Однако вывести армию за пределы Кореи оказалось совсем не легким делом. С одной стороны были наступающие китайско-корейские силы, численно превосходившие японские, с другой – море с множеством китайских кораблей. Особо большие потери понес корпус Кониси Юкинаги. На помощь ему пришли Като Киёмаса и князь Симадзу из провинции Сацума. При Сачхоне произошло последнее крупное сухопутное сражение китайско-корейских войск с японцами. Японцы победили. Китайско-корейская армия оставила на поле битвы около 40 тысяч убитых, уши и носы которых, как и прежде, были отрезаны и отправлены в Японию.
На берегу японцы продолжали отчаянно сопротивляться, и вследствие этого вскоре между Китаем и Японией было достигнуто соглашение о беспрепятственном возвращении в Японию японских солдат. Более половины японского флота было уничтожено. Однако Кониси, Като и Симадзу смогли 21 декабря вывезти свои войска из Кореи. Последние корабли с японцами ушли в Японию, на Цусиму, 29 декабря. Японцы, возвращению которых никто не мешал, не растерялись и вывезли из Кореи большое количество ценностей и произведений искусства, а также специалистов в разных областях техники, в частности мастеров по производству фарфора, книгопечатанию, ученых-конфуцианцев.
Война была проиграна. Она привела японский народ к большим человеческим и материальным потерям, пострадала экономика страны в целом. Таким образом, провалилась первая авантюрная и широкомасштабная японская попытка покорения «цивилизованных стран» Восточной Азии с целью дальнейшей эксплуатации их человеческих, культурных и сырьевых ресурсов. Кампания по захвату Кореи и Китая не достигла желаемого результата, унеся с собой в могилы миллионы убитых из всех воевавших стран. Население Кореи сократилось почти вдвое. Множество людей умерло от голода, а государство постигла культурная катастрофа. Безвозвратно были утрачены многие памятники старины, сожжены храмы, уничтожены старинные исторические записи.
После смерти Хидэёси в Японии началась очередная смута. Оживился влиятельный и могущественный феодал Токугава Иэясу, который был наиболее приемлемым кандидатом на роль главы государства. Используя успехи, достигнутые Одой и Хидэёси, он окончательно объединил страну после битвы при Сэкигахаре в 1600 году, в которой разбил войска других претендентов на центральную власть.
Режим военного правительства сёгунов Токугава просуществовал до второй половины XIX века без крупных внутренних войн и внешних конфликтов. Это было время наивысшего развития и подъема системы военного правления. Лишь один раз клану Токугава пришлось применить силу против сына Тоётоми Хидэёси Хидэёри, восставшего против верховного правителя в городе Осака. Противостояние окончилось в 1615 году победой войск сёгуна.
Однако военные лидеры Японии, объединив страну и внимательно наблюдая за обстановкой в ней, стараясь не допустить образования враждебных власти союзов и заговоров, всегда помнили о внешней угрозе со стороны европейских держав, имевших колониальные устремления в мире, и в Азии в частности.
Во второй половине XVI века в Японии появились европейские торговцы. Это были португальцы, а затем и голландцы, испанцы, англичане. Появление их было полезно Японии, поэтому международным связям и торговле японцы не препятствовали и стремились расширять отношения с иностранцами. Но почти одновременно с торговцами туда начали прибывать христианские миссионеры – проповедники римской католической церкви, задачей которых была организация христианских миссий и распространение на островах католицизма. Наиболее богатый опыт приобщения с помощью католических миссий других народов к христианству, с последующим учреждением на чужих землях колоний, имели португальцы и испанцы. Христианская религия столь напористо и последовательно осуществляла свою религиозную пропаганду в Японии, что примерно к началу XVII века в католицизм было обращено около трехсот тысяч японцев. Христианами становились не только простые японцы – крестьяне и горожане, но и даймё – феодальные князья со всеми своими вассалами-самураями. Некоторые из них стали слишком горячими приверженцами христианства, например даймё Такаяма Укон (он же Дом Джусто), принявший христианство еще в детстве вместе с родителями в 1564 году и посвятивший всю свою сознательную жизнь вере в Иисуса Христа.
Чуждая Японии религия начала борьбу с противостоящими ей религиозными системами, которыми в данном случае были синтоизм и буддизм. Началась борьба церквей, в ходе которой христиане на юге Японии начали уничтожать монастыри и храмы противоположных им религий, разрушать национальные религиозные символы и институты. В то же время число католических церквей росло прямо на глазах. Создавалась довольно мощная база противостояния существующим порядкам и традициям.