Сторонники императора решили, что подошло время для свержения сёгуната и введения прямого императорского правления. Император Комэи призвал всех своих союзников встать под знамена монарха. Первыми в императорскую армию вступили представители мощных объединений юга Японии кланы Сацума, Тёсю и Тоса, которые являлись по отношению к дому Токугава тодзама – то есть посторонними кланами, не являющиеся его прямыми вассалами.
Ситуация несколько разрядилась, когда в 1866 году умер сёгун Иэмоти. Вместо него правителем становился новый, пятнадцатый сёгун, Токугава Ёсинобу (Кэйки). Почти тут же, в 1867 году, скончался император Комэи. Место Комэи на троне занял его сын – принц Муцухито (император Мэйдзи, что означает «Просвещенное правление»). Чтобы хоть как-то исправить положение, новый сёгун Токугава Ёсинобу предложил реорганизовать старое правительство, введя в него императора, но оставив за собой реальную власть, желая стать по западному образцу премьер-министром.
Этот шаг сёгуна стал как бы сигналом для проимператорских сил для начала решительных действий. Сторонники императора предложили монарху ликвидировать сёгунат, сослать нового сёгуна в ссылку и конфисковать все его земли. Сразу же в конце 1867 года был обнародован ранее подготовленный Указ о реставрации императорского правления, в связи с которым сёгунат упразднялся и вся полнота власти переходила к императору.
3 января 1868 года сторонники императора, ядро войск которых состояло из проимператорских самураев провинций Сацума, Тёсю и Тоса, захвативших старую императорскую столицу Киото, официально возвели на престол молодого императора Мэйдзи и объявили, что, в соответствии с новым декретом, в стране восстанавливается императорского правление.
Сёгун не признал указа, объявил его не имеющим законной силы, недействительным и начал готовиться к захвату Киото. Одновременно его войска сожгли в Эдо резиденцию княжества Сацума, убив множество его людей.
Началась гражданская война «Босин» («Босин сэнсо» – буквально «Война года земляного Дракона», по традиционным датам японского правления). Японцы, как и в период междоусобиц, снова начали убивать друг друга.
Однако война «Босин» была уже иной гражданской вой ной, нежели междоусобица Тайра и Минамото, утвердившая на несколько веков военное правительство, или серия междоусобных войн периода Сэнгоку, а также гражданская война по объединению страны, начатая Одой Нобунагой и продолженная Тоётоми Хидэёси и Токугавой Иэясу. Это была принципиально новая война между старым и новым, следствие кризиса в японском обществе, война сторонников феодализма (сёгуната) и реформаторов – приверженцев быстро развивающегося капитализма, война за новую и сильную капиталистическую Японию.
Захват Киото войсками, которые начали считаться императорскими, заставил просёгунскую армию попытаться восстановить положение и отбить старую столицу. Однако Сайго Такамори, смелый и сообразительный военачальник из клана Сацума, командовавший солдатами, верными императору, в первой же крупной битве при замке Тоба-Фусими (недалеко от Киото) 27 января 1868 года не позволил сделать этого и разбил силы самураев сёгуната, превосходившие императорские по численности в три раза. Хотя самураи бывшего сёгуната были обучены французскими военными экспертами и вооружены новейшим западным оружием, большинство их войска имело только холодное вооружение и старые фитильные ружья. Императорские же силы располагали новыми гаубицами, пулеметами, и почти все солдаты имели винтовки.
В это же время сражение между просёгунскими и императорскими силами произошло и на море. Флот сёгуната имел в то время девять паровых военных кораблей, чего не было у моряков императора. 28 января в схватке при Аве победил сёгунский адмирал Эномото Такэаки, происходивший из самурайской семьи, которая служила непосредственно феодалам Токугава. Эномото устроил засаду двум кораблям «Касуга» и «Хохои» княжества Сацума, которые перевозили императорских солдат в Кагосиме. «Касуга» не выдержал напряжения сражения, прекратил перестрелку и покинул поле боя, имея преимущество в ходе, а «Хохои» морякам пришлось затопить самим.
Тот же Сайго Такамори предводительствовал в сражениях по захвату и других крупных городов Японии, находившихся в руках сёгунских войск. В мае 1868 года перед напором солдат Сайго Такамори капитулировали войска, удерживавшие Эдо. Только в Уэно произошла драматическая кровавая схватка с самураями сёгуната. Токугава Ёсинобу, находившийся в это время в Эдо, после взятия города был арестован и изолирован в своем доме.
Две другие битвы при Косю – Кацунума и при замке Уцуномия – окончились в конечном итоге победой императорских войск. После сражения у Уцуномии остатки антиправительственных формирований отступили к городу Айдзу.