В 1582 году в результате восстания, поднятого мятежником Акэти Мицухидэ против Оды Нобунаги, князь оказался окруженным войсками неприятеля в буддийском храме Хоннодзи в Киото и для сохранения своей чести в стенах горящей святыни совершил обряд сэппуку – вскрытия живота. Хидэёси узнал о гибели Оды во время штурма так называемого водного замка Такамацу, принадлежавшего феодалам провинции Биттю. Лично принимая участие в штурме, он приостановил свои действия и, быстро заключив перемирие с Мори, бросился к месту смерти Оды и разбил войска мятежника. Изменник, скрываясь от воинов Хидэёси, собираясь совершить грабеж в одной из деревень, был безжалостно убит местными крестьянами.
В 1583 году Хидэёси в вооруженном противостоянии уничтожил армию рода Сибата. После этого Хидэёси становится фактическим и единственным приемником князя Оды и узурпирует его власть. С таким положением не мог не считаться император Го-Ёдзэй. В 1585 году Хидэёси получает из его рук должность компаку, то есть правителя-регента, а в 1586 году – и дайдзё-дайдзин – чин великого министра. Также Хидэёси удостаивается аристократической фамилии Тоётоми.
В течение 1584–1590 годов Хидэёси последовательно подчинил себе все независимые земли (острова Сикику и Кюсю, регион Канто с его феодальными владетелями Го-Ходзё и Датэ). Укреплению его положения, правда, пытался воспротивиться бывший союзник князя Ода Токугава Иэясу, также претендовавший на верховную власть, выступивший против узурпатора. Но, оценив в конце концов военное и экономическое могущество диктатора, он смирился со своим положением и в 1586 году, перестав рассматривать себя в качестве претендента на верховную власть, присягнул Хидэёси на верность. Токугава смог взять свое только после смерти Хидэёси, расправившись с его сыном Хидэёри.
Уже через несколько лет, в 1591 году, Хидэёси объединил под своим началом всю Японию в одно государство, став его единоличным правителем. Он ввел общеяпонский земельный кадастр с новым налогообложением крестьянства страны, четко разделил японское общество на военное сословие – самураев и гражданское население (крестьян, горожан и торговцев), отобрав у последнего оружие (акция, получившая название «Охота за мечами»). Чувствуя опасность со стороны Европы, он запретил христианство и изгнал из Японии католических и других миссионеров, уничтожив при этом как европейских, так и массу японских верующих на острове Кюсю (в 1587 и 1589 гг.). Одним из поводов для изгнания христиан из Японии послужил также отказ португальцев предоставить для слабого в то время японского флота большие португальские галеоны и опытных матросов, а также просьба помочь в строительстве новых кораблей для завоевания Кореи. Искоренением христианства Хидэёси положил начало изоляции Японского государства от остального мира. Сам Хидэёси вскоре принял титул тайко – регента в отставке, передав должность компаку своему племяннику Хидэцугу.
Объединив страну под своим началом, Хидэёси почувствовал, что он способен на большее, а именно на захват военным путем стран-соседей. В конце XVI века гражданские войны, продолжавшиеся в Японии более сотни лет, прекратились. Поэтому Хидэёси почти не составило труда организовать завоевательную экспедицию в две соседние страны – Корею и Китай, отличавшиеся богатством и высокой культурой, с массой трудолюбивого населения. Идея была подхвачена самураями, которые были готовы устремиться в захватнический поход. Жажда деятельности охватила диктатора. После многих лет военных действий верховный военачальник, как и представители военного сословия, окружающие Хидэёси, – феодальные князья и армии феодальных самурайских кланов, прозябавшие без дела, – также не желали остановиться на достигнутом. Но в единой Японии все уже было распределено между феодалами. Феодальным князьям нужен был новый источник обогащения, а самураям – военная работа и, соответственно, также вознаграждение. Требовалось выплеснуть самурайскую энергию, оставшуюся без применения, еще и на внешнего врага.