Опричнина существенно ограничила компетенцию думы, прежде всего в сфере внутреннего управления. В годы реформ дума постоянно выделяла боярскую комиссию, ведавшую столицей и всем государством в отсутствие царя. При Адашеве руководство этой комиссией осуществляла титулованная знать. После введения опричнины царь изгнал княжат из московской боярской комиссии и заменил их нетитулованными боярами. Под конец опричнины бояре вовсе были удалены из московской комиссии.
Отныне столицу «ведали» одни приказные люди. С упразднением семибоярщины была ликвидирована одна из самых важных привилегий Боярской думы. По традиции члены думы непосредственно возглавляли важнейшие приказы. Глава Конюшенного приказа — конюший — считался старшим боярином думы. После казни Челяднина-Федорова должность конюшего была фактически упразднена, а управление приказом перешло к ясельничим из дворян. В годы опричнины царь почти никогда не созывал думу в полном составе и перестал регулярно пополнять ее новыми членами. Боярская дума лишилась почти всех своих авторитетнейших вождей. Ее численный состав резко сократился, влияние ослабло.
Полагают, что в конце опричнины на Руси сложился новый тип служилой знати, и «в этих условиях уже не было необходимости в целенаправленном подавлении знати». Так ли это? Аристократия была ослаблена опричным террором, но все равно осталась аристократией. Знать сохранила в своих руках крупные земельные богатства и отнюдь не отказалась от своих претензий на власть. Парадокс состоял в том, что самодержец жаждал неограниченной власти, но не мог управлять царством без непосредственного участия могущественной знати. Поместная система давала большие выгоды аристократам, чем рядовым детям боярским, и они должны были примириться с принципом обязательной службы с земли. Но сам по себе этот принцип не мог уничтожить аристократию.
Задолго до опричнины Иван Пересветов настоятельно советовал царю создать охрану наподобие янычарского войска и обрушить грозу на голову непокорных вельмож. Многое из того, о чем писал Пересветов, сбылось через полтора десятилетия. Пророчества публициста столь удивительны, что некоторые исследователи склонны были отнести его сочинения к послеопричному периоду и увидели в них литературное выражение опричной трагедии. В действительности Пересветову удалось предвосхитить будущее. Непосредственного влияния на опричную политику его проекты, по-видимому, не оказали. Дворянский радикализм и рационалистические элементы воззрений Пересветова были чужды царю Ивану и его ближайшему окружению. Опричная политика, хотя и имела точки соприкосновения с идеологией дворянских публицистов, на практике оказалась весьма далекой от идеальных замыслов. Террор опричнины обернулся не только против «вельмож», «ленивых и богатых», но и против «простых воинников». Пожелания Пересветова относительно «царской щедрости до воинников» и идеи дворянского равенства получили уродливое воплощение в опричных привилегиях. Мечты дворянства о сильном монархе, правящем «с грозою», стоящем за «великую правду», воплотились в кровавом деспотизме и злоупотреблениях опричнины. В борьбе с непокорной боярской знатью монархия неизбежно должна была опираться на дворянство. Но этой цели она достигла не корпоративной организацией мелкого и среднего дворянства в целом, а путем организации привилегированной опричной гвардии, укомплектованной служилыми людьми нескольких «избранных» уездов и противостоящей всей остальной массе земского дворянства.
Опричнина обнаружила тот факт, что в XVI в. среднее и мелкое дворянство еще не обладало ни моральными и политическими потенциями, ни достаточным образованием и влиянием, чтобы оттеснить боярскую аристократию от кормила управления и занять ее место. Свое выступление на исторической арене «худородные» дворяне-преторианцы ознаменовали лишь кровавыми бесчинствами, бессовестным грабежом и всякого рода злоупотреблениями.
В опричнине окончательно сложился институт думных дворян. В связи с развитием приказной системы внутри Боярской думы образовалась курия думных дьяков. После опричнины политический вес приказной служилой бюрократии, несомненно, возрос. Высшие ее представители, занявшие место в думе, стали играть наряду с думным дворянством роль своеобразного противовеса боярской знати внутри думы. С появлением двух новых курий дума из чисто аристократического по своему составу учреждения постепенно стала превращаться в более представительный орган. Но развитию сословно-представительного начала в наибольшей мере способствовали земские соборы. Непременной частью любого собора XVI в. были Боярская дума и Священный собор, то есть князья церкви. Лишь в некоторых исключительных случаях власти приглашали для участия в работе собора представителей дворянства. Самым представительным собором середины XVI в. явился Земский собор 1566 г., созыв которого был связан с короткой полосой компромисса в истории опричнины.