В 1858 г. начался новый период. С того момента ученые стали заботиться обо всех древних артефактах, их начали защищать, причем начало этому положил тот самый исследователь, который обнаружил Серапеум. Мариэтт был назначен «мамуром» (директором) Службы древностей и занимал этот пост до самой своей смерти в 1881 г. Ему было назначено жалованье, и он получил разрешение нанимать помощников. В его распоряжении имелся пароход, он мог нанимать рабочую силу и время от времени получал определенные денежные суммы для выполнения конкретных задач. Мариэтт должен был проводить расчистку и реставрацию памятников и пересылать найденные объекты в специально созданный музей в Булаке. Несмотря на то что план его работы был весьма амбициозен, в реальности он проводил исследования только на четырех памятниках: в Танисе, Мемфисе, Абидосе и Фивах. В каждом случае ему удалось добиться выдающихся результатов. Достаточно перечислить только диоритовую статую Хефрена, львов с человеческими лицами, статуи людей с подношениями, гробницы Ти и Птахотепа, Рахотепа и Ноф-рет, сокровища царицы Яххотеп, надписи и царские списки.
Восхищение ученых, вызванное открытием такого большого количества сокровищ, сочеталось с некоторой тревогой, так как опубликованные результаты работы Мариэтта не соответствовали ее реальным масштабам. Египтологи, с нетерпением ждавшие свежих новостей, были вынуждены довольствоваться несколькими статьями в Revue archéologique и копиями текстов, сделанными без ведома Мариэтта.
В конце концов хранения египтологических библиотек пополнились несколькими превосходными изданиями, посвященными Дендере, Карнаку и Дейр-эль-Бахри, путешествию в Верхний Египет, а также альбомом с изображением артефактов, хранившихся в Булакском музее. В 1889 г. были опубликованы «Разные памятники» (Monuments divers) Мариэтта, причем это издание сопровождалось комментариями Масперо, издавшего на основе рукописей Мариэтта книгу о мастабах Древнего царства. Результаты других раскопок так и остались опубликованными лишь частично, а некоторые из запланированных исследований так и не были реализованы. В качестве примеров можно привести Танис, гробницу Ти, Серапеум и фиванский некрополь. Работа, начатая там, по разным причинам была завершена (или проводится до сих пор) другими исследователями.
Примерно в 1880 г. в библиотеке каждого египтолога стояли «Описание Египта», «Памятники…» Шампольона и Ро-зеллини, «Памятники» (Denkmäler) Лепсиуса, последний том которых был посвящен Берлинскому папирусу, и «Хрестоматия по истории египетского искусства» (L’Histoire de l’art égyptien d’après les monuments) Присса д’Авенна. Были опубликованы литографии с Лондонского, Лейденского и Туринского папирусов, а также папируса из Булакского музея и папируса Присса. Собрания надписей, составленные Бругшем, Дюмихеном и де Ружем, а также труды Мариэтта содержали все материалы, необходимые для работы исследователям, таким как де Руж, Шаба и Девериа во Франции, Бирч, Уилкинсон и Гудвин в Англии, Лиман, Лепсиус, Эберс и Бругш в Германии, занимавшимся расшифровкой иероглифической письменности, лингвистам и историкам. Эберс, автор нескольких очаровательных романов, издал очень интересную работу по истории Египта, которую Масперо перевел на французский язык. Этот немецкий исследователь также опубликовал великолепный медицинский папирус, зачастую называемый в его честь. Бругш преуспел практически во всех сферах. После смерти Шампольона изучение демотических текстов приостановилось. В 1855 г. Бругш издал «Грамматику демотики» (Grammar of Demotic), где была дана характеристика основам «народного» языка и письменности древних египтян. Затем свет увидели еще два основополагающих труда: «Иероглифическо-демотический словарь» (Hieroglyphisch-demotisch Wörterbuch) и «Географический словарь Древнего Египта» (Geographical Dictionary of Ancient Egypt), содержащий сравнительные алфавитные перечни географических названий, встречающихся на памятниках и в папирусах. Позднее, в монографии «Египтология» (Die Aegytologie) он в краткой форме изложил результаты всех исследований, проводившихся им на протяжении всей продолжительной научной карьеры. В Лейпциге в 1862 г. начал выпускаться «Журнал о египетском языке и истории древности» (Zeitschrift für Aegyptische Sprache und Altertumskunde), которому суждено было стать первым периодическим изданием, посвященным египтологии, и который продолжает выходить в свет и в наши дни. С другой стороны, «Сборник» (Mélanges) и «Египтология» (L’Egyptologie), выпускавшиеся Шаба, пользовались успехом только в течение непродолжительного времени. Большой вклад в египтологию внесли «Научные труды» (Transactions), «Записки Общества библейской археологии» (Proceedings of the Society of Biblical Archaeology), «Азиатский журнал» (Journal asiatique) и «Археологическое обозрение» (Revue archéologique).