Правым крылом турок командовал Мехмед Сирокко, паша Александрийский; левым – пират Улуч Али, итальянский ренегат, центром командовал сам Али. На левом фланге турецкие галеры, чьи капитаны хорошо знали все мели побережья, решили обойти венецианцев и обрушиться на них с тыла. Но их встретили два галеаса под командованием братьев Амброджо и Антонио Брагадин. Племянники героического капитан-генерала Фамагусты поквитались с османами ураганным огнем своих орудий. В критический момент боя Мехмед Сирокко задумал частью кораблей обойти Агостино Барбариго, но тот развернул строй против часовой стрелки, оттесняя турецкую эскадру к прибрежному мелководью. Мехмед Сирокко атаковал, янычары хлынули на палубу венецианского флагмана, однако Барбариго лично повел в атаку своих бойцов и сумел выбить неприятеля со своего судна. В критический момент боя рабы-христиане на османских судах перебили надсмотрщиков и ударили в спину туркам. В пылу боя командующий поднял забрало своего шлема, чтобы бойцы лучше слышали его команды. Метко пущенная каким-то турецким бойцом стрела поразила Агостино Барбариго в левый глаз. Адмирал был еще жив, но говорить мог с трудом. Офицеры отнесли его в нижние помещения галеры – железный Барбариго дотерпел до известия о победе и только тогда испустил дух.
Постепенно сопротивление турок начало ослабевать, их строй пришел в беспорядок. Эскадра Мехмеда Сирокко была разбита, сам он, тяжело раненный, был взят в плен, но попросил противников пристрелить его, каковая милость и была ему оказана. Экипажи некоторых османских галер пытались спастись на берегу, но христиане в ходе короткого боя частично уничтожили, частично пленили противника.
Тем временем в центре сцепились «Реал» дона Хуана и «Султана» Али-паши. Оба командующих захотели решить исход боя в очном противостоянии и шли прямо друг на друга под гул орудий, треск корабельного дерева и крики бойцов:
В конце концов Али-паша был убит – скорее всего, одним из аркебузиров с венецианских галер. Его голову подняли на длинную пику, что вызвало панику среди турецких матросов. Центр турок стал поддаваться и отходить.
Баланс битвы ужасен. От 20 до 30 тысяч турок были убиты, плюс 3486 пленных и 15 тысяч освобожденных христианских рабов; на стороне Лиги – 7500 убитых, из них – 4700 венецианцев и 20 тысяч раненых. Турки потеряли двух адмиралов – Мехмеда Сирокко и самого Али-пашу. Агостино Барбариго, командующий левым крылом союзного флота, был убит стрелой. Весть о победе пришла в Венецию морем. 17 октября галера Онфре Джустиниана с подходящим случаю названием
Алонсо Санчес Коэльо. Портрет дона Хуана Австрийского. 1566 год
В Сан-Марко прошла благодарственная месса; все здания города были освещены изнутри свечами и факелами снаружи. Главный портал Арсенала расширили и украсили фигурой льва святого Марка (с соответствующей надписью) и двумя крылатыми изображениями Победы. Через год или два фронтон увенчали и статуей святой Джустины, в день которой была выиграна битва, и с 1572 года до самого падения республики в 1797 году в этот день – 7 октября – ежегодно совершалось торжество: процессия, в которой участвовали дож и синьория, шествовала в церковь этой святой, принесшей им удачу. Были выставлены знамена, захваченные у турок.
Надгробные памятники Брагадину и Веньеру (ставшему дожем) можно увидеть в церкви Санти-Джованни-э-Паоло в Венеции. Их и других героев, сражавшихся при Лепанто, до сих пор вспоминают в торжественных церемониях на их венецианской родине.
Весть о победе дошла до Рима через двадцать три дня. 22-го известие достигло Рима и Пия V, который с большим беспокойством ожидал исхода битвы. Папа, монах-доминиканец, читал молитвы на протяжении всей битвы и приписал победу заступничеству Пресвятой Богородицы. Так возник праздник Мадонны дель Росарио (который сначала назывался праздником Мадонны делла Виттория) –7 октября.