскую пустыню, где когда-то существовало несколько сот монастырей — до тех пор, пока приливная волна ислама не поглотила их и христианское рвение коптов не угасло. Тишендорф провел розыски в нескольких таких монастырях. Довольно быстро он понял, что среди многочисленных помещений монастыря нет комнаты, "ограждающей от назойливых визитов монахов лучше, чем библиотека". В некоторых монастырях библиотеки загонялись на чердак какой-нибудь башни. Там манускрипты лежали грудой, или были разбросаны по полу, или напиханы как попало в плетеные корзины. На полу помещения в изобилии валялись обрывки и фрагменты рукописей.
В первых двух монастырях Тишендорфу не удалось найти греческих текстов. Были обнаружены только коптские и арабские рукописи, хотя и почтенного возраста. В третьем монастыре он видел сирийские документы, а также нашел несколько ценных эфиопских фрагментов. Монахи этого нитрийского монастыря, у которых совсем недавно англичане увезли несколько манускриптов, уплатив "весьма скромную сумму", отнеслись к немецкому ученому крайне подозрительно, всячески подчеркивая, что они жестоко уязвлены, как они выразились, "британским плутовством", из-за которого они лишились своих сокровищ. Подозрительность монахов превосходила их алчность, и Тишендорфу не удалось уговорить их продать хоть что-нибудь, несмотря на самые щедрые посулы. Однако в неожиданном приливе восточной щедрости они без всяких возражений позволили ему взять несколько полуистлевших листов пергамена с описанием сбора винограда коптами в VI–VII вв., которые Тишендорф извлек из очередной покрытой пылью груды. Эта удача, однако, не прошла для исследователя даром: у него "несколько дней болело горло от пыли, поднявшейся в знойном воздухе".
В мае 1844 г., после двенадцатидневного нуги с караваном через пустыню, Тишендорф добрался до монастыря Святой Екатерины, расположенного на высоком песчаном плато, среди поистине героического ландшафта, образуемого крутыми гранитными скалами, над которыми возвышается Джебель-Муса — гора, где, согласно спорному преданию, Господь продиктовал Моисею десять заповедей. Монастырь представляет собой крепость, сложенную из громадных валунов. Воздвигнута она в начале VI в. императором Юстинианом для того, чтобы служить убежищем окрестным монахам от грабителей-бедуинов. В то время здесь и образовался единый большой монастырь (имя святой Екатерины закрепилось за ним много позже), поглотивший рассеянные вокруг поселения отшельников и уже существовавший небольшой монастырь при часовне Неопалимой Купины, построенной в IV в. святой Еленой, матерью Константина Великого.