Почти одновременно с обнаружением артефактов периода правления представителей двух первых династий в Египте были сделаны находки, которые можно отнести к эпохе энеолита. Флиндерс Питри, работавший в Коптосе, пересек Нил и между Тухом и Балласом обнаружил погребения прежде неизвестного типа, в которых тела умерших лежали на боку, окруженные погребальным инвентарем – сосудами, украшенными орнаментами, нанесенными краской пурпурного цвета. Эти узоры чуть не стали настоящим яблоком раздора для египтологов. Некоторые из них полагали, будто эти орнаменты представляют собой символические изображения деревни, а другие видели в них рисунки лодок. В конце концов вторая точка зрения стала доминирующей. После нескольких весьма оживленных дискуссий исследователи пришли к единому мнению о том, что цивилизацию создателей данных сосудов следует отнести к доисторической эпохе.
Очередь двух первых династий правителей Древнего Египта наступила тогда, когда Амелино в промежуток между 1895 и 1898 гг. и Питри между 1899 и 1901 гг. обнаружили к западу от Абидоса царские гробницы, относящиеся к этому периоду, и провели там археологические исследования. В 1897 г. в Нагаде де Морган нашел гробницу, на протяжении долгого времени считавшуюся принадлежащей Менесу. Квибелл, принимавший участие в нескольких экспедициях Питри, обнаружил на развалинах Иераконполя золотую голову сокола, одно из наиболее прекрасных произведений древнеегипетского искусства. Он также нашел палетку Нармера и другие памятники раннединастической эпохи. Очень скоро ученые получили возможность ознакомиться с этими бесценными находками, опубликованными в монографии Питри «Баллас и Нагада, царские гробницы Абидоса» (Ballas and Naqada, The Royal Tombs of Abydos), труде де Моргана «Исследование истоков Египта» (Recherches sur les origines de l’Egypte) и книге Квибелла «Иераконполь» (Hieraconpolis). Эти публикации до сих пор остаются основополагающими для всех египтологов, специализирующихся на изучении доисторического Египта.
Другие выдающиеся археологические открытия этого периода были сделаны в районе Мемфиса и Фив. Территория плато, на котором стоят великие пирамиды, была разделена между немцами, итальянцами и американцами. В хранилищах, прилегающих к пирамиде Микерина, Райзнер нашел несколько великолепных статуй. Немцы проводили исследования в заупокойном храме в Абу-Гуробе и на некрополе в Абусире, где стоят три пирамиды, кажущиеся уменьшенной копией гизехских. В результате раскопок, которыми с безупречной тщательностью руководил Борхардт, была выявлена вся сложная структура царских погребений Древнего царства. Публикация этих памятников, а также рельефов, обнаруженных в заупокойном храме Сахуры, выполненная под эгидой Немецкого восточного общества, стала поистине эпохальным событием.
В Саккаре, неподалеку от пирамиды Тети, два директора Службы древностей: Ж. де Морган и В. Лоре – обнаружили новые (и крайне важные) гробницы эпохи Древнего царства. Позднее руководство Службы решило поручить раскопки этого значимого памятника одному археологу на постоянной основе. Первым в эту должность вступил Квибелл, занимавший ее до начала Первой мировой войны. Всеобщий интерес вызвали раскопки в Дахшуре, в результате которых было обнаружено уникальное собрание ювелирных изделий эпохи Среднего царства.
Основываясь на сообщении Страбона о том, что царских гробниц, достойных осмотра, было около сорока, В. Лоре разработал метод систематического изучения Долины царей с помощью прорезания траншей до нетронутой скальной породы. Благодаря этому он обнаружил несколько гробниц царей и частных лиц, включая принадлежащие Тутмосу III и Маихепри, а также Аменхотепу II, служившую тайником, аналогичным найденному в Дейр-эль-Бахри. Раскопки возобновились через четыре года, но на этот раз их финансировала не Служба древностей, а Теодор Девис, американский египтолог, который, работая совместно с этим учреждением, отказался от своей доли находок, согласившись брать себе только те из них, которые можно было обнаружить в нескольких экземплярах. К 1912 г. число изученных гробниц, расположенных на территории знаменитой Долины царей, достигло 57. Казалось, будто это место открыло ученым все свои тайны.
Именно в этот период было принято решение о проведении систематических арехологических раскопок в Карнаке под руководством Ж. Легрена. Выдающимся событием стало обнаружение неподалеку от священного озера тайника, в который египтяне некогда поместили более 700 статуй.