Ко всему этому добавилось еще и то, что Япония стала ареной противостояния католицизма и протестантства. Католики в лице испанцев и португальцев начали борьбу с протестантами, которыми были англичане и голландцы. Буддизм и синтоизм в Японии не противоречили друг другу, а мирно сосуществовали и взаимодействовали. Христианские же религиозные течения были непримиримы одно другому. Во Франции подданные одного и того же государства, католики и протестанты, на религиозной почве вели гражданские войны уже ряд лет. Апофеозом этого противостояния стала так называемая Варфоломеевская ночь в католическом Париже, когда католики ночью 24 августа 1572 года, в канун Дня святого Варфоломея, устроили самую массовую и кровавую резню столетия, уничтожив за несколько часов около 30 тысяч протестантов. Избиение протестантов, начавшись в Париже, перекинулось затем на другие города и населенные пункты и превратилось в бойню в масштабах всей страны. Пострадало множество совершенно ни в чем не повинных людей. Для Японии такое противостояние было чрезвычайно опасно, так как могло втянуть страну и ее людей не только в очередную смуту на островах, но и в широкомасштабный конфликт с государствами, поддерживавшими разные течения христианства.
Кроме этого, достаточно отчетливо прослеживалась также угроза независимости страны вследствие возможной европейской колонизации. В Японии знали, как действовали европейские колонизаторы в Азии, опираясь на церковников и захватывая для себя новые владения. Поэтому уже с конца XVI столетия японские правители начали принимать меры по предотвращению активного проникновения европейцев в Японию с целью сохранения политического строя и исконного, традиционного уклада жизни японского общества и был взят курс на ограничение контактов с внешним миром.
Началось все с притеснения христианских миссионеров и приверженцев новой для Японии религии. Первый антихристианский декрет был опубликован в 1587 году Тоётоми Хидэёси, начавшим гонения на христиан на острове Кюсю, где их колония была особенно велика. В городе Нагасаки были распяты 26 верующих-католиков.
После смерти Хидэёси преследования христиан продолжил Токугава Иэясу. Он принял решение продолжить практику искоренения на островах новой религии, являвшейся инструментом иностранного политического влияния. По указу сёгуна от 1 февраля 1614 года христианство запрещалось в Японии, а все его проповедники и последователи должны были покинуть страну. В соответствии с этим указом из страны был изгнан и рьяный приверженец христианства Такаяма Укон, который через год умер в ссылке на Филиппинах, в Маниле. В настоящее время местные власти установили ему памятник.
Никто не хотел уступать, но японцы были у себя дома и имели неоспоримые преимущества. В период с 1622 по 1633 год в Японии были лишены жизни уже около 150 японских христиан и европейских миссионеров. В общей сложности в Японии было замучено примерно 3 тысячи приверженцев христианской религии, не считая тех, кто пострадал в тюрьмах и изгнании.
С 1633 по 1639 год в японских эдиктах была сформулирована изоляционистская политика правительства по отношению к японцам и иностранцам. Указом 1635 года японцам запрещалось под страхом смерти покидать пределы страны, определенные ее границами. Но особенно изоляции способствовало восстание крестьян, самураев и бедноты, которые исповедовали христианство, вспыхнувшее на полуострове Симабара острова Кюсю. Восстание было жестоко подавлено, буквально потоплено в крови. И после этого в 1639 году был обнародован указ, по которому иностранцам запрещалось проникать в Японию. Только традиционным торговым партнерам-рюкюсцам, китайским, корейским и голландским торговцам (голландцы оказали бакуфу помощь в борьбе с повстанцами Симабара) разрешалось торговать с японцами, и то в определенных местах. Монопольное право на торговые сделки голландцы получили на созданном человеком острове-резервации Дэдзима, устроенном в черте города Нагасаки на Кюсю.
Таким образом, Япония искусственно и добровольно отгораживалась от остального мира и взяла курс на ограничение контактов с крупными мировыми державами. Это сохраняло режим военного правительства и японский феодализм, но вело к экономическому отставанию страны, препятствовало выходу ее на международную арену и, в свою очередь, захвату чужих территорий, чем с успехом в то время занимались все ведущие европейские страны. Примерно с начала XIX столетия самоизолированная страна получила название сакоку – «закрытая страна».