Органы военной контрразведки серьезно анализировали деятельность нацистских спецслужб и с учетом этого вносили коррективы в свою работу. В УОО НКВД уже в первые месяцы войны появилось много нового в оперативной работе отделов и служб. Поэтому на основе опыта 1941 – начала 1942 г. современным российским спецслужбам следует учиться умению своих предшественников в кратчайшие сроки перестраивать работу в соответствии с меняющимся политическим положением страны и оперативной обстановкой. В практической деятельности ОО НКВД произошли значительные изменения: если перед войной большая часть их усилий была сосредоточена на борьбе с внутренними врагами, то с конца июня 1941 г. на первый план вышла внешняя угроза. И проведенная реформа способствовала активизации борьбы с вражескими спецслужбами их пособниками. Решающее значение при этом имели кадровая политика и определение правового положения органов военной контрразведки.
При подготовке кадров ОО НКВД особое внимание обращалось не только на повышение требовательности в процессе подбора и расстановки, но и на обучение и воспитание чекистов. Упор на идейно-воспитательной работе дал возможность подготовить сотрудников, беспрекословно исполняющих любые указания сверху, невзирая даже на нарушения законности. Деформированное политическое сознание и низкая правовая культура сочетались с высокой работоспособностью, исполнительностью, чувством гордости и ответственности за порученное дело. Органы военной контрразведки, как и при Ф.Э. Дзержинским, в годы Великой Отечественной войны оставались «вооруженным отрядом партии». Хотя основные задачи воспитания чекистов решалась партийно-политическим аппаратом, командирами и комиссарами, партийными и комсомольскими организациями, в стороне не оставались и сотрудники ОО НКВД.
Оперативная работа проводилась во всех подразделениях, частях и учреждениях вплоть до Генштаба Красной армии и Военно-Морского флота. Руководители ОО НКВД стремились создать агентурно-осведомительную сеть в таком количестве, которое бы обеспечило выполнению задач, стоявших перед контрразведкой. Нельзя было не учитывать наличие серьезной социальной базы у противника, а отсюда и возможного предательства, перевербовки наших агентов. Это было следствием некачественной подготовки в начальный период войны резидентов, агентов и осведомителей. Но, несмотря на эти трудности, значительными усилиями и большими жертвами удалось создать работоспособный оперативный аппарат. И в процессе борьбы с абвером военная контрразведка совершенствовала силы и средства, форм и методы противостояния спецслужбам Германии. Ей пришлось фактически с нуля налаживать фильтрационную работу, заградительную службу, в других масштабах бороться с дезертирством и изменой Родине.
В целом органы военной контрразведки в годы войны выявили и обезвредили значительное количество агентов вражеских разведывательных органов, достаточно надежно обеспечивали охрану военных секретов советского командования, сыграли важную роль в укреплении порядка и дисциплины в войсках. Своей работой они, безусловно, внесли существенный вклад в достижении победы над таким грозным врагом, каким являлись нацистская Германия, ее вооруженные силы и спецслужбы.
Высшие органы власти и управления с начала войны начали создавать нормативную базу деятельности органов госбезопасности, судебной и внесудебной политики, которая позволила на правовой основе вести борьбу со спецслужбами Германии, ее союзников и разного рода уголовными элементами. Особенностью начала войны было значительное расширение оперативного учета и оперативного розыска. Правовой статус органов и войск госбезопасности четко определил кодификацию воинских преступлений, порядок выполнения обязанностей всеми управлениями и службами, войсковыми формированиями НКВД, взаимодействие следственных органов с военными трибуналами. Репрессивная политика советского государства по существу была обусловлена не только военным временем, возрастанием преступности, активизацией противников советской власти, но и сложившимися правилами и традициями 1930-х гг. Нельзя даже предположить, что она внесла какие-либо коренные изменения. Широкие права, данные ОО в начале войны, нередко приводили к скорому, неправедному суду не только над противниками, но и над своими военнослужащими, подмене карательной политикой воспитательной работы в частях и соединениях Красной армии.